Protein–RNA interactions for Protein: Q9QXK7

Cpsf3, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3, mousemouse

Predictions only

Length 684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Cpsf3Q9QXK7 Calml4-206ENSMUST00000215870 803 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
Cpsf3Q9QXK7 Vpreb1-201ENSMUST00000075017 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
Cpsf3Q9QXK7 Acads-201ENSMUST00000031524 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
Cpsf3Q9QXK7 Doc2g-201ENSMUST00000025806 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
Cpsf3Q9QXK7 Dnaaf5-203ENSMUST00000196441 2426 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
Cpsf3Q9QXK7 Rab1a-201ENSMUST00000020358 2827 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
Cpsf3Q9QXK7 Kcnq5-203ENSMUST00000115300 6975 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
Cpsf3Q9QXK7 Ppp2r1b-204ENSMUST00000174628 2195 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
Cpsf3Q9QXK7 Hsf5-201ENSMUST00000093956 4158 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
Cpsf3Q9QXK7 Gm42417-201ENSMUST00000191849 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Cpsf3Q9QXK7 Tnfsf14-201ENSMUST00000005976 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Cpsf3Q9QXK7 Hcn2-202ENSMUST00000099513 3195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Cpsf3Q9QXK7 Dpy19l1-203ENSMUST00000142064 3489 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
Cpsf3Q9QXK7 St3gal2-201ENSMUST00000034197 4396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Cpsf3Q9QXK7 4930544D05Rik-204ENSMUST00000180052 755 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
Cpsf3Q9QXK7 Hoxa6-201ENSMUST00000062829 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Cpsf3Q9QXK7 Gm16499-203ENSMUST00000204633 2177 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
Cpsf3Q9QXK7 Fam149b-216ENSMUST00000225942 2151 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
Cpsf3Q9QXK7 Arhgef17-204ENSMUST00000209041 4516 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Cpsf3Q9QXK7 Ing1-202ENSMUST00000209565 1971 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Cpsf3Q9QXK7 Lrrc14-202ENSMUST00000127208 4849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Cpsf3Q9QXK7 Trim54-201ENSMUST00000013771 1434 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Cpsf3Q9QXK7 Cct6b-201ENSMUST00000021040 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Cpsf3Q9QXK7 Acaa1a-201ENSMUST00000039784 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Cpsf3Q9QXK7 Prdm6-201ENSMUST00000091900 2601 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Cpsf3Q9QXK7 Nhs-201ENSMUST00000081569 4881 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Cpsf3Q9QXK7 Proser2-201ENSMUST00000054254 2061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Cpsf3Q9QXK7 Atxn7-203ENSMUST00000223880 2946 ntAPPRIS P2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
Cpsf3Q9QXK7 Slc23a4-205ENSMUST00000201355 2003 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
Cpsf3Q9QXK7 Rbpms-213ENSMUST00000191473 2547 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Cpsf3Q9QXK7 Clcn2-202ENSMUST00000120099 2812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
Cpsf3Q9QXK7 A130014A01Rik-201ENSMUST00000183021 2323 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
Cpsf3Q9QXK7 Dbndd2-201ENSMUST00000017878 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
Cpsf3Q9QXK7 2610301B20Rik-201ENSMUST00000080517 2116 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Cpsf3Q9QXK7 Ubtf-206ENSMUST00000107123 2759 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
Cpsf3Q9QXK7 Jmy-201ENSMUST00000065537 8776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Cpsf3Q9QXK7 Bmp8a-201ENSMUST00000040496 2405 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Cpsf3Q9QXK7 Naif1-201ENSMUST00000048431 4650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Cpsf3Q9QXK7 Gm10013-201ENSMUST00000106074 672 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
Cpsf3Q9QXK7 Sap18-203ENSMUST00000111269 459 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
Cpsf3Q9QXK7 Pcyox1-206ENSMUST00000204116 546 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
Cpsf3Q9QXK7 Gm18101-201ENSMUST00000215769 548 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
Cpsf3Q9QXK7 Olfr317-201ENSMUST00000075607 1128 ntAPPRIS P1 BASIC18.28■□□□□ 0.52
Cpsf3Q9QXK7 Olfr1232-201ENSMUST00000099785 936 ntAPPRIS P1 BASIC18.28■□□□□ 0.52
Cpsf3Q9QXK7 Nagpa-203ENSMUST00000147567 2230 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Cpsf3Q9QXK7 Pdxdc1-202ENSMUST00000115802 2466 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Cpsf3Q9QXK7 Nr4a1-201ENSMUST00000023779 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Cpsf3Q9QXK7 Alyref-201ENSMUST00000026125 3527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Cpsf3Q9QXK7 Smad5-203ENSMUST00000109876 4570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Cpsf3Q9QXK7 Rpf1-201ENSMUST00000029838 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Cpsf3Q9QXK7 Dpep3-201ENSMUST00000034371 1698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Cpsf3Q9QXK7 Shank3-203ENSMUST00000109309 7365 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Cpsf3Q9QXK7 Abhd10-201ENSMUST00000066983 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Cpsf3Q9QXK7 Mfsd13a-202ENSMUST00000128041 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Cpsf3Q9QXK7 2310002F09Rik-201ENSMUST00000181454 1607 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Cpsf3Q9QXK7 Gm11748-201ENSMUST00000153825 1498 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
Cpsf3Q9QXK7 4933402J07Rik-201ENSMUST00000093342 1304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Cpsf3Q9QXK7 Car9-201ENSMUST00000030183 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Cpsf3Q9QXK7 Eif4g3-202ENSMUST00000084214 6139 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Cpsf3Q9QXK7 Gm3272-201ENSMUST00000181181 1229 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
Cpsf3Q9QXK7 Bcl7c-205ENSMUST00000205977 891 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
Cpsf3Q9QXK7 Ttc32-203ENSMUST00000219488 768 ntTSL 3 BASIC18.27■□□□□ 0.52
Cpsf3Q9QXK7 Mrpl28-201ENSMUST00000025014 1048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Cpsf3Q9QXK7 Gm10566-201ENSMUST00000086739 996 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
Cpsf3Q9QXK7 Ldlrad1-201ENSMUST00000094916 1093 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
Cpsf3Q9QXK7 Pdss2-201ENSMUST00000095725 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Cpsf3Q9QXK7 Snx30-201ENSMUST00000030080 7314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Cpsf3Q9QXK7 Gm10649-203ENSMUST00000148066 1812 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Cpsf3Q9QXK7 Auh-202ENSMUST00000110031 3235 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Cpsf3Q9QXK7 Actl10-201ENSMUST00000104928 1501 ntAPPRIS P1 BASIC18.27■□□□□ 0.51
Cpsf3Q9QXK7 Acot7-206ENSMUST00000167926 1505 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
Cpsf3Q9QXK7 Actl10-202ENSMUST00000226583 1501 ntBASIC18.27■□□□□ 0.51
Cpsf3Q9QXK7 Trmo-201ENSMUST00000030015 1527 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
Cpsf3Q9QXK7 8030462N17Rik-201ENSMUST00000074653 3418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
Cpsf3Q9QXK7 Eomes-202ENSMUST00000111763 2869 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
Cpsf3Q9QXK7 Slc30a5-205ENSMUST00000225922 2722 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.27■□□□□ 0.51
Cpsf3Q9QXK7 Klhdc8b-214ENSMUST00000195435 1612 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.51
Cpsf3Q9QXK7 Tnfrsf25-202ENSMUST00000035275 1603 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
Cpsf3Q9QXK7 Lrrc43-202ENSMUST00000121444 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
Cpsf3Q9QXK7 Ccdc126-201ENSMUST00000055559 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Cpsf3Q9QXK7 Trim14-202ENSMUST00000102924 1582 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
Cpsf3Q9QXK7 Coil-201ENSMUST00000036649 2607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Cpsf3Q9QXK7 Slc22a12-201ENSMUST00000113451 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Cpsf3Q9QXK7 Mbp-201ENSMUST00000047865 2492 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Cpsf3Q9QXK7 Pi4k2b-201ENSMUST00000031081 3139 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Cpsf3Q9QXK7 Zbtb24-202ENSMUST00000213797 2734 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Cpsf3Q9QXK7 Pard3-209ENSMUST00000160272 5815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Cpsf3Q9QXK7 Ndufaf8-201ENSMUST00000106223 781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Cpsf3Q9QXK7 Arnt-204ENSMUST00000107160 783 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Cpsf3Q9QXK7 Gm6659-201ENSMUST00000174752 547 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
Cpsf3Q9QXK7 Hist1h2br-203ENSMUST00000180288 1256 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Cpsf3Q9QXK7 Grtp1-204ENSMUST00000209691 1030 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
Cpsf3Q9QXK7 Spata33-206ENSMUST00000212637 569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
Cpsf3Q9QXK7 Ly6h-202ENSMUST00000065417 985 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
Cpsf3Q9QXK7 Hist1h2bq-202ENSMUST00000091749 1254 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Cpsf3Q9QXK7 Ndufv3-201ENSMUST00000046288 1537 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Cpsf3Q9QXK7 Gpr6-201ENSMUST00000061796 1786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Cpsf3Q9QXK7 Jade1-202ENSMUST00000163764 5584 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Cpsf3Q9QXK7 Gm26858-201ENSMUST00000180608 2040 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
Cpsf3Q9QXK7 Iqsec2-202ENSMUST00000112604 5967 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 29.6 ms