Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

Predictions only

Length 962 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 Wbp1-202ENSMUST00000113936 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Map6-207ENSMUST00000208924 2906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Etv6-201ENSMUST00000081028 5545 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
Usp4P35123 P2rx4-201ENSMUST00000031429 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Rab6a-202ENSMUST00000098252 3110 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Hmga1-205ENSMUST00000118599 529 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC17.76■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Wnt10b-205ENSMUST00000226846 1204 ntBASIC17.76■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Tmem91-201ENSMUST00000079439 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Usp4P35123 H2-Q10-202ENSMUST00000174525 1991 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Nosip-201ENSMUST00000003513 1814 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Lrrtm1-203ENSMUST00000161677 2518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Usp4P35123 CT010478.1-201ENSMUST00000220747 2787 ntBASIC17.76■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Htr3a-201ENSMUST00000003826 2082 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Cul1-201ENSMUST00000031697 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Gapvd1-203ENSMUST00000113099 5758 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Zscan29-203ENSMUST00000146243 2894 ntTSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Usp4P35123 4930474N05Rik-203ENSMUST00000226305 2313 ntAPPRIS P1 BASIC17.76■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Map2k5-201ENSMUST00000034920 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Dmgdh-201ENSMUST00000048001 2992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Mdm1-204ENSMUST00000169817 2022 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Gart-202ENSMUST00000120450 1865 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Gm26821-201ENSMUST00000181954 2652 ntTSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Actr8-201ENSMUST00000016115 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Lat2-202ENSMUST00000077636 1717 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Arid3c-202ENSMUST00000150809 1327 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Ttpal-202ENSMUST00000109408 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Adamtsl1-201ENSMUST00000048885 1842 ntTSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Add1-204ENSMUST00000114338 4007 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Atp6v1c1-201ENSMUST00000022904 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Tnfrsf13c-201ENSMUST00000089161 1906 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Fam72a-201ENSMUST00000068613 2191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Usp4P35123 2700033N17Rik-201ENSMUST00000140185 721 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Klf13-202ENSMUST00000183817 599 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Creb1-207ENSMUST00000187811 1255 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Tpgs1-201ENSMUST00000020552 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Gm16475-201ENSMUST00000207306 512 ntTSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Clybl-201ENSMUST00000026625 1231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Tmem270-201ENSMUST00000047305 932 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Rassf7-201ENSMUST00000046890 1525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Edem1-201ENSMUST00000089162 5817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Phf20l1-201ENSMUST00000048188 6670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Grb7-201ENSMUST00000019456 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Myh7b-201ENSMUST00000092995 6163 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Agfg1-206ENSMUST00000189220 8044 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Pitpnm2-210ENSMUST00000162812 6952 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Pcdh7-201ENSMUST00000068110 5611 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Fhl2-201ENSMUST00000008280 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Trmo-202ENSMUST00000086563 1554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Mboat7-201ENSMUST00000038608 2878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Neurl1a-202ENSMUST00000111808 4157 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Rgs7-203ENSMUST00000192227 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Zkscan2-203ENSMUST00000128217 2218 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Ankib1-201ENSMUST00000043551 6426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
Usp4P35123 1810013L24Rik-201ENSMUST00000023150 4066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Negr1-203ENSMUST00000106065 1953 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Ino80e-203ENSMUST00000106343 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Speg-203ENSMUST00000113588 1078 ntTSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Josd2-205ENSMUST00000120852 727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.74■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Gm11527-201ENSMUST00000153795 596 ntTSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Cxxc4-201ENSMUST00000166288 1290 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Gm20390-201ENSMUST00000170303 991 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Gm10830-201ENSMUST00000186379 636 ntTSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
Usp4P35123 AC154649.1-201ENSMUST00000227392 384 ntBASIC17.74■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Prrg2-201ENSMUST00000007981 1295 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Dhx36-201ENSMUST00000029336 5620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Nsfl1c-203ENSMUST00000103160 1369 ntTSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Mboat4-201ENSMUST00000095345 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Parg-204ENSMUST00000164137 3013 ntTSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Pde8b-202ENSMUST00000067082 2598 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Mmd-202ENSMUST00000107887 1654 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Commd7-202ENSMUST00000109782 1343 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Agbl5-208ENSMUST00000201168 3199 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Phf7-201ENSMUST00000022459 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Sh3yl1-202ENSMUST00000110880 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Chsy3-201ENSMUST00000080721 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Gm17509-201ENSMUST00000165680 2375 ntAPPRIS P1 BASIC17.73■□□□□ 0.43
Usp4P35123 March2-201ENSMUST00000066121 3400 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Pigp-203ENSMUST00000113910 966 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Usp4P35123 D17Wsu92e-203ENSMUST00000114863 3828 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Gm13647-201ENSMUST00000154654 622 ntTSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Tm7sf2-202ENSMUST00000113543 1498 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Dgkz-201ENSMUST00000028667 3584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Hsd3b2-201ENSMUST00000107021 1788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Zfp384-208ENSMUST00000112428 3132 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Susd1-202ENSMUST00000107544 3220 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Smpdl3a-201ENSMUST00000020022 1961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Mis18bp1-208ENSMUST00000222244 2053 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Prdm12-201ENSMUST00000113470 2471 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Mcoln2-202ENSMUST00000098524 2492 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Tspyl2-201ENSMUST00000044509 2696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Hmga1-202ENSMUST00000117254 1328 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Pex11a-201ENSMUST00000032761 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Tmem132e-201ENSMUST00000054245 4386 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Anapc5-201ENSMUST00000086216 2760 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Med7-209ENSMUST00000170928 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
Usp4P35123 A230103J11Rik-202ENSMUST00000156084 2086 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Bicc1-203ENSMUST00000143791 5431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Bcs1l-202ENSMUST00000113732 1679 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Dpep3-201ENSMUST00000034371 1698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
Usp4P35123 Atp5c1-201ENSMUST00000026887 1060 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 26.8 ms