Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Pex12-205ENSMUST00000175741 2337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Grwd1-201ENSMUST00000107723 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Ankra2-204ENSMUST00000150352 2217 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Axin1-202ENSMUST00000118904 2833 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Cygb-201ENSMUST00000021166 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Plcl2-201ENSMUST00000043938 4050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Gm36858-201ENSMUST00000194501 2391 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Anks6-201ENSMUST00000084616 3552 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Pld2-203ENSMUST00000108557 3655 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Mir8112-201ENSMUST00000184382 131 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Nudt14-202ENSMUST00000221397 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Areg-201ENSMUST00000031325 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 H2-Q10-202ENSMUST00000174525 1991 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Ptprt-201ENSMUST00000109441 6623 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Fam199x-201ENSMUST00000047852 8299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Hnrnpll-201ENSMUST00000061331 3116 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Slc6a1-204ENSMUST00000204074 1740 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Seh1l-201ENSMUST00000025421 3516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Sh3yl1-201ENSMUST00000020997 1750 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 1700041G16Rik-202ENSMUST00000186344 1824 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Tnfsf14-201ENSMUST00000005976 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Parg-201ENSMUST00000022470 4413 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Large2-215ENSMUST00000176810 2477 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Gm13429-202ENSMUST00000128242 692 ntTSL 3 BASIC17.86■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Rnf39-202ENSMUST00000173072 631 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Gm20163-202ENSMUST00000212288 989 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Hagh-201ENSMUST00000024974 1101 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Grrp1-201ENSMUST00000060050 1226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Foxo3-201ENSMUST00000056974 2889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Snx30-201ENSMUST00000030080 7314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Efna4-201ENSMUST00000029674 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Zfp786-201ENSMUST00000058844 3191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Dnajb2-206ENSMUST00000187058 1732 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Ric1-201ENSMUST00000043610 7190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Klhdc8b-201ENSMUST00000035232 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Nr1h2-213ENSMUST00000167197 1944 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Gpaa1-201ENSMUST00000023221 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Yipf4-201ENSMUST00000024873 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Tmem229a-201ENSMUST00000127247 5157 ntAPPRIS P1 BASIC17.85■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Arhgef10-201ENSMUST00000084207 5528 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Rab7-202ENSMUST00000113596 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Fam160a2-203ENSMUST00000118726 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Ermp1-203ENSMUST00000159692 7058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Clvs2-203ENSMUST00000160299 2610 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Gas5-217ENSMUST00000161005 430 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Prpf3-207ENSMUST00000161476 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Coch-202ENSMUST00000164782 2681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Prr3-204ENSMUST00000172900 439 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 2700046G09Rik-201ENSMUST00000181612 1641 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Nkd1-203ENSMUST00000211113 1474 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Mlf2-201ENSMUST00000032214 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Cnbd2-201ENSMUST00000037096 2277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 2410004B18Rik-201ENSMUST00000039571 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Pitpnm1-201ENSMUST00000049658 4206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Neo1-201ENSMUST00000068664 7379 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Tbc1d12-201ENSMUST00000037302 4209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Vps37a-201ENSMUST00000098817 6379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Jade2-202ENSMUST00000109090 6230 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Slc29a4-201ENSMUST00000058418 2789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Dtx2-201ENSMUST00000005072 2562 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 A230103J11Rik-202ENSMUST00000156084 2086 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Ccdc59-201ENSMUST00000020049 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Wisp2-201ENSMUST00000029188 1719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Chpf-201ENSMUST00000079205 2892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Jmjd7-201ENSMUST00000044675 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Htra2-202ENSMUST00000113962 1305 ntTSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Paip2-204ENSMUST00000115736 857 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.84■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Ankrd9-205ENSMUST00000142012 1226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Fam168b-208ENSMUST00000191307 844 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Fkbp11-201ENSMUST00000003445 731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Adgrl1-201ENSMUST00000045393 5643 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Itpkc-201ENSMUST00000003850 3247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Bambi-201ENSMUST00000025075 5040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Arf1-202ENSMUST00000163300 1991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Ankrd23-201ENSMUST00000054665 1964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Lyl1-201ENSMUST00000037165 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Oxr1-206ENSMUST00000170127 4251 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Gm17509-201ENSMUST00000165680 2375 ntAPPRIS P1 BASIC17.83■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Sema6b-201ENSMUST00000001256 3736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Capn10-201ENSMUST00000027488 2902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Nfkbid-202ENSMUST00000108175 2000 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
Rnf40Q3U319 Ttc13-203ENSMUST00000118134 3277 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
Rnf40Q3U319 Snhg20-202ENSMUST00000149822 593 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
Rnf40Q3U319 Rasl10b-201ENSMUST00000021022 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
Rnf40Q3U319 Gtsf1-201ENSMUST00000023129 819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
Rnf40Q3U319 Mcoln2-202ENSMUST00000098524 2492 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
Rnf40Q3U319 Cops7b-201ENSMUST00000027446 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
Rnf40Q3U319 Camk2n1-201ENSMUST00000050918 4444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
Rnf40Q3U319 Ephb4-201ENSMUST00000061244 4340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
Rnf40Q3U319 Pla2g12a-201ENSMUST00000029629 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
Rnf40Q3U319 Eif6-201ENSMUST00000029142 1500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
Rnf40Q3U319 Adss-201ENSMUST00000016105 2771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
Rnf40Q3U319 Kif17-204ENSMUST00000105821 2271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
Rnf40Q3U319 Pde1c-203ENSMUST00000164037 3068 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
Rnf40Q3U319 Snrpb-201ENSMUST00000103199 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
Rnf40Q3U319 Ank1-203ENSMUST00000110688 7206 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
Rnf40Q3U319 Gm11837-201ENSMUST00000136992 876 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
Rnf40Q3U319 Plac9b-203ENSMUST00000184142 1040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
Rnf40Q3U319 Mis18bp1-208ENSMUST00000222244 2053 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
Rnf40Q3U319 Ralgapa1-202ENSMUST00000110687 7874 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 20.4 ms