Protein–RNA interactions for Protein: Q3ULL6

Upf3b, UPF3 regulator of nonsense transcripts homolog B (yeast), mousemouse

Predictions only

Length 472 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Upf3bQ3ULL6 Gm43294-201ENSMUST00000202850 2490 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Blmh-201ENSMUST00000021197 2497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Myb-201ENSMUST00000020158 3074 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Plac9a-201ENSMUST00000052286 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 A430057M04Rik-202ENSMUST00000170150 2176 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Nr1h2-213ENSMUST00000167197 1944 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Il4i1-202ENSMUST00000118125 2275 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Ccdc17-201ENSMUST00000051869 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Stambpl1-201ENSMUST00000054956 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Ccni-201ENSMUST00000058550 2804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Bad-202ENSMUST00000113423 990 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Eda-204ENSMUST00000113777 1056 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Tm4sf19-201ENSMUST00000115149 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Ddah2-204ENSMUST00000174493 1254 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Eda-201ENSMUST00000071453 1152 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Wipf1-201ENSMUST00000094681 4728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Krt15-201ENSMUST00000107411 1700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Dnajb2-208ENSMUST00000188346 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Trim45-202ENSMUST00000094048 1815 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Klf14-201ENSMUST00000101589 3056 ntAPPRIS P1 BASIC18.25■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Nxnl1-201ENSMUST00000048243 2285 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Gm3488-202ENSMUST00000181562 1945 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Ppp2r5d-201ENSMUST00000002839 2926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Trappc3-201ENSMUST00000030660 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Polr1c-201ENSMUST00000087026 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Vrk2-201ENSMUST00000078362 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Mmp23-201ENSMUST00000030937 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Lrrfip2-202ENSMUST00000098340 3191 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 9430097D07Rik-201ENSMUST00000100190 1501 ntAPPRIS P1 BASIC18.24■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Tmem47-203ENSMUST00000171953 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Rbl2-201ENSMUST00000034091 4925 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Gm15565-201ENSMUST00000118890 427 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Tpsg1-202ENSMUST00000160377 1040 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Gm2431-201ENSMUST00000171531 519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Rwdd1-201ENSMUST00000019917 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 BC048679-201ENSMUST00000073406 522 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Fndc11-201ENSMUST00000050026 1387 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 1700096K18Rik-201ENSMUST00000188465 1454 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 2310022A10Rik-201ENSMUST00000067386 2701 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Sars2-201ENSMUST00000094632 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Edem1-201ENSMUST00000089162 5817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Ing1-202ENSMUST00000209565 1971 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Cdipt-201ENSMUST00000032920 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Mcl1-201ENSMUST00000037947 3418 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Uso1-204ENSMUST00000202155 3707 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Ttc14-203ENSMUST00000117915 4913 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Mpst-203ENSMUST00000169133 1309 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Mpdu1-201ENSMUST00000018905 1321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Cdk10-201ENSMUST00000036880 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Atp5c1-202ENSMUST00000114896 1735 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Kdelr2-201ENSMUST00000110731 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Fez2-202ENSMUST00000112487 2020 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Nagpa-203ENSMUST00000147567 2230 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Mag-201ENSMUST00000040548 2419 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Tmem214-202ENSMUST00000201203 6110 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Krt73-201ENSMUST00000063292 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Rybp-201ENSMUST00000101118 4503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Kif7-202ENSMUST00000178048 4524 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Cutc-202ENSMUST00000112047 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Khsrp-201ENSMUST00000007814 3990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Casp9-201ENSMUST00000030747 3897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Lrrc43-202ENSMUST00000121444 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Ankrd9-202ENSMUST00000128353 2577 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Zdhhc24-201ENSMUST00000006632 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Wnt10b-207ENSMUST00000228594 1510 ntAPPRIS P1 BASIC18.23■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Krt12-201ENSMUST00000017741 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Prss53-202ENSMUST00000205300 1662 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Tnfrsf25-201ENSMUST00000025706 1661 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Aifm1-201ENSMUST00000037349 2237 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Dtnbp1-203ENSMUST00000220555 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Faap20-201ENSMUST00000097747 1479 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Rbpj-203ENSMUST00000113865 5440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Arrb2-203ENSMUST00000102563 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Fxr1-201ENSMUST00000001620 2459 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Rpl18-ps2-201ENSMUST00000118863 567 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Gm11539-201ENSMUST00000119837 557 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Gm13436-201ENSMUST00000120418 567 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Gm14114-201ENSMUST00000139345 287 ntTSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Gm10830-201ENSMUST00000186379 636 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Ripply2-201ENSMUST00000058846 503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Irf3-213ENSMUST00000209066 1712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Ctsf-201ENSMUST00000119694 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Ppme1-201ENSMUST00000032963 2772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Ccnd3-202ENSMUST00000171031 2113 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Ppp1r1b-204ENSMUST00000137634 1343 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Gm10649-203ENSMUST00000148066 1812 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Mta3-203ENSMUST00000112350 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Pitpnm1-201ENSMUST00000049658 4206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Gm2788-202ENSMUST00000147173 1390 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Mfsd13a-202ENSMUST00000128041 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Scly-201ENSMUST00000027532 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Rmdn3-201ENSMUST00000094695 2249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Arpc1a-201ENSMUST00000031625 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Pdcd5-202ENSMUST00000120714 767 ntTSL 3 BASIC18.21■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Nrn1-202ENSMUST00000122286 691 ntTSL 3 BASIC18.21■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 2210408F21Rik-213ENSMUST00000153057 652 ntTSL 3 BASIC18.21■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Pih1d2-201ENSMUST00000000171 1256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Snrnp48-202ENSMUST00000178564 847 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Olfr464-201ENSMUST00000074874 1084 ntAPPRIS P1 BASIC18.21■□□□□ 0.51
Upf3bQ3ULL6 Med18-201ENSMUST00000102567 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 509.4 ms