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| Foxd1 | Q61345 | Gm24813-201 | ENSMUST00000175310 | 84 nt | BASIC | 3 | □□□□□ -1.93 | | |
| Foxd1 | Q61345 | Gm22775-201 | ENSMUST00000177630 | 120 nt | BASIC | 3 | □□□□□ -1.93 | | |
| Foxd1 | Q61345 | Gm23569-201 | ENSMUST00000180120 | 120 nt | BASIC | 3 | □□□□□ -1.93 | | |
| Foxd1 | Q61345 | Gm28912-201 | ENSMUST00000189001 | 234 nt | BASIC | 3 | □□□□□ -1.93 | | |
| Foxd1 | Q61345 | Gm44326-201 | ENSMUST00000198226 | 101 nt | BASIC | 3 | □□□□□ -1.93 | | |
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| Foxd1 | Q61345 | Mir218-1-201 | ENSMUST00000083669 | 110 nt | BASIC | 3 | □□□□□ -1.93 | | |
| Foxd1 | Q61345 | Gm21876-201 | ENSMUST00000096511 | 282 nt | APPRIS P1 TSL 5 BASIC | 3 | □□□□□ -1.93 | | |
| Foxd1 | Q61345 | Gm45518-201 | ENSMUST00000210776 | 2583 nt | TSL 1 (best) BASIC | 2.99 | □□□□□ -1.93 | | |
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| Foxd1 | Q61345 | Gm23264-201 | ENSMUST00000083372 | 107 nt | BASIC | 2.99 | □□□□□ -1.93 | | |
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| Foxd1 | Q61345 | Snord53-201 | ENSMUST00000175146 | 78 nt | BASIC | 2.97 | □□□□□ -1.93 | | |
| Foxd1 | Q61345 | Gm24304-201 | ENSMUST00000177635 | 107 nt | BASIC | 2.97 | □□□□□ -1.93 | | |
| Foxd1 | Q61345 | Gm27527-201 | ENSMUST00000183903 | 99 nt | BASIC | 2.97 | □□□□□ -1.93 | | |
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| Foxd1 | Q61345 | Ttn-225 | ENSMUST00000190813 | 300 nt | TSL 5 BASIC | 2.97 | □□□□□ -1.93 | | |
| Foxd1 | Q61345 | Gm11192-201 | ENSMUST00000127017 | 151 nt | TSL 1 (best) BASIC | 2.96 | □□□□□ -1.94 | | |
| Foxd1 | Q61345 | Gm2830-201 | ENSMUST00000140330 | 385 nt | BASIC | 2.96 | □□□□□ -1.94 | | |
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| Foxd1 | Q61345 | Rpl31-ps15-201 | ENSMUST00000181857 | 375 nt | BASIC | 2.96 | □□□□□ -1.94 | | |
| Foxd1 | Q61345 | Gm27330-201 | ENSMUST00000184689 | 132 nt | BASIC | 2.96 | □□□□□ -1.94 | | |
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| Foxd1 | Q61345 | AC149294.9-201 | ENSMUST00000227256 | 164 nt | BASIC | 2.96 | □□□□□ -1.94 | | |
| Foxd1 | Q61345 | Gm26175-201 | ENSMUST00000083794 | 131 nt | BASIC | 2.96 | □□□□□ -1.94 | | |
| Foxd1 | Q61345 | AC133934.2-201 | ENSMUST00000221729 | 4129 nt | BASIC | 2.95 | □□□□□ -1.94 | | |
| Foxd1 | Q61345 | Olfr166-202 | ENSMUST00000213531 | 4205 nt | APPRIS P1 TSL 5 BASIC | 2.95 | □□□□□ -1.94 | | |
| Foxd1 | Q61345 | Zfp735-201 | ENSMUST00000080407 | 3746 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 2.95 | □□□□□ -1.94 | | |
| Foxd1 | Q61345 | Traj43-201 | ENSMUST00000103699 | 57 nt | APPRIS P1 BASIC | 2.95 | □□□□□ -1.94 | | |
| Foxd1 | Q61345 | Gm6444-201 | ENSMUST00000119611 | 458 nt | BASIC | 2.95 | □□□□□ -1.94 | | |
| Foxd1 | Q61345 | Gm25711-201 | ENSMUST00000158633 | 128 nt | BASIC | 2.95 | □□□□□ -1.94 | | |
| Foxd1 | Q61345 | Gm22681-201 | ENSMUST00000083853 | 106 nt | BASIC | 2.95 | □□□□□ -1.94 | | |
| Foxd1 | Q61345 | Vmn1r76-203 | ENSMUST00000226947 | 8145 nt | APPRIS ALT2 BASIC | 2.95 | □□□□□ -1.94 | | |
| Foxd1 | Q61345 | Gm23080-201 | ENSMUST00000157846 | 103 nt | BASIC | 2.94 | □□□□□ -1.94 | | |
| Foxd1 | Q61345 | Gm22330-201 | ENSMUST00000158068 | 115 nt | BASIC | 2.94 | □□□□□ -1.94 | | |
| Foxd1 | Q61345 | Gm29613-201 | ENSMUST00000185846 | 313 nt | BASIC | 2.94 | □□□□□ -1.94 | | |
| Foxd1 | Q61345 | Gm29544-201 | ENSMUST00000188860 | 313 nt | BASIC | 2.94 | □□□□□ -1.94 | | |
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| Foxd1 | Q61345 | Snord100-201 | ENSMUST00000116836 | 74 nt | BASIC | 2.93 | □□□□□ -1.94 | | |
| Foxd1 | Q61345 | Gm22612-201 | ENSMUST00000158293 | 101 nt | BASIC | 2.93 | □□□□□ -1.94 | | |
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| Foxd1 | Q61345 | Gm14327-201 | ENSMUST00000099001 | 192 nt | TSL 5 BASIC | 2.93 | □□□□□ -1.94 | | |
| Foxd1 | Q61345 | Gm7173-205 | ENSMUST00000197180 | 9412 nt | APPRIS ALT2 TSL 5 BASIC | 2.92 | □□□□□ -1.94 | | |
| Foxd1 | Q61345 | Gm23043-201 | ENSMUST00000157890 | 109 nt | BASIC | 2.92 | □□□□□ -1.94 | | |
| Foxd1 | Q61345 | Gm27786-201 | ENSMUST00000184337 | 70 nt | BASIC | 2.92 | □□□□□ -1.94 | | |
| Foxd1 | Q61345 | Gm45492-201 | ENSMUST00000211611 | 288 nt | BASIC | 2.92 | □□□□□ -1.94 | | |
| Foxd1 | Q61345 | Gm24449-201 | ENSMUST00000083985 | 106 nt | BASIC | 2.92 | □□□□□ -1.94 | | |
| Foxd1 | Q61345 | Agmo-201 | ENSMUST00000049874 | 2423 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 2.92 | □□□□□ -1.94 | | |
| Foxd1 | Q61345 | Gm25323-201 | ENSMUST00000122555 | 103 nt | BASIC | 2.91 | □□□□□ -1.94 | | |
| Foxd1 | Q61345 | Gm26150-201 | ENSMUST00000157426 | 151 nt | BASIC | 2.91 | □□□□□ -1.94 | | |
| Foxd1 | Q61345 | Gm27934-201 | ENSMUST00000158795 | 63 nt | BASIC | 2.91 | □□□□□ -1.94 | | |
| Foxd1 | Q61345 | Gm19257-201 | ENSMUST00000186121 | 183 nt | BASIC | 2.91 | □□□□□ -1.94 | | |
| Foxd1 | Q61345 | Gm42807-201 | ENSMUST00000200141 | 329 nt | BASIC | 2.91 | □□□□□ -1.94 | | |
| Foxd1 | Q61345 | Gm44057-201 | ENSMUST00000204547 | 96 nt | BASIC | 2.91 | □□□□□ -1.94 | | |
| Foxd1 | Q61345 | Gm19118-201 | ENSMUST00000222554 | 98 nt | BASIC | 2.91 | □□□□□ -1.94 | | |
| Foxd1 | Q61345 | Gm22738-201 | ENSMUST00000083440 | 147 nt | BASIC | 2.91 | □□□□□ -1.94 | | |
| Foxd1 | Q61345 | Gm25513-201 | ENSMUST00000083861 | 162 nt | BASIC | 2.91 | □□□□□ -1.94 | | |
| Foxd1 | Q61345 | Gm12869-201 | ENSMUST00000156265 | 344 nt | TSL 2 BASIC | 2.9 | □□□□□ -1.95 | | |
| Foxd1 | Q61345 | Mir6240-201 | ENSMUST00000184281 | 117 nt | BASIC | 2.9 | □□□□□ -1.95 | | |
| Foxd1 | Q61345 | CT025689.3-201 | ENSMUST00000223817 | 301 nt | BASIC | 2.9 | □□□□□ -1.95 | | |
| Foxd1 | Q61345 | Gm25815-201 | ENSMUST00000082755 | 107 nt | BASIC | 2.9 | □□□□□ -1.95 | | |
| Foxd1 | Q61345 | Zfp616-205 | ENSMUST00000178159 | 2964 nt | APPRIS P1 BASIC | 2.9 | □□□□□ -1.95 | | |
| Foxd1 | Q61345 | Atp11c-205 | ENSMUST00000154051 | 6039 nt | TSL 5 BASIC | 2.9 | □□□□□ -1.95 | | |
| Foxd1 | Q61345 | Gm26082-201 | ENSMUST00000104070 | 127 nt | BASIC | 2.89 | □□□□□ -1.95 | | |
| Foxd1 | Q61345 | Gm25825-201 | ENSMUST00000157091 | 124 nt | BASIC | 2.89 | □□□□□ -1.95 | | |
| Foxd1 | Q61345 | Gm24771-201 | ENSMUST00000158508 | 137 nt | BASIC | 2.89 | □□□□□ -1.95 | | |
| Foxd1 | Q61345 | Gm42855-201 | ENSMUST00000197388 | 253 nt | BASIC | 2.89 | □□□□□ -1.95 | | |
| Foxd1 | Q61345 | Gm44478-201 | ENSMUST00000204875 | 114 nt | BASIC | 2.89 | □□□□□ -1.95 | | |
| Foxd1 | Q61345 | Gm20083-201 | ENSMUST00000205849 | 751 nt | TSL 3 BASIC | 2.89 | □□□□□ -1.95 | | |
| Foxd1 | Q61345 | Mir29c-201 | ENSMUST00000083614 | 88 nt | BASIC | 2.89 | □□□□□ -1.95 | | |
| Foxd1 | Q61345 | Gm45558-201 | ENSMUST00000209384 | 1895 nt | BASIC | 2.88 | □□□□□ -1.95 | | |