Protein–RNA interactions for Protein: Q62226

Shh, Sonic hedgehog protein, mousemouse

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ShhQ62226 Vps53-202ENSMUST00000094015 2645 ntTSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Mff-208ENSMUST00000160786 1645 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Eepd1-201ENSMUST00000040677 2723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Fam126a-202ENSMUST00000101513 1679 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Adam15-203ENSMUST00000107446 1686 ntTSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Npnt-202ENSMUST00000042744 4619 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Prpsap1-201ENSMUST00000106391 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
ShhQ62226 4930544D05Rik-204ENSMUST00000180052 755 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
ShhQ62226 AC166341.7-201ENSMUST00000221698 126 ntBASIC15.83■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Olfr464-201ENSMUST00000074874 1084 ntAPPRIS P1 BASIC15.83■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Izumo2-201ENSMUST00000085422 632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Misp-205ENSMUST00000219305 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Fam159b-201ENSMUST00000043061 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Mmp23-201ENSMUST00000030937 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Snap91-202ENSMUST00000074468 4336 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Fbxo33-201ENSMUST00000043204 3688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Cetn4-205ENSMUST00000140956 2981 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Gm42417-201ENSMUST00000191849 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Cbarp-201ENSMUST00000105369 3121 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Trpc4ap-201ENSMUST00000041059 3204 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Gm16863-201ENSMUST00000181476 2431 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Nos1ap-207ENSMUST00000161966 1607 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Pdxdc1-202ENSMUST00000115802 2466 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Bcs1l-202ENSMUST00000113732 1679 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Rab40c-207ENSMUST00000167626 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Shq1-202ENSMUST00000113312 6816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Tcf7l2-203ENSMUST00000111646 2839 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
ShhQ62226 D17Wsu92e-203ENSMUST00000114863 3828 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Phtf1-203ENSMUST00000090685 3006 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Pik3r2-201ENSMUST00000034296 3165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Crk-203ENSMUST00000108425 4290 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Klhl31-201ENSMUST00000057781 6494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Gas2-201ENSMUST00000051912 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Rtn4-204ENSMUST00000102842 2257 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Dnajb9-201ENSMUST00000015049 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Gm7153-201ENSMUST00000117092 455 ntBASIC15.82■□□□□ 0.12
ShhQ62226 4930544I03Rik-201ENSMUST00000181184 1276 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Gm27704-201ENSMUST00000185094 107 ntBASIC15.82■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Rps2-ps2-201ENSMUST00000194305 881 ntBASIC15.82■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Gm42738-201ENSMUST00000201813 439 ntTSL 3 BASIC15.82■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Hsbp1-202ENSMUST00000212468 638 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Clcn2-202ENSMUST00000120099 2812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Ntng1-204ENSMUST00000106571 1446 ntTSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Ntng1-210ENSMUST00000138953 1443 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Ecel1-204ENSMUST00000161002 3033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Fcgrt-201ENSMUST00000003512 1770 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Ino80e-202ENSMUST00000106342 1840 ntTSL 3 BASIC15.82■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Arl1-202ENSMUST00000116234 2080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Kif7-202ENSMUST00000178048 4524 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Pard3-226ENSMUST00000162907 4682 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Rbl2-201ENSMUST00000034091 4925 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Whrn-205ENSMUST00000095038 2665 ntTSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Col4a3bp-201ENSMUST00000077672 2746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Agpat3-203ENSMUST00000105388 3681 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.81■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Sept4-205ENSMUST00000107962 1678 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.81■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Tmem198-202ENSMUST00000113575 2185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Pld6-202ENSMUST00000125307 948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Blvrb-204ENSMUST00000133750 509 ntTSL 2 BASIC15.81■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Itpripl2-201ENSMUST00000178344 6865 ntAPPRIS P1 BASIC15.81■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Gm43353-201ENSMUST00000199224 1295 ntBASIC15.81■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Doc2g-201ENSMUST00000025806 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Ola1-201ENSMUST00000028517 2175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Txnl4b-201ENSMUST00000034159 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Rmnd1-201ENSMUST00000042251 3139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Hoxb4-201ENSMUST00000049241 2566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Alkbh2-201ENSMUST00000053657 1073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Lancl2-202ENSMUST00000072954 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Arhgap39-202ENSMUST00000077821 4494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Slc35e3-201ENSMUST00000079041 3489 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Artn-202ENSMUST00000097913 1568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Dag1-201ENSMUST00000080435 4364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Rnf146-202ENSMUST00000160144 4323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Gopc-202ENSMUST00000105475 4317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Acbd4-201ENSMUST00000024492 2075 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Apbb1-209ENSMUST00000188368 1970 ntTSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Podxl2-201ENSMUST00000038409 1994 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Nfe2l1-202ENSMUST00000107657 3869 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Pcdh7-201ENSMUST00000068110 5611 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Zdhhc16-201ENSMUST00000026154 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Fuz-201ENSMUST00000071207 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Shc3-201ENSMUST00000021898 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Zmiz1-201ENSMUST00000007961 5397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Whrn-206ENSMUST00000102867 4013 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Zkscan8-202ENSMUST00000110481 728 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Gm12085-201ENSMUST00000119263 940 ntBASIC15.8■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Tsfm-202ENSMUST00000120547 1271 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Gm28033-201ENSMUST00000184224 96 ntBASIC15.8■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Mgarp-201ENSMUST00000038154 1232 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Klf13-201ENSMUST00000063694 6396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Fam53a-201ENSMUST00000045329 2346 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Matn4-202ENSMUST00000103104 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Ift74-201ENSMUST00000030311 2139 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Lrrfip2-202ENSMUST00000098340 3191 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Plekha7-210ENSMUST00000182834 5257 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Mapre3-201ENSMUST00000031058 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Ttc13-201ENSMUST00000041614 3038 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Mrs2-201ENSMUST00000021772 7035 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Arhgef16-201ENSMUST00000030898 2860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Elac2-203ENSMUST00000108697 2612 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
ShhQ62226 Uhmk1-201ENSMUST00000027979 7864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 33.3 ms