Protein–RNA interactions for Protein: Q5NCC9

Trim58, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM58, mousemouse

Predictions only

Length 485 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim58Q5NCC9 Sprtn-201ENSMUST00000034467 4464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 Gm12085-201ENSMUST00000119263 940 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 Gm8520-201ENSMUST00000186517 868 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 Tomm20-202ENSMUST00000212771 458 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 Map7-205ENSMUST00000214231 675 ntTSL 3 BASIC21.69■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 Plpp1-202ENSMUST00000070951 1272 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 Crb3-202ENSMUST00000097299 1206 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 Ube2z-201ENSMUST00000100528 3997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 Csf3-201ENSMUST00000038886 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 4930426L09Rik-201ENSMUST00000028069 1459 ntAPPRIS P1 BASIC21.69■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 Dscr3-201ENSMUST00000023615 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 Hoxd4-201ENSMUST00000047904 2560 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 Dtnbp1-203ENSMUST00000220555 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 Scamp4-201ENSMUST00000079883 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 Csnk1g3-201ENSMUST00000069597 4394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 Rhof-201ENSMUST00000031401 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 Col13a1-204ENSMUST00000105453 2935 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 Pex6-201ENSMUST00000002840 3200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 Erlin1-201ENSMUST00000071698 3228 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 Gm21863-201ENSMUST00000179133 336 ntAPPRIS P1 BASIC21.68■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 AC154649.1-201ENSMUST00000227392 384 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 Dctn3-201ENSMUST00000030158 973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 Guca1a-201ENSMUST00000059348 871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 Lrp3-201ENSMUST00000118444 3877 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 Aig1-201ENSMUST00000019942 1439 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 Pnck-202ENSMUST00000114472 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 Tox2-205ENSMUST00000165937 1675 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 Zbtb45-201ENSMUST00000051390 2171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 Coq8b-202ENSMUST00000108378 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 Lrig1-201ENSMUST00000032105 4831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 Efnb2-201ENSMUST00000001319 4793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 Slc47a1-201ENSMUST00000010267 2639 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 Sytl3-201ENSMUST00000097430 2100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 Arid3b-202ENSMUST00000098686 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 Yipf2-202ENSMUST00000078572 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 Nr1h2-204ENSMUST00000107912 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 Cdk10-201ENSMUST00000036880 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 Doc2g-201ENSMUST00000025806 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 Tlx1os-201ENSMUST00000173437 620 ntTSL 3 BASIC21.67■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 Gm38027-201ENSMUST00000192315 235 ntBASIC21.67■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 Gm16042-201ENSMUST00000204813 1247 ntBASIC21.67■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 Sae1-203ENSMUST00000210999 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 Wasf3-201ENSMUST00000016143 5196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 Naif1-201ENSMUST00000048431 4650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 Card10-202ENSMUST00000164826 4726 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 Eps8-201ENSMUST00000058210 4567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 Cxcl14-202ENSMUST00000224801 1467 ntBASIC21.66■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 Snx11-202ENSMUST00000107661 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 Phgr1-202ENSMUST00000130293 542 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 Ost4-201ENSMUST00000132034 576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 Rab7-206ENSMUST00000203674 424 ntTSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 Uchl1-201ENSMUST00000031131 1177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 Bmyc-201ENSMUST00000061483 983 ntAPPRIS P1 BASIC21.66■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 Pusl1-201ENSMUST00000097737 1243 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 Irgq-201ENSMUST00000049020 6083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 Tnfrsf25-202ENSMUST00000035275 1603 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 A530084C06Rik-201ENSMUST00000170573 3200 ntAPPRIS P1 BASIC21.65■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 Pagr1a-202ENSMUST00000200948 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 Gm42742-205ENSMUST00000202798 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 Enah-210ENSMUST00000193074 1971 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 Tnfrsf13c-201ENSMUST00000089161 1906 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 Epo-203ENSMUST00000111039 706 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 Echdc2-204ENSMUST00000116309 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 Gm9731-201ENSMUST00000209480 747 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 Rcc1-201ENSMUST00000030726 2278 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 Gm26592-201ENSMUST00000180870 1730 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 Zfp668-203ENSMUST00000106262 3169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 Baiap2-204ENSMUST00000106231 4005 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 Casp9-201ENSMUST00000030747 3897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 Amfr-201ENSMUST00000053766 3880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 C130026I21Rik-201ENSMUST00000064341 1561 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 Ctcf-201ENSMUST00000005841 3782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 Sco1-201ENSMUST00000092996 2412 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 Nptxr-203ENSMUST00000175858 4948 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 Lin9-203ENSMUST00000192561 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 Zhx1-202ENSMUST00000110168 5212 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 Dip2c-203ENSMUST00000174552 8023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 Ets1-206ENSMUST00000184887 2107 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.06
Trim58Q5NCC9 Man1c1-202ENSMUST00000054096 4715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Ago4-201ENSMUST00000084289 6537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Gm7638-201ENSMUST00000121348 967 ntBASIC21.64■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Utf1-201ENSMUST00000168457 1227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Gm2990-201ENSMUST00000180662 1118 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Rps23-201ENSMUST00000051955 937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Ctsf-201ENSMUST00000119694 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Gm45774-201ENSMUST00000211992 2665 ntBASIC21.64■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Sar1a-201ENSMUST00000020285 2613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Dap-201ENSMUST00000044524 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Gpr161-202ENSMUST00000178700 1827 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Col15a1-201ENSMUST00000082303 5102 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Pdss2-201ENSMUST00000095725 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Xpr1-202ENSMUST00000111774 2753 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Gpr6-201ENSMUST00000061796 1786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Whrn-206ENSMUST00000102867 4013 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Klhdc8a-201ENSMUST00000046071 4269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Hdhd2-202ENSMUST00000097521 1716 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Sim1-202ENSMUST00000219436 1687 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Arhgef7-205ENSMUST00000110909 4926 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Nova2-202ENSMUST00000220302 8372 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
Trim58Q5NCC9 Nova2-201ENSMUST00000032571 8372 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 22.6 ms