Protein–RNA interactions for Protein: P11260

Lire1, LINE-1 retrotransposable element ORF1 protein, mousemouse

Predictions only

Length 357 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lire1P11260 Snrnp35-202ENSMUST00000111453 1181 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Ost4-201ENSMUST00000132034 576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Calu-208ENSMUST00000173694 611 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
Lire1P11260 1600023N17Rik-201ENSMUST00000196242 1007 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Eml2-201ENSMUST00000048502 2275 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Trim31-201ENSMUST00000078438 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Plekhh3-206ENSMUST00000164474 3010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Tcf3-206ENSMUST00000105342 2928 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Espn-203ENSMUST00000070018 1618 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Gm38308-201ENSMUST00000194934 1809 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Agbl5-208ENSMUST00000201168 3199 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Atp5c1-203ENSMUST00000114897 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Dmrta2os-202ENSMUST00000141893 691 ntTSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
Lire1P11260 H2-Eb1-201ENSMUST00000074557 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Gm16432-201ENSMUST00000094273 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Lsm1-201ENSMUST00000038421 2663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Cdk12-203ENSMUST00000107539 5912 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Bmp8a-201ENSMUST00000040496 2405 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Gabarap-201ENSMUST00000018711 1351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Gm45736-201ENSMUST00000210592 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Dhrs7-201ENSMUST00000021512 1385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Bptf-201ENSMUST00000057892 11488 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Zdhhc15-201ENSMUST00000042070 5509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Rnf168-203ENSMUST00000171474 4460 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Susd1-202ENSMUST00000107544 3220 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Fbxo33-201ENSMUST00000043204 3688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Cog2-201ENSMUST00000034460 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Agfg2-202ENSMUST00000100544 2858 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Gda-201ENSMUST00000087600 5428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Sap18-201ENSMUST00000111267 660 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Arpc4-202ENSMUST00000171058 695 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Gm26879-201ENSMUST00000181127 1176 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Gm37055-201ENSMUST00000191866 133 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Exosc3-201ENSMUST00000030003 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Gm7579-201ENSMUST00000097943 732 ntAPPRIS P1 BASIC16.12■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Hnrnph1-201ENSMUST00000069304 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Gfer-201ENSMUST00000046839 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Chst10-206ENSMUST00000194361 2996 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Lire1P11260 BC037032-204ENSMUST00000155191 3291 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Tsks-202ENSMUST00000120929 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Krt9-201ENSMUST00000059707 2580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Axin1-203ENSMUST00000163421 2890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Grb7-201ENSMUST00000019456 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Rala-201ENSMUST00000009003 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Urgcp-201ENSMUST00000053427 5527 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Rbmxl1-201ENSMUST00000049245 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Mllt10-204ENSMUST00000114680 3543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Zfp995-205ENSMUST00000190066 2221 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Lgr6-201ENSMUST00000044828 6675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Rock1-201ENSMUST00000067947 6187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Mtmr12-201ENSMUST00000038172 6840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Vstm2b-203ENSMUST00000205845 1455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Mob2-201ENSMUST00000084418 1490 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Galnt16-204ENSMUST00000218943 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Aim2-204ENSMUST00000166137 2079 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Txndc15-201ENSMUST00000021959 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Dnajb3-201ENSMUST00000119972 1051 ntAPPRIS P1 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Lire1P11260 2210408F21Rik-204ENSMUST00000136571 478 ntTSL 3 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Fgfr1op2-202ENSMUST00000058245 918 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Spock1-201ENSMUST00000172326 1320 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Gm26657-201ENSMUST00000181745 1308 ntAPPRIS P1 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Dhx32-203ENSMUST00000106139 2233 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Slc27a4-201ENSMUST00000080065 4054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Atxn7l2-204ENSMUST00000119650 2274 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Mvk-201ENSMUST00000043760 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Rb1cc1-201ENSMUST00000027040 7607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Lire1P11260 P3h1-203ENSMUST00000102662 2977 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Zdhhc1-201ENSMUST00000044286 1737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Trim24-201ENSMUST00000031859 4042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Tmem131l-201ENSMUST00000052342 4815 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Trim58-201ENSMUST00000075084 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Cdc42ep1-201ENSMUST00000059619 2542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Hey2-201ENSMUST00000019924 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Dpf1-203ENSMUST00000108230 1553 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Fam171a1-204ENSMUST00000115099 4149 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Dcxr-202ENSMUST00000106148 830 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Ccdc107-202ENSMUST00000107922 865 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Pigp-202ENSMUST00000113906 745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Gm14321-201ENSMUST00000127441 632 ntTSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Gm16120-201ENSMUST00000127990 808 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Cox7a2l-202ENSMUST00000167741 1147 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Psmd4-201ENSMUST00000071664 1276 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Zfp668-203ENSMUST00000106262 3169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Crem-203ENSMUST00000082141 2820 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Esco1-202ENSMUST00000097670 2088 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Parg-208ENSMUST00000170840 2894 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Antxr2-201ENSMUST00000031281 5656 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Lire1P11260 March11-203ENSMUST00000152841 1365 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Ddit4-201ENSMUST00000020308 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Fbxl7-201ENSMUST00000059204 4632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Gm45774-201ENSMUST00000211992 2665 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Flg-201ENSMUST00000050758 1488 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Ppp1r3g-203ENSMUST00000225537 2389 ntAPPRIS P1 BASIC16.09■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Spc25-202ENSMUST00000112320 1527 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Actl6b-205ENSMUST00000139395 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Smim15-205ENSMUST00000225972 2097 ntAPPRIS P1 BASIC16.09■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Wtap-201ENSMUST00000007007 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Cbx8-201ENSMUST00000026663 3580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Bmi1-201ENSMUST00000028071 3594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Lire1P11260 Cep44-201ENSMUST00000040330 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 39.8 ms