Protein–RNA interactions for Protein: P11260

Lire1, LINE-1 retrotransposable element ORF1 protein, mousemouse

Predictions only

Length 357 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lire1P11260 Phb-204ENSMUST00000125172 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Sass6-205ENSMUST00000198311 2404 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Ttc13-202ENSMUST00000117624 3096 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Smad3-201ENSMUST00000034973 5090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Rraga-201ENSMUST00000091064 1618 ntAPPRIS P1 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Wdr41-203ENSMUST00000160115 2851 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Gm43338-201ENSMUST00000198617 2223 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Gbe1-201ENSMUST00000023393 2846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
Lire1P11260 E530011L22Rik-201ENSMUST00000181325 5282 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Shank3-201ENSMUST00000039074 7131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Gm26917-202ENSMUST00000192833 3329 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Edn2-201ENSMUST00000030384 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Gm26674-201ENSMUST00000180770 1446 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Gm8309-201ENSMUST00000206627 1448 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Adam23-201ENSMUST00000087374 6426 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Gm5828-201ENSMUST00000071842 1860 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Arrb2-204ENSMUST00000102564 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Smim14-202ENSMUST00000121661 1056 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
Lire1P11260 AC121577.1-201ENSMUST00000227302 707 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Znrf4-201ENSMUST00000052211 1236 ntAPPRIS P1 BASIC16.04■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Relb-201ENSMUST00000049912 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Igdcc3-203ENSMUST00000217371 3183 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Thumpd3-201ENSMUST00000032398 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Pard6g-201ENSMUST00000070219 3143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Ndel1-203ENSMUST00000108672 1653 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Aqp1-201ENSMUST00000004774 2627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Fignl2-202ENSMUST00000213610 4462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Pacsin1-203ENSMUST00000114872 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Zcchc6-207ENSMUST00000225576 2499 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Naprt-201ENSMUST00000023237 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Frmd5-203ENSMUST00000121219 2262 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Rnpep-202ENSMUST00000077340 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Gpr137-202ENSMUST00000099774 1434 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Fbxo47-201ENSMUST00000093939 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Syngap1-204ENSMUST00000194598 6011 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Tasp1-201ENSMUST00000046656 2480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Gm20628-201ENSMUST00000177363 3215 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Nrl-202ENSMUST00000111404 2422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Akp3-201ENSMUST00000044878 1680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Haus8-201ENSMUST00000035960 2013 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Tpm1-208ENSMUST00000113689 904 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Lire1P11260 D330020A13Rik-201ENSMUST00000181956 1069 ntAPPRIS P1 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Lamtor5-202ENSMUST00000199317 743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Wnt10b-205ENSMUST00000226846 1204 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Rps28-201ENSMUST00000087342 392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Rnf146-202ENSMUST00000160144 4323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Mboat1-201ENSMUST00000047311 2905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Prdm6-203ENSMUST00000115399 2227 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Acy3-201ENSMUST00000054030 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Fscn1-207ENSMUST00000198017 2157 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Aamp-201ENSMUST00000006462 1817 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Col18a1-202ENSMUST00000081654 5063 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Ndufv1-202ENSMUST00000128787 1436 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Ndufv1-207ENSMUST00000134479 1438 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Cnpy1-201ENSMUST00000117098 2661 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Cep104-201ENSMUST00000047497 5151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Aste1-202ENSMUST00000123807 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
Lire1P11260 G730003C15Rik-202ENSMUST00000189096 2309 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Psmd4-202ENSMUST00000107237 1332 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Lire1P11260 6430548M08Rik-201ENSMUST00000034281 5564 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Lire1P11260 2700033N17Rik-201ENSMUST00000140185 721 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Prlh-201ENSMUST00000166281 276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Btg1-202ENSMUST00000218953 668 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
Lire1P11260 AC107452.1-201ENSMUST00000227963 481 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Hsbp1-201ENSMUST00000034300 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Bricd5-201ENSMUST00000054946 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Lire1P11260 Kcnn1-201ENSMUST00000110078 4047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
Lire1P11260 Kcnn1-202ENSMUST00000110081 4045 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
Lire1P11260 Foxp4-202ENSMUST00000113262 3198 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
Lire1P11260 Cask-201ENSMUST00000033321 4057 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
Lire1P11260 Col15a1-201ENSMUST00000082303 5102 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
Lire1P11260 Zfp786-201ENSMUST00000058844 3191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Lire1P11260 Gm2788-202ENSMUST00000147173 1390 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Lire1P11260 Alk-201ENSMUST00000086639 4866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Lire1P11260 Chka-201ENSMUST00000025760 2319 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
Lire1P11260 Adss-201ENSMUST00000016105 2771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Lire1P11260 Zmym3-201ENSMUST00000063577 6057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Lire1P11260 Klhdc8b-210ENSMUST00000193895 2718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
Lire1P11260 Ap1g1-202ENSMUST00000093157 6899 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
Lire1P11260 Cfl1-201ENSMUST00000116560 1148 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
Lire1P11260 Dnajc19-204ENSMUST00000120805 551 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
Lire1P11260 Prr23a1-201ENSMUST00000170349 883 ntAPPRIS P1 BASIC16.01■□□□□ 0.15
Lire1P11260 Cend1-202ENSMUST00000124444 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Lire1P11260 Gm16499-203ENSMUST00000204633 2177 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
Lire1P11260 Slc30a10-201ENSMUST00000061093 5836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Lire1P11260 St8sia6-201ENSMUST00000003509 7618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Lire1P11260 Scamp3-201ENSMUST00000029684 1489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Lire1P11260 Nes-203ENSMUST00000160694 5958 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Lire1P11260 Fam219b-202ENSMUST00000114200 3017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Lire1P11260 Krcc1-203ENSMUST00000204436 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Lire1P11260 Gm43808-201ENSMUST00000202534 2065 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
Lire1P11260 A230072E10Rik-203ENSMUST00000175942 2940 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Lire1P11260 Lrrc7-204ENSMUST00000199890 6326 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Lire1P11260 Zfp800-203ENSMUST00000115321 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Lire1P11260 Camk2n1-201ENSMUST00000050918 4444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Lire1P11260 4930471E19Rik-201ENSMUST00000219022 1514 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Lire1P11260 Ap2m1-202ENSMUST00000090023 2080 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Lire1P11260 Rps5-202ENSMUST00000108539 794 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
Lire1P11260 Gtf2a2-204ENSMUST00000119905 622 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
Lire1P11260 B430219N15Rik-201ENSMUST00000147230 835 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 23.7 ms