Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Chrna2-202ENSMUST00000206455 1933 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.68■■■□□ 2.02
Ccdc88bQ4QRL3 Fhl3-201ENSMUST00000038684 1664 ntTSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
Ccdc88bQ4QRL3 Gatc-201ENSMUST00000139167 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
Ccdc88bQ4QRL3 Slc25a47-202ENSMUST00000221080 1890 ntTSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
Ccdc88bQ4QRL3 Dixdc1-207ENSMUST00000121634 2420 ntTSL 5 BASIC27.67■■■□□ 2.02
Ccdc88bQ4QRL3 Gm6443-201ENSMUST00000203599 874 ntBASIC27.67■■■□□ 2.02
Ccdc88bQ4QRL3 1810010D01Rik-204ENSMUST00000208788 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
Ccdc88bQ4QRL3 Vegfc-203ENSMUST00000210831 555 ntTSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
Ccdc88bQ4QRL3 Thoc7-201ENSMUST00000065865 937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
Ccdc88bQ4QRL3 Dvl3-204ENSMUST00000171774 2319 ntTSL 5 BASIC27.67■■■□□ 2.02
Ccdc88bQ4QRL3 Trap1-201ENSMUST00000006137 2320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
Ccdc88bQ4QRL3 Smap2-201ENSMUST00000043200 2905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
Ccdc88bQ4QRL3 Fam3a-206ENSMUST00000114143 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
Ccdc88bQ4QRL3 A930012L18Rik-201ENSMUST00000181094 2364 ntTSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
Ccdc88bQ4QRL3 Mrpl49-201ENSMUST00000007482 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
Ccdc88bQ4QRL3 Card10-203ENSMUST00000170584 3220 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.66■■■□□ 2.02
Ccdc88bQ4QRL3 Rpf1-201ENSMUST00000029838 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
Ccdc88bQ4QRL3 Flg-202ENSMUST00000178008 768 ntAPPRIS ALT2 BASIC27.66■■■□□ 2.02
Ccdc88bQ4QRL3 Flg-205ENSMUST00000179250 765 ntAPPRIS ALT2 BASIC27.66■■■□□ 2.02
Ccdc88bQ4QRL3 Flg-206ENSMUST00000179477 768 ntAPPRIS ALT2 BASIC27.66■■■□□ 2.02
Ccdc88bQ4QRL3 Hist1h1a-201ENSMUST00000055770 741 ntAPPRIS P1 BASIC27.66■■■□□ 2.02
Ccdc88bQ4QRL3 Chtf8-206ENSMUST00000177068 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
Ccdc88bQ4QRL3 Nagpa-203ENSMUST00000147567 2230 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
Ccdc88bQ4QRL3 Mamstr-201ENSMUST00000148532 1606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
Ccdc88bQ4QRL3 Fcgrt-203ENSMUST00000210642 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
Ccdc88bQ4QRL3 Nrn1-201ENSMUST00000037623 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
Ccdc88bQ4QRL3 Ndufv2-203ENSMUST00000143987 1540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
Ccdc88bQ4QRL3 Pdap1-201ENSMUST00000031627 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
Ccdc88bQ4QRL3 Nat9-203ENSMUST00000103040 1204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
Ccdc88bQ4QRL3 Nat9-204ENSMUST00000103041 953 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.65■■■□□ 2.02
Ccdc88bQ4QRL3 Pafah1b3-207ENSMUST00000155118 679 ntTSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
Ccdc88bQ4QRL3 Arpc5-201ENSMUST00000077755 1914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
Ccdc88bQ4QRL3 Gm12963-201ENSMUST00000131846 783 ntTSL 5 BASIC27.64■■■□□ 2.02
Ccdc88bQ4QRL3 Gm12973-201ENSMUST00000143967 607 ntTSL 5 BASIC27.64■■■□□ 2.02
Ccdc88bQ4QRL3 Tma7-201ENSMUST00000167504 944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
Ccdc88bQ4QRL3 Slc19a2-204ENSMUST00000169394 894 ntTSL 5 BASIC27.64■■■□□ 2.02
Ccdc88bQ4QRL3 Slc39a1-201ENSMUST00000015467 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
Ccdc88bQ4QRL3 Usb1-201ENSMUST00000034245 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
Ccdc88bQ4QRL3 Eral1-201ENSMUST00000021183 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
Ccdc88bQ4QRL3 Gne-202ENSMUST00000102936 2920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
Ccdc88bQ4QRL3 Msl1-204ENSMUST00000107487 2836 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.64■■■□□ 2.02
Ccdc88bQ4QRL3 Cldn7-201ENSMUST00000018713 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp119b-201ENSMUST00000056147 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.01
Ccdc88bQ4QRL3 Gck-202ENSMUST00000109822 1786 ntTSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.01
Ccdc88bQ4QRL3 Mfsd4b3-201ENSMUST00000095749 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.01
Ccdc88bQ4QRL3 D830030K20Rik-204ENSMUST00000225885 1142 ntBASIC27.64■■■□□ 2.01
Ccdc88bQ4QRL3 Serf2-201ENSMUST00000099475 525 ntTSL 2 BASIC27.64■■■□□ 2.01
Ccdc88bQ4QRL3 St8sia5-201ENSMUST00000075290 1841 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
Ccdc88bQ4QRL3 Rasgef1b-205ENSMUST00000161148 2430 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
Ccdc88bQ4QRL3 Dhx15-201ENSMUST00000031061 3010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
Ccdc88bQ4QRL3 Spats2l-212ENSMUST00000170139 2315 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.63■■■□□ 2.01
Ccdc88bQ4QRL3 Ccdc102a-201ENSMUST00000077955 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
Ccdc88bQ4QRL3 Cyth2-201ENSMUST00000056820 2527 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
Ccdc88bQ4QRL3 Anp32e-201ENSMUST00000015893 1381 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
Ccdc88bQ4QRL3 Smu1-201ENSMUST00000030117 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
Ccdc88bQ4QRL3 Bmp8a-201ENSMUST00000040496 2405 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
Ccdc88bQ4QRL3 Nrn1l-202ENSMUST00000118920 603 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
Ccdc88bQ4QRL3 Kcng4-202ENSMUST00000164382 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.63■■■□□ 2.01
Ccdc88bQ4QRL3 Herpud2-201ENSMUST00000008573 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
Ccdc88bQ4QRL3 Klhl2-201ENSMUST00000034017 3412 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
Ccdc88bQ4QRL3 Esyt2-201ENSMUST00000100986 5560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
Ccdc88bQ4QRL3 Rassf1-204ENSMUST00000122225 1783 ntTSL 5 BASIC27.62■■■□□ 2.01
Ccdc88bQ4QRL3 Rassf1-202ENSMUST00000093786 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
Ccdc88bQ4QRL3 Gnb1-203ENSMUST00000165335 3143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
Ccdc88bQ4QRL3 Mfsd13a-202ENSMUST00000128041 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
Ccdc88bQ4QRL3 Ghrhr-201ENSMUST00000063578 1550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
Ccdc88bQ4QRL3 Bex1-203ENSMUST00000113120 718 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.62■■■□□ 2.01
Ccdc88bQ4QRL3 Apopt1-204ENSMUST00000163220 671 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
Ccdc88bQ4QRL3 Gm21887-202ENSMUST00000179760 483 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.62■■■□□ 2.01
Ccdc88bQ4QRL3 Arhgap33-206ENSMUST00000208522 781 ntTSL 3 BASIC27.62■■■□□ 2.01
Ccdc88bQ4QRL3 AC164629.2-201ENSMUST00000217916 270 ntBASIC27.62■■■□□ 2.01
Ccdc88bQ4QRL3 Abcc5-203ENSMUST00000096199 1136 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
Ccdc88bQ4QRL3 Ing1-202ENSMUST00000209565 1971 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
Ccdc88bQ4QRL3 Egln1-201ENSMUST00000034469 3594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
Ccdc88bQ4QRL3 Gm16638-201ENSMUST00000148687 1865 ntTSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
Ccdc88bQ4QRL3 Ncor1-203ENSMUST00000069456 3171 ntTSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
Ccdc88bQ4QRL3 Kcnk10-203ENSMUST00000221305 1357 ntTSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
Ccdc88bQ4QRL3 Ank1-201ENSMUST00000033947 1030 ntTSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
Ccdc88bQ4QRL3 Dhodh-209ENSMUST00000143900 1455 ntTSL 5 BASIC27.61■■■□□ 2.01
Ccdc88bQ4QRL3 Vps72-201ENSMUST00000009102 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
Ccdc88bQ4QRL3 Prkcg-202ENSMUST00000172109 2119 ntTSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
Ccdc88bQ4QRL3 Nsun5-201ENSMUST00000000940 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
Ccdc88bQ4QRL3 Prss8-201ENSMUST00000032988 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
Ccdc88bQ4QRL3 Adcy9-203ENSMUST00000120080 4974 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
Ccdc88bQ4QRL3 Gm13884-201ENSMUST00000118103 829 ntBASIC27.6■■■□□ 2.01
Ccdc88bQ4QRL3 Scpep1os-201ENSMUST00000139592 811 ntTSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
Ccdc88bQ4QRL3 Syne4-208ENSMUST00000176304 1006 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.6■■■□□ 2.01
Ccdc88bQ4QRL3 Mfsd10-203ENSMUST00000114331 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
Ccdc88bQ4QRL3 Gm42417-201ENSMUST00000191849 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
Ccdc88bQ4QRL3 Zbtb8a-201ENSMUST00000030610 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
Ccdc88bQ4QRL3 Prdm6-201ENSMUST00000091900 2601 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10300-201ENSMUST00000094662 2296 ntAPPRIS P1 BASIC27.59■■■□□ 2.01
Ccdc88bQ4QRL3 Oraov1-203ENSMUST00000105895 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
Ccdc88bQ4QRL3 Cgrrf1-204ENSMUST00000140114 419 ntTSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
Ccdc88bQ4QRL3 AC153794.1-201ENSMUST00000169148 126 ntBASIC27.59■■■□□ 2.01
Ccdc88bQ4QRL3 B3gnt9-202ENSMUST00000136822 2516 ntAPPRIS P1 BASIC27.59■■■□□ 2.01
Ccdc88bQ4QRL3 Pou6f1-202ENSMUST00000073837 4953 ntTSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
Ccdc88bQ4QRL3 Tpm1-215ENSMUST00000113705 1759 ntTSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
Ccdc88bQ4QRL3 St7l-202ENSMUST00000106769 2428 ntTSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
Ccdc88bQ4QRL3 Insm1-201ENSMUST00000089257 3100 ntAPPRIS P1 BASIC27.59■■■□□ 2.01
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 15.7 ms