Protein–RNA interactions for Protein: Q2UY11

Col28a1, Collagen alpha-1(XXVIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,141 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col28a1Q2UY11 Ifnar1-202ENSMUST00000117748 2771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Anapc7-201ENSMUST00000031422 2751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Anks1-202ENSMUST00000088027 6781 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Tlk2-204ENSMUST00000106941 3699 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Dph1-201ENSMUST00000044949 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Ebf1-203ENSMUST00000109268 2864 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Clip2-202ENSMUST00000100647 4994 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Map1s-201ENSMUST00000019405 3314 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Nek2-201ENSMUST00000027931 3227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Ina-201ENSMUST00000037636 3240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Gm2479-201ENSMUST00000173312 1053 ntTSL 3 BASIC16.47■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Cmc1-202ENSMUST00000215799 531 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Fam50b-201ENSMUST00000039605 1229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Cacna1a-201ENSMUST00000121390 7926 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Klc3-202ENSMUST00000108457 1632 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Lrrn2-201ENSMUST00000027706 3428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Lrig3-201ENSMUST00000074807 4016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Gm10532-201ENSMUST00000181913 2301 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Pde8b-208ENSMUST00000162292 4235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Uts2r-201ENSMUST00000039044 1703 ntAPPRIS P1 BASIC16.47■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Pigs-201ENSMUST00000048073 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Proc-201ENSMUST00000171765 1566 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Utp18-201ENSMUST00000066888 2613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Lrp8-201ENSMUST00000030356 4555 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Lrriq4-203ENSMUST00000172350 1797 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Rab37-202ENSMUST00000067754 2577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Atp5d-203ENSMUST00000105367 1410 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Cdh24-201ENSMUST00000067784 3489 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Hps6-201ENSMUST00000099393 2696 ntAPPRIS P1 BASIC16.46■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Fbxl21-203ENSMUST00000121871 1963 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Carmil2-201ENSMUST00000062574 2526 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Olfr94-203ENSMUST00000222190 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Atp8b1-201ENSMUST00000025482 6440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Bnip1-201ENSMUST00000015725 1085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 AW011738-201ENSMUST00000105140 1848 ntAPPRIS P1 BASIC16.46■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Add1-204ENSMUST00000114338 4007 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Cyp4f13-204ENSMUST00000139353 1389 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Cdh2-201ENSMUST00000025166 4843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Rpf1-201ENSMUST00000029838 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Xiap-203ENSMUST00000115094 6542 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
Col28a1Q2UY11 Grwd1-201ENSMUST00000107723 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.22
Col28a1Q2UY11 Zswim8-201ENSMUST00000022358 6073 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
Col28a1Q2UY11 Ankrd17-203ENSMUST00000168058 9311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
Col28a1Q2UY11 Pde8b-214ENSMUST00000172104 2493 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
Col28a1Q2UY11 Trim67-202ENSMUST00000167588 8735 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
Col28a1Q2UY11 Glmn-201ENSMUST00000078021 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
Col28a1Q2UY11 Gpc3-201ENSMUST00000069360 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
Col28a1Q2UY11 Umad1-202ENSMUST00000159335 2615 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
Col28a1Q2UY11 Arhgap39-202ENSMUST00000077821 4494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
Col28a1Q2UY11 Alad-202ENSMUST00000107444 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
Col28a1Q2UY11 Serf1-204ENSMUST00000151821 570 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
Col28a1Q2UY11 Gm16141-201ENSMUST00000152073 790 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
Col28a1Q2UY11 Gm13647-201ENSMUST00000154654 622 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
Col28a1Q2UY11 Cxxc4-201ENSMUST00000166288 1290 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
Col28a1Q2UY11 Cracr2b-207ENSMUST00000170879 1158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
Col28a1Q2UY11 Gm34933-201ENSMUST00000203245 1067 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
Col28a1Q2UY11 Arhgef33-211ENSMUST00000225658 473 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
Col28a1Q2UY11 Hspe1-201ENSMUST00000075242 774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
Col28a1Q2UY11 Hpn-209ENSMUST00000168884 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
Col28a1Q2UY11 Inpp5e-202ENSMUST00000114090 2790 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
Col28a1Q2UY11 Simc1-202ENSMUST00000121401 4819 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
Col28a1Q2UY11 Cep104-201ENSMUST00000047497 5151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
Col28a1Q2UY11 Hipk2-206ENSMUST00000161779 7684 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
Col28a1Q2UY11 Plbd2-201ENSMUST00000031597 4208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
Col28a1Q2UY11 Aim2-204ENSMUST00000166137 2079 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
Col28a1Q2UY11 Taf6l-201ENSMUST00000003777 1869 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
Col28a1Q2UY11 Zscan25-201ENSMUST00000094116 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
Col28a1Q2UY11 Rilpl2-201ENSMUST00000031347 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
Col28a1Q2UY11 Ppp1r8-202ENSMUST00000105919 1090 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC16.44■□□□□ 0.22
Col28a1Q2UY11 Gm13836-201ENSMUST00000121159 501 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
Col28a1Q2UY11 Gm6576-201ENSMUST00000169678 883 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
Col28a1Q2UY11 Gm2559-201ENSMUST00000201323 363 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
Col28a1Q2UY11 Rab28-205ENSMUST00000202913 863 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
Col28a1Q2UY11 Gnb5-201ENSMUST00000076889 1188 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
Col28a1Q2UY11 Aurka-202ENSMUST00000109139 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
Col28a1Q2UY11 Aurka-201ENSMUST00000028997 1905 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
Col28a1Q2UY11 Tfap2a-209ENSMUST00000225180 1828 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
Col28a1Q2UY11 Nptx2-201ENSMUST00000071782 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
Col28a1Q2UY11 Shank3-203ENSMUST00000109309 7365 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
Col28a1Q2UY11 Gart-202ENSMUST00000120450 1865 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
Col28a1Q2UY11 Gpaa1-201ENSMUST00000023221 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
Col28a1Q2UY11 Unc13b-201ENSMUST00000079978 6354 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
Col28a1Q2UY11 Snx27-202ENSMUST00000107283 3531 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
Col28a1Q2UY11 Trim31-201ENSMUST00000078438 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
Col28a1Q2UY11 Nsmf-207ENSMUST00000116574 2863 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
Col28a1Q2UY11 Dync1li2-201ENSMUST00000041769 4627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
Col28a1Q2UY11 Acvr2a-201ENSMUST00000063886 5686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
Col28a1Q2UY11 Gm1673-203ENSMUST00000114383 511 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
Col28a1Q2UY11 Dohh-206ENSMUST00000131968 672 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
Col28a1Q2UY11 Fgf8-202ENSMUST00000026241 1168 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
Col28a1Q2UY11 Mmp17-201ENSMUST00000031390 6422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
Col28a1Q2UY11 Dok4-201ENSMUST00000046461 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
Col28a1Q2UY11 Shh-201ENSMUST00000002708 2847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
Col28a1Q2UY11 Sytl3-201ENSMUST00000097430 2100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
Col28a1Q2UY11 Fgf2os-201ENSMUST00000153785 1441 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
Col28a1Q2UY11 Mpig6b-201ENSMUST00000097337 2252 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
Col28a1Q2UY11 Tsc22d2-203ENSMUST00000199164 4659 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
Col28a1Q2UY11 Hebp2-201ENSMUST00000020000 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
Col28a1Q2UY11 Col4a3bp-203ENSMUST00000179226 3040 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
Col28a1Q2UY11 Susd1-201ENSMUST00000040166 3295 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 45.2 ms