Protein–RNA interactions for Protein: Q9QXK7

Cpsf3, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3, mousemouse

Predictions only

Length 684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Cpsf3Q9QXK7 Aebp2-202ENSMUST00000087614 3727 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Cpsf3Q9QXK7 Ern1-204ENSMUST00000106801 1957 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Cpsf3Q9QXK7 F12-201ENSMUST00000021948 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Cpsf3Q9QXK7 Cpd-201ENSMUST00000021201 7946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Cpsf3Q9QXK7 Ppp1r3f-205ENSMUST00000150787 4760 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Cpsf3Q9QXK7 Fam131a-202ENSMUST00000118919 2262 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
Cpsf3Q9QXK7 Fam171b-201ENSMUST00000051454 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Cpsf3Q9QXK7 Farp1-201ENSMUST00000026635 4885 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
Cpsf3Q9QXK7 Pabpc1l2b-ps-201ENSMUST00000124538 690 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
Cpsf3Q9QXK7 Fgf8-201ENSMUST00000026240 1117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Cpsf3Q9QXK7 Gm43808-201ENSMUST00000202534 2065 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
Cpsf3Q9QXK7 Spout1-201ENSMUST00000100220 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Cpsf3Q9QXK7 Vrk2-201ENSMUST00000078362 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Cpsf3Q9QXK7 Rab11fip3-202ENSMUST00000120691 5103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Cpsf3Q9QXK7 Ffar3-201ENSMUST00000094583 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Cpsf3Q9QXK7 Bmt2-201ENSMUST00000045235 4143 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Cpsf3Q9QXK7 Aifm1-201ENSMUST00000037349 2237 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Cpsf3Q9QXK7 Gm7854-202ENSMUST00000187409 1433 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Cpsf3Q9QXK7 Snapc3-201ENSMUST00000030206 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Cpsf3Q9QXK7 Ptprs-201ENSMUST00000067538 6855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Cpsf3Q9QXK7 Trap1-201ENSMUST00000006137 2320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Cpsf3Q9QXK7 Fam57b-201ENSMUST00000079423 2328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Cpsf3Q9QXK7 Acvr1c-204ENSMUST00000112608 1497 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
Cpsf3Q9QXK7 Ccdc149-201ENSMUST00000059428 3295 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
Cpsf3Q9QXK7 4930448E22Rik-201ENSMUST00000181712 1581 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Cpsf3Q9QXK7 Gm37519-201ENSMUST00000191687 2210 ntBASIC18.4■□□□□ 0.54
Cpsf3Q9QXK7 Fam229a-201ENSMUST00000106043 558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Cpsf3Q9QXK7 Ccnd3-ps-201ENSMUST00000117963 881 ntBASIC18.4■□□□□ 0.54
Cpsf3Q9QXK7 Gm13474-201ENSMUST00000122466 815 ntBASIC18.4■□□□□ 0.54
Cpsf3Q9QXK7 4930544I03Rik-201ENSMUST00000181184 1276 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Cpsf3Q9QXK7 Arpc4-204ENSMUST00000204802 794 ntTSL 3 BASIC18.4■□□□□ 0.54
Cpsf3Q9QXK7 Sulf2-201ENSMUST00000088086 3927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Cpsf3Q9QXK7 Apbb1-209ENSMUST00000188368 1970 ntTSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
Cpsf3Q9QXK7 Atad3a-201ENSMUST00000030903 2413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Cpsf3Q9QXK7 Sfrp4-201ENSMUST00000002883 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Cpsf3Q9QXK7 St3gal3-203ENSMUST00000106410 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.54
Cpsf3Q9QXK7 Il1rn-201ENSMUST00000114482 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Cpsf3Q9QXK7 Anks6-202ENSMUST00000107747 3980 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Cpsf3Q9QXK7 Cog2-201ENSMUST00000034460 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Cpsf3Q9QXK7 Prickle4-201ENSMUST00000113299 990 ntTSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
Cpsf3Q9QXK7 Prickle4-202ENSMUST00000113300 1110 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
Cpsf3Q9QXK7 Banf1-201ENSMUST00000025762 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Cpsf3Q9QXK7 Cenps-201ENSMUST00000030813 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Cpsf3Q9QXK7 Snx12-201ENSMUST00000077876 1002 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Cpsf3Q9QXK7 Hist3h2ba-201ENSMUST00000078267 614 ntAPPRIS P1 BASIC18.39■□□□□ 0.53
Cpsf3Q9QXK7 Praf2-201ENSMUST00000033489 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Cpsf3Q9QXK7 P2ry1-203ENSMUST00000193943 2203 ntAPPRIS P1 BASIC18.39■□□□□ 0.53
Cpsf3Q9QXK7 Kat14-208ENSMUST00000147747 3299 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Cpsf3Q9QXK7 Arhgef25-212ENSMUST00000222006 1896 ntTSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
Cpsf3Q9QXK7 Sars2-201ENSMUST00000094632 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Cpsf3Q9QXK7 Zfpm1-201ENSMUST00000054052 3390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Cpsf3Q9QXK7 Gm26781-201ENSMUST00000181385 1477 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Cpsf3Q9QXK7 Gpat3-203ENSMUST00000112887 3059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
Cpsf3Q9QXK7 Lrig1-201ENSMUST00000032105 4831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
Cpsf3Q9QXK7 Mmp28-201ENSMUST00000021020 2311 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
Cpsf3Q9QXK7 Hspa1l-201ENSMUST00000007248 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
Cpsf3Q9QXK7 Tdh-201ENSMUST00000022522 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
Cpsf3Q9QXK7 Pthlh-202ENSMUST00000204197 1281 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
Cpsf3Q9QXK7 Lsm1-203ENSMUST00000211168 343 ntTSL 3 BASIC18.38■□□□□ 0.53
Cpsf3Q9QXK7 Gm18032-201ENSMUST00000222541 538 ntBASIC18.38■□□□□ 0.53
Cpsf3Q9QXK7 Uchl3-201ENSMUST00000002289 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
Cpsf3Q9QXK7 Cldn22-201ENSMUST00000038693 995 ntAPPRIS P1 BASIC18.38■□□□□ 0.53
Cpsf3Q9QXK7 0610009B22Rik-201ENSMUST00000007921 813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
Cpsf3Q9QXK7 Stam2-202ENSMUST00000127316 1928 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
Cpsf3Q9QXK7 Spsb2-203ENSMUST00000112473 1322 ntBASIC18.38■□□□□ 0.53
Cpsf3Q9QXK7 Stambpl1-201ENSMUST00000054956 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
Cpsf3Q9QXK7 Dusp8-201ENSMUST00000039926 4804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
Cpsf3Q9QXK7 Ero1l-201ENSMUST00000022378 4418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
Cpsf3Q9QXK7 Rbm24-201ENSMUST00000037923 3086 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
Cpsf3Q9QXK7 Gne-202ENSMUST00000102936 2920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
Cpsf3Q9QXK7 Zxdc-203ENSMUST00000113539 4864 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
Cpsf3Q9QXK7 Acot1-201ENSMUST00000168120 2272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
Cpsf3Q9QXK7 Gm9954-202ENSMUST00000198686 4725 ntBASIC18.37■□□□□ 0.53
Cpsf3Q9QXK7 Hmga1-206ENSMUST00000119486 1003 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
Cpsf3Q9QXK7 Cyp4f41-ps-201ENSMUST00000126790 1077 ntBASIC18.37■□□□□ 0.53
Cpsf3Q9QXK7 Gm9745-201ENSMUST00000021573 684 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
Cpsf3Q9QXK7 Atp2a2-201ENSMUST00000031423 4486 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
Cpsf3Q9QXK7 Ankrd22-201ENSMUST00000025686 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
Cpsf3Q9QXK7 Sgta-201ENSMUST00000005067 1969 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
Cpsf3Q9QXK7 Pdap1-201ENSMUST00000031627 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
Cpsf3Q9QXK7 Panx2-203ENSMUST00000162424 3391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
Cpsf3Q9QXK7 Pigw-202ENSMUST00000108080 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
Cpsf3Q9QXK7 Atf7-209ENSMUST00000184485 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
Cpsf3Q9QXK7 Acadvl-201ENSMUST00000018718 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
Cpsf3Q9QXK7 Fbrsl1-206ENSMUST00000198834 2571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
Cpsf3Q9QXK7 Atp6v1b1-206ENSMUST00000206911 1591 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
Cpsf3Q9QXK7 Olfr279-201ENSMUST00000050451 933 ntAPPRIS P1 BASIC18.36■□□□□ 0.53
Cpsf3Q9QXK7 Ptpre-207ENSMUST00000211140 5753 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
Cpsf3Q9QXK7 Tbc1d9b-202ENSMUST00000101270 5213 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
Cpsf3Q9QXK7 Plekhf2-201ENSMUST00000054776 2977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
Cpsf3Q9QXK7 Smap2-201ENSMUST00000043200 2905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
Cpsf3Q9QXK7 Ssc4d-204ENSMUST00000111153 2745 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
Cpsf3Q9QXK7 Mtrf1l-201ENSMUST00000019908 2588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
Cpsf3Q9QXK7 Ndor1-202ENSMUST00000114349 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Cpsf3Q9QXK7 Arfip2-202ENSMUST00000084782 2254 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.35■□□□□ 0.53
Cpsf3Q9QXK7 Vps53-203ENSMUST00000108419 2209 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Cpsf3Q9QXK7 Etv5-201ENSMUST00000079601 3975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Cpsf3Q9QXK7 Tbx2-201ENSMUST00000000095 3626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Cpsf3Q9QXK7 Nudt16-201ENSMUST00000035179 1631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Cpsf3Q9QXK7 Nr1d2-201ENSMUST00000090543 4663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 40.1 ms