Protein–RNA interactions for Protein: Q78JW9

Ubfd1, Ubiquitin domain-containing protein UBFD1, mousemouse

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Length 368 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ubfd1Q78JW9 Sox30-201ENSMUST00000049038 2997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Ubfd1Q78JW9 Arid1a-205ENSMUST00000145664 8187 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
Ubfd1Q78JW9 Pip5k1c-202ENSMUST00000105327 2551 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Ubfd1Q78JW9 Eomes-202ENSMUST00000111763 2869 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Ubfd1Q78JW9 Cmip-202ENSMUST00000166750 2408 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
Ubfd1Q78JW9 Syncrip-205ENSMUST00000173801 2944 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Ubfd1Q78JW9 Ccdc105-201ENSMUST00000105383 1714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Ubfd1Q78JW9 Lce1j-201ENSMUST00000107304 420 ntAPPRIS P1 BASIC16.71■□□□□ 0.27
Ubfd1Q78JW9 Hist1h2bj-201ENSMUST00000110452 463 ntAPPRIS P1 BASIC16.71■□□□□ 0.27
Ubfd1Q78JW9 Hist1h2bp-202ENSMUST00000110473 621 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Ubfd1Q78JW9 Mzt2-202ENSMUST00000117136 758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Ubfd1Q78JW9 Rab3d-202ENSMUST00000119055 694 ntTSL 3 BASIC16.71■□□□□ 0.27
Ubfd1Q78JW9 Gtf3a-204ENSMUST00000146511 1298 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Ubfd1Q78JW9 Psma6-201ENSMUST00000021412 1042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Ubfd1Q78JW9 Hist1h2bm-201ENSMUST00000224651 524 ntAPPRIS P1 BASIC16.71■□□□□ 0.27
Ubfd1Q78JW9 Pdcd2-201ENSMUST00000054450 1120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Ubfd1Q78JW9 Fgf9-202ENSMUST00000074654 1198 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Ubfd1Q78JW9 Zfp524-201ENSMUST00000086349 1142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Ubfd1Q78JW9 Itgb5-201ENSMUST00000069345 3056 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Ubfd1Q78JW9 Lrriq4-203ENSMUST00000172350 1797 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
Ubfd1Q78JW9 Prmt2-202ENSMUST00000099571 2052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Ubfd1Q78JW9 Gas2-201ENSMUST00000051912 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Ubfd1Q78JW9 Mindy2-201ENSMUST00000049031 8081 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Ubfd1Q78JW9 Zdhhc6-201ENSMUST00000076891 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Ubfd1Q78JW9 4930452B06Rik-201ENSMUST00000102996 2681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.26
Ubfd1Q78JW9 Sept9-201ENSMUST00000019038 3784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.26
Ubfd1Q78JW9 Wnt10b-207ENSMUST00000228594 1510 ntAPPRIS P1 BASIC16.7■□□□□ 0.26
Ubfd1Q78JW9 Mff-208ENSMUST00000160786 1645 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Ubfd1Q78JW9 Trim45-202ENSMUST00000094048 1815 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
Ubfd1Q78JW9 Lhfp-201ENSMUST00000059562 2108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Ubfd1Q78JW9 Dlgap2-209ENSMUST00000152652 3842 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Ubfd1Q78JW9 Zbtb5-204ENSMUST00000180217 4708 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
Ubfd1Q78JW9 Cntln-201ENSMUST00000047023 5528 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
Ubfd1Q78JW9 Eif4e2-205ENSMUST00000113232 1125 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Ubfd1Q78JW9 Gm9013-201ENSMUST00000132939 882 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
Ubfd1Q78JW9 Gm5577-203ENSMUST00000153372 815 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Ubfd1Q78JW9 Irak1bp1-201ENSMUST00000034783 1159 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Ubfd1Q78JW9 4930465K10Rik-201ENSMUST00000056675 1238 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
Ubfd1Q78JW9 4933427E11Rik-201ENSMUST00000056711 1214 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
Ubfd1Q78JW9 Ldlrad1-201ENSMUST00000094916 1093 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
Ubfd1Q78JW9 Sbf1-201ENSMUST00000123791 6190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Ubfd1Q78JW9 Ptprf-201ENSMUST00000049074 7656 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
Ubfd1Q78JW9 Fbxo24-202ENSMUST00000111002 2306 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
Ubfd1Q78JW9 Cyp4f16-201ENSMUST00000003416 2227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Ubfd1Q78JW9 Agfg1-206ENSMUST00000189220 8044 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Ubfd1Q78JW9 Zfp623-201ENSMUST00000037260 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Ubfd1Q78JW9 Tm6sf2-202ENSMUST00000110160 1446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Ubfd1Q78JW9 Auh-201ENSMUST00000021913 1320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Ubfd1Q78JW9 Best2-203ENSMUST00000209421 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Ubfd1Q78JW9 AC154855.1-201ENSMUST00000227353 1458 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
Ubfd1Q78JW9 Farp1-201ENSMUST00000026635 4885 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
Ubfd1Q78JW9 Gm26039-201ENSMUST00000158152 144 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
Ubfd1Q78JW9 Ppdpf-201ENSMUST00000016488 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Ubfd1Q78JW9 Stx3-208ENSMUST00000211641 1018 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Ubfd1Q78JW9 Nme3-201ENSMUST00000024978 715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Ubfd1Q78JW9 Pdrg1-201ENSMUST00000028972 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Ubfd1Q78JW9 2810408A11Rik-203ENSMUST00000102580 1640 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Ubfd1Q78JW9 Fam43b-201ENSMUST00000105032 2437 ntAPPRIS P1 BASIC16.69■□□□□ 0.26
Ubfd1Q78JW9 Ogg1-201ENSMUST00000032406 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Ubfd1Q78JW9 Dleu2-208ENSMUST00000182768 1442 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Ubfd1Q78JW9 Ccnd3-202ENSMUST00000171031 2113 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
Ubfd1Q78JW9 Ldlrad4-201ENSMUST00000063775 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Ubfd1Q78JW9 Socs6-203ENSMUST00000125362 2814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Ubfd1Q78JW9 Tmed4-201ENSMUST00000004508 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Ubfd1Q78JW9 Fbxw5-201ENSMUST00000015239 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Ubfd1Q78JW9 Trpc4ap-202ENSMUST00000103140 3091 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Ubfd1Q78JW9 Rnf112-201ENSMUST00000054927 3086 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Ubfd1Q78JW9 Col15a1-202ENSMUST00000102917 5172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Ubfd1Q78JW9 Nr1h2-202ENSMUST00000107910 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Ubfd1Q78JW9 Stam2-202ENSMUST00000127316 1928 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Ubfd1Q78JW9 AC125311.2-201ENSMUST00000227477 1940 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
Ubfd1Q78JW9 Gas1-201ENSMUST00000065086 2961 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
Ubfd1Q78JW9 Fgf22-202ENSMUST00000219228 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Ubfd1Q78JW9 Runx2-204ENSMUST00000159943 2316 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Ubfd1Q78JW9 Itgb5-202ENSMUST00000115028 3090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Ubfd1Q78JW9 Tbc1d13-201ENSMUST00000044556 3595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Ubfd1Q78JW9 Tm4sf19-201ENSMUST00000115149 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Ubfd1Q78JW9 Gm11355-201ENSMUST00000121120 306 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
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Ubfd1Q78JW9 Gm21362-201ENSMUST00000194272 928 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
Ubfd1Q78JW9 Gm5587-201ENSMUST00000206270 674 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
Ubfd1Q78JW9 AC130711.1-201ENSMUST00000224277 906 ntAPPRIS P1 BASIC16.68■□□□□ 0.26
Ubfd1Q78JW9 Inmt-201ENSMUST00000003569 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Ubfd1Q78JW9 Pafah1b3-201ENSMUST00000005583 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Ubfd1Q78JW9 Mtnr1b-201ENSMUST00000057920 1095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Ubfd1Q78JW9 Tsr3-201ENSMUST00000063574 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Ubfd1Q78JW9 Paqr7-201ENSMUST00000081525 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Ubfd1Q78JW9 Actl10-201ENSMUST00000104928 1501 ntAPPRIS P1 BASIC16.68■□□□□ 0.26
Ubfd1Q78JW9 Actl10-202ENSMUST00000226583 1501 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
Ubfd1Q78JW9 Gm5953-201ENSMUST00000220644 2616 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
Ubfd1Q78JW9 Prmt9-202ENSMUST00000118622 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
Ubfd1Q78JW9 Tmem198-202ENSMUST00000113575 2185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Ubfd1Q78JW9 Ncor1-203ENSMUST00000069456 3171 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Ubfd1Q78JW9 Bmt2-201ENSMUST00000045235 4143 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Ubfd1Q78JW9 Prdm6-203ENSMUST00000115399 2227 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Ubfd1Q78JW9 Polr2m-202ENSMUST00000163972 2138 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Ubfd1Q78JW9 Runx1t1-201ENSMUST00000006761 5783 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Ubfd1Q78JW9 Prdm8-202ENSMUST00000210477 3316 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
Ubfd1Q78JW9 Mag-207ENSMUST00000191081 2007 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Ubfd1Q78JW9 Gm26697-201ENSMUST00000180898 1760 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 23 ms