Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 8030462N17Rik-201ENSMUST00000074653 3418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
Ccdc88bQ4QRL3 Bend6-202ENSMUST00000115161 2231 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
Ccdc88bQ4QRL3 AL590614.2-201ENSMUST00000225374 1937 ntBASIC27.96■■■□□ 2.07
Ccdc88bQ4QRL3 Mex3b-201ENSMUST00000082237 3355 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.96■■■□□ 2.07
Ccdc88bQ4QRL3 Fam110a-204ENSMUST00000109865 1853 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.96■■■□□ 2.07
Ccdc88bQ4QRL3 9330111N05Rik-202ENSMUST00000181043 2449 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
Ccdc88bQ4QRL3 Adal-203ENSMUST00000110662 1231 ntTSL 5 BASIC27.95■■■□□ 2.07
Ccdc88bQ4QRL3 Gm19345-201ENSMUST00000172815 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
Ccdc88bQ4QRL3 Bvht-202ENSMUST00000183087 588 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
Ccdc88bQ4QRL3 Gm29103-201ENSMUST00000191034 598 ntTSL 5 BASIC27.95■■■□□ 2.07
Ccdc88bQ4QRL3 Pgpep1-208ENSMUST00000211715 676 ntTSL 3 BASIC27.95■■■□□ 2.07
Ccdc88bQ4QRL3 Ptpa-202ENSMUST00000113601 1838 ntTSL 5 BASIC27.95■■■□□ 2.07
Ccdc88bQ4QRL3 Lrrc14-204ENSMUST00000137649 2832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
Ccdc88bQ4QRL3 Gm14029-201ENSMUST00000151051 1348 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
Ccdc88bQ4QRL3 Pdcd2l-201ENSMUST00000002710 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
Ccdc88bQ4QRL3 Sftpb-201ENSMUST00000070437 1131 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.95■■■□□ 2.06
Ccdc88bQ4QRL3 H2-DMb1-201ENSMUST00000114232 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
Ccdc88bQ4QRL3 Syncrip-205ENSMUST00000173801 2944 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
Ccdc88bQ4QRL3 Mbp-201ENSMUST00000047865 2492 ntTSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
Ccdc88bQ4QRL3 Ppp3ca-202ENSMUST00000070198 4758 ntTSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
Ccdc88bQ4QRL3 Slc22a12-201ENSMUST00000113451 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
Ccdc88bQ4QRL3 Fdps-203ENSMUST00000196709 1382 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.94■■■□□ 2.06
Ccdc88bQ4QRL3 Gm8909-201ENSMUST00000040467 1357 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
Ccdc88bQ4QRL3 Wtap-205ENSMUST00000160781 2442 ntTSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp655-206ENSMUST00000200039 1765 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
Ccdc88bQ4QRL3 Men1-205ENSMUST00000113501 2508 ntTSL 5 BASIC27.94■■■□□ 2.06
Ccdc88bQ4QRL3 Cebpzos-201ENSMUST00000063817 753 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.94■■■□□ 2.06
Ccdc88bQ4QRL3 Spr-ps1-201ENSMUST00000089584 605 ntBASIC27.94■■■□□ 2.06
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26892-201ENSMUST00000181695 1636 ntTSL 5 BASIC27.94■■■□□ 2.06
Ccdc88bQ4QRL3 Adsl-204ENSMUST00000164806 1595 ntTSL 5 BASIC27.93■■■□□ 2.06
Ccdc88bQ4QRL3 Maneal-201ENSMUST00000064444 2727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.93■■■□□ 2.06
Ccdc88bQ4QRL3 Pemt-203ENSMUST00000102693 961 ntTSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
Ccdc88bQ4QRL3 Ighv6-1-201ENSMUST00000193612 343 ntBASIC27.93■■■□□ 2.06
Ccdc88bQ4QRL3 Exosc5-201ENSMUST00000079634 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
Ccdc88bQ4QRL3 Usp21-202ENSMUST00000111305 2278 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.93■■■□□ 2.06
Ccdc88bQ4QRL3 Igsf9b-201ENSMUST00000115247 2857 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
Ccdc88bQ4QRL3 Kcnab3-201ENSMUST00000018614 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
Ccdc88bQ4QRL3 5330438I03Rik-201ENSMUST00000168347 2845 ntBASIC27.92■■■□□ 2.06
Ccdc88bQ4QRL3 Gm24589-201ENSMUST00000116692 94 ntBASIC27.92■■■□□ 2.06
Ccdc88bQ4QRL3 Gtf3c2-202ENSMUST00000200871 318 ntTSL 3 BASIC27.92■■■□□ 2.06
Ccdc88bQ4QRL3 Prima1-201ENSMUST00000074416 909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
Ccdc88bQ4QRL3 Il17rb-202ENSMUST00000122205 2094 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.92■■■□□ 2.06
Ccdc88bQ4QRL3 Thumpd3-201ENSMUST00000032398 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
Ccdc88bQ4QRL3 Rbm4-203ENSMUST00000178615 1018 ntTSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
Ccdc88bQ4QRL3 Med18-201ENSMUST00000102567 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
Ccdc88bQ4QRL3 Rnf112-203ENSMUST00000102661 3118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
Ccdc88bQ4QRL3 Erc1-202ENSMUST00000079582 2304 ntTSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
Ccdc88bQ4QRL3 Fzd2-201ENSMUST00000057893 3663 ntAPPRIS P1 BASIC27.91■■■□□ 2.06
Ccdc88bQ4QRL3 Ran-201ENSMUST00000031383 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
Ccdc88bQ4QRL3 2010010A06Rik-202ENSMUST00000186356 694 ntTSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
Ccdc88bQ4QRL3 Fam20b-201ENSMUST00000086153 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
Ccdc88bQ4QRL3 Dbn1-202ENSMUST00000109921 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
Ccdc88bQ4QRL3 Arhgef9-216ENSMUST00000197206 2227 ntTSL 5 BASIC27.9■■■□□ 2.06
Ccdc88bQ4QRL3 Bnipl-201ENSMUST00000098871 1414 ntTSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
Ccdc88bQ4QRL3 Pan3-201ENSMUST00000031651 5048 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.9■■■□□ 2.06
Ccdc88bQ4QRL3 Npm1-201ENSMUST00000075641 1633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
Ccdc88bQ4QRL3 Mpv17l-205ENSMUST00000143697 580 ntTSL 2 BASIC27.89■■■□□ 2.06
Ccdc88bQ4QRL3 Gm43514-201ENSMUST00000198852 424 ntBASIC27.89■■■□□ 2.06
Ccdc88bQ4QRL3 Gm18421-201ENSMUST00000204122 625 ntBASIC27.89■■■□□ 2.06
Ccdc88bQ4QRL3 Cklf-201ENSMUST00000034342 667 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
Ccdc88bQ4QRL3 Nr1h2-204ENSMUST00000107912 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
Ccdc88bQ4QRL3 Myo16-204ENSMUST00000208309 2462 ntTSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
Ccdc88bQ4QRL3 Fdxr-201ENSMUST00000021078 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
Ccdc88bQ4QRL3 Bub3-201ENSMUST00000084502 2218 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
Ccdc88bQ4QRL3 Cct6b-201ENSMUST00000021040 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
Ccdc88bQ4QRL3 Sirt1-207ENSMUST00000177694 3353 ntTSL 5 BASIC27.89■■■□□ 2.06
Ccdc88bQ4QRL3 Gm43808-201ENSMUST00000202534 2065 ntBASIC27.89■■■□□ 2.06
Ccdc88bQ4QRL3 Kxd1-202ENSMUST00000117580 696 ntTSL 5 BASIC27.89■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 Alkal1-201ENSMUST00000133144 971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 Ctsg-201ENSMUST00000015583 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 Gm19935-201ENSMUST00000209208 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 Gm38948-201ENSMUST00000210035 688 ntTSL 3 BASIC27.89■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 Acaa1a-201ENSMUST00000039784 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 Vat1-201ENSMUST00000040430 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 Slc23a4-205ENSMUST00000201355 2003 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.88■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 Tubg1-201ENSMUST00000043680 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 Babam1-201ENSMUST00000002473 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 Tfeb-203ENSMUST00000113284 1974 ntTSL 5 BASIC27.88■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 Fam53a-201ENSMUST00000045329 2346 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 Ap1s1-201ENSMUST00000111080 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 St3gal3-203ENSMUST00000106410 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 4930515G01Rik-201ENSMUST00000173208 1247 ntBASIC27.88■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 Npw-202ENSMUST00000213213 531 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 AC124569.2-201ENSMUST00000225998 818 ntBASIC27.88■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 Gpaa1-210ENSMUST00000172281 1809 ntTSL 5 BASIC27.88■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 Fam159b-201ENSMUST00000043061 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 Chst1-201ENSMUST00000065797 2680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 Secisbp2-202ENSMUST00000110044 1915 ntTSL 2 BASIC27.87■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 Zkscan8-202ENSMUST00000110481 728 ntTSL 2 BASIC27.87■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 Mrpl36-202ENSMUST00000221730 717 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.87■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 Lce1a2-201ENSMUST00000029530 715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 Ifi27l2b-201ENSMUST00000044687 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 Rad51d-203ENSMUST00000092844 1228 ntTSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 Fbrsl1-206ENSMUST00000198834 2571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 Fcho2-208ENSMUST00000224992 2964 ntBASIC27.87■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 Camsap1-212ENSMUST00000183461 5090 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.86■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 Tulp3-205ENSMUST00000157005 1053 ntTSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 E2f7-205ENSMUST00000173634 827 ntTSL 2 BASIC27.86■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 Gm19553-201ENSMUST00000175723 494 ntTSL 5 BASIC27.86■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 Gnb1-202ENSMUST00000105616 3088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 28.5 ms