Protein–RNA interactions for Protein: Q99NB9

Sf3b1, Splicing factor 3B subunit 1, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Sf3b1Q99NB9 Nkx2-6-201ENSMUST00000062437 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Rplp2-201ENSMUST00000084434 964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Ddx59-201ENSMUST00000027655 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Trim25-202ENSMUST00000100627 1433 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Wnt6-201ENSMUST00000006716 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Hjurp-202ENSMUST00000065420 2217 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Notch4-201ENSMUST00000015612 6591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Prps1l3-201ENSMUST00000139049 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 A930029G22Rik-201ENSMUST00000181032 1710 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Slc25a3-201ENSMUST00000076694 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Mtrf1l-201ENSMUST00000019908 2588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Fgf22-202ENSMUST00000219228 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Tia1-203ENSMUST00000095754 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Camkk2-211ENSMUST00000200109 2751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Gmcl1-201ENSMUST00000001185 2949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Whrn-205ENSMUST00000095038 2665 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Shq1-204ENSMUST00000170667 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Gm14859-201ENSMUST00000117752 357 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Gm15545-202ENSMUST00000141011 899 ntTSL 3 BASIC18.24■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Pcyox1-206ENSMUST00000204116 546 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Gm4316-202ENSMUST00000212490 1115 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Olfr317-201ENSMUST00000075607 1128 ntAPPRIS P1 BASIC18.24■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Gm43272-201ENSMUST00000200599 1584 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Atp2c1-204ENSMUST00000112558 5642 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Atxn2-201ENSMUST00000051950 4472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Tubb4b-ps1-201ENSMUST00000179460 1336 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Cklf-208ENSMUST00000212433 1304 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 1300014J16Rik-201ENSMUST00000219015 1337 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Sh3yl1-202ENSMUST00000110880 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Gm16861-201ENSMUST00000181498 1647 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Il17rb-201ENSMUST00000016110 2061 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Adra2a-201ENSMUST00000036700 3801 ntAPPRIS P1 BASIC18.24■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Vangl2-203ENSMUST00000111264 2349 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Tacc3-203ENSMUST00000114426 2187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Slc30a9-201ENSMUST00000113676 5648 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Rbms1-209ENSMUST00000164147 2543 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Tppp3-202ENSMUST00000176419 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Gm38282-201ENSMUST00000192751 695 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Il17a-201ENSMUST00000027061 1171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Dnajb2-208ENSMUST00000188346 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 9330154J02Rik-202ENSMUST00000185960 2557 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Gm15582-201ENSMUST00000132849 1581 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Cspg5-205ENSMUST00000199736 2107 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Mtg2-202ENSMUST00000108901 1444 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Lats2-201ENSMUST00000022531 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Mindy2-201ENSMUST00000049031 8081 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Slc30a5-205ENSMUST00000225922 2722 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Gm13025-201ENSMUST00000141469 1163 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Gm26827-201ENSMUST00000181911 148 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Gm28876-201ENSMUST00000188137 703 ntTSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Hint1-201ENSMUST00000020504 636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Ccser1-203ENSMUST00000126214 5657 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Krt13-201ENSMUST00000007275 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Tesk1-201ENSMUST00000060864 3947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Asb1-202ENSMUST00000086843 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Ogg1-201ENSMUST00000032406 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Gm3488-202ENSMUST00000181562 1945 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Grk6-201ENSMUST00000001115 2994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Ubtf-204ENSMUST00000107117 3258 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Gm16897-201ENSMUST00000180780 2492 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Gm19554-201ENSMUST00000220934 2076 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 1700024G13Rik-201ENSMUST00000100723 850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Dbndd2-204ENSMUST00000109350 1055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 4930526A20Rik-201ENSMUST00000134228 941 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Gm44924-201ENSMUST00000138087 421 ntTSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Gm43791-201ENSMUST00000202914 468 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Prss54-205ENSMUST00000213096 1501 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Il17re-203ENSMUST00000101065 1973 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Trim44-201ENSMUST00000102573 5612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Gpn3-201ENSMUST00000031420 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Proca1-203ENSMUST00000108317 1359 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 2810004N23Rik-201ENSMUST00000034465 2340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Tmem51os1-202ENSMUST00000141769 2131 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Ttc34-203ENSMUST00000207854 4733 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Gm8258-201ENSMUST00000055593 1449 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Insm1-201ENSMUST00000089257 3100 ntAPPRIS P1 BASIC18.21■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Mrpl37-201ENSMUST00000030365 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Hspa1l-201ENSMUST00000007248 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Ndufv3-201ENSMUST00000046288 1537 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Rab3d-202ENSMUST00000119055 694 ntTSL 3 BASIC18.21■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Gm9013-201ENSMUST00000132939 882 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Gm5587-201ENSMUST00000206270 674 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Ak6-201ENSMUST00000022135 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Cltb-201ENSMUST00000049575 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Sf3b1Q99NB9 Lrrc14-204ENSMUST00000137649 2832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.5
Sf3b1Q99NB9 Fst-201ENSMUST00000022287 2556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.5
Sf3b1Q99NB9 Dhh-201ENSMUST00000023737 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Sf3b1Q99NB9 Timm17b-201ENSMUST00000033498 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Sf3b1Q99NB9 Nit1-202ENSMUST00000111295 1335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Sf3b1Q99NB9 Gm7008-201ENSMUST00000038121 1366 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Sf3b1Q99NB9 Rfx7-201ENSMUST00000093820 7988 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
Sf3b1Q99NB9 Papola-203ENSMUST00000163473 2544 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
Sf3b1Q99NB9 Ppp2ca-201ENSMUST00000020608 7102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Sf3b1Q99NB9 Plekha4-206ENSMUST00000211155 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
Sf3b1Q99NB9 Yipf3-201ENSMUST00000095263 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Sf3b1Q99NB9 Dlgap2-209ENSMUST00000152652 3842 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Sf3b1Q99NB9 Rbm11-202ENSMUST00000114249 2750 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
Sf3b1Q99NB9 Paqr4-201ENSMUST00000024702 2507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Sf3b1Q99NB9 Spata33-206ENSMUST00000212637 569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
Sf3b1Q99NB9 Kiss1r-202ENSMUST00000219745 979 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 44.6 ms