Protein–RNA interactions for Protein: Q5NCC9

Trim58, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM58, mousemouse

Predictions only

Length 485 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim58Q5NCC9 Wipf1-201ENSMUST00000094681 4728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 Cdv3-207ENSMUST00000190226 3107 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 Nosip-201ENSMUST00000003513 1814 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 Tle4-201ENSMUST00000052011 4555 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 Stk33-201ENSMUST00000090414 2221 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 Abcd4-201ENSMUST00000021666 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 Cadm3-201ENSMUST00000005470 2518 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 Opn4-202ENSMUST00000168444 2075 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 Uhrf2-201ENSMUST00000025739 3536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 Rassf8-203ENSMUST00000111704 5446 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 Rev1-201ENSMUST00000027251 4262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
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Trim58Q5NCC9 Tsfm-202ENSMUST00000120547 1271 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 Dohh-206ENSMUST00000131968 672 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.56■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 Gm17182-201ENSMUST00000163795 860 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 Gm27000-201ENSMUST00000182943 842 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 Gm45894-202ENSMUST00000212728 1097 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 Aprt-201ENSMUST00000006764 849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
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Trim58Q5NCC9 Rusc1-203ENSMUST00000166687 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 Tbc1d9-202ENSMUST00000093393 5334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 Tead3-205ENSMUST00000154873 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 Mst1-204ENSMUST00000162886 2209 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 Timm44-201ENSMUST00000003029 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 Pacsin3-202ENSMUST00000059566 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 Ptpre-201ENSMUST00000073961 5410 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 Sart1-201ENSMUST00000044207 5091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 Iqsec2-207ENSMUST00000168786 5993 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 Rock2-201ENSMUST00000020904 7644 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
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Trim58Q5NCC9 Cnih3-204ENSMUST00000209607 564 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 AC156016.1-201ENSMUST00000227190 1035 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 Otx2os1-204ENSMUST00000227221 751 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 Odf3b-204ENSMUST00000227834 930 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 Ccdc166-202ENSMUST00000183130 1563 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 Tbcel-201ENSMUST00000066148 5000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 Hyls1-201ENSMUST00000115110 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 Ccnl1-201ENSMUST00000029416 2169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 Sncaip-205ENSMUST00000178011 3433 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 Mipep-201ENSMUST00000063562 3015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 Gm15743-202ENSMUST00000182690 1901 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 Hand1-201ENSMUST00000036917 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
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Trim58Q5NCC9 Dtx2-201ENSMUST00000005072 2562 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
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Trim58Q5NCC9 Map4k5-210ENSMUST00000171211 4334 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 Rnf157-202ENSMUST00000106398 4553 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 Akap8l-201ENSMUST00000050214 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
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Trim58Q5NCC9 Kdelr2-201ENSMUST00000110731 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
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Trim58Q5NCC9 Lonrf1-201ENSMUST00000065297 3930 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 Dusp8-201ENSMUST00000039926 4804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
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Trim58Q5NCC9 Gm16861-201ENSMUST00000181498 1647 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 Cct8-201ENSMUST00000026704 2394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 Jag1-201ENSMUST00000028735 5612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 Stk39-201ENSMUST00000102715 3536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 Capn1-202ENSMUST00000164843 3048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 Clta-203ENSMUST00000107847 1121 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 Steap1-201ENSMUST00000015796 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 Gm3375-201ENSMUST00000203929 796 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 AC107711.5-202ENSMUST00000226429 702 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 Fitm1-201ENSMUST00000022826 971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 1700020N01Rik-201ENSMUST00000057341 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 Rab35-201ENSMUST00000031492 2820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 Gm5414-201ENSMUST00000062879 1659 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 Dclk2-208ENSMUST00000194452 2066 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 Arhgef9-216ENSMUST00000197206 2227 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 Vmn1r17-201ENSMUST00000227186 2234 ntAPPRIS P2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 Ocel1-203ENSMUST00000110052 5285 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
Trim58Q5NCC9 9330151L19Rik-201ENSMUST00000181850 2545 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
Trim58Q5NCC9 Lsm1-201ENSMUST00000038421 2663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
Trim58Q5NCC9 Matn4-201ENSMUST00000103103 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
Trim58Q5NCC9 Gaa-202ENSMUST00000106258 1369 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
Trim58Q5NCC9 Large2-215ENSMUST00000176810 2477 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
Trim58Q5NCC9 Coro1a-201ENSMUST00000032949 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
Trim58Q5NCC9 Ust-201ENSMUST00000061601 4228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 22 ms