Protein–RNA interactions for Protein: Q04887

Sox9, Transcription factor SOX-9, mousemouse

Predictions only

Length 507 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Sox9Q04887 2410002F23Rik-217ENSMUST00000188111 2131 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
Sox9Q04887 Klf16-201ENSMUST00000038558 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
Sox9Q04887 Smc6-201ENSMUST00000020931 5603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
Sox9Q04887 D10Jhu81e-201ENSMUST00000001242 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
Sox9Q04887 Tspan5-201ENSMUST00000029800 6653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
Sox9Q04887 Fkbp14-202ENSMUST00000117375 1830 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
Sox9Q04887 Farsa-201ENSMUST00000003906 1826 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
Sox9Q04887 Clint1-202ENSMUST00000109261 3365 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
Sox9Q04887 Nrn1l-202ENSMUST00000118920 603 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
Sox9Q04887 Smarca5-ps-202ENSMUST00000171805 1284 ntBASIC17.71■□□□□ 0.43
Sox9Q04887 Tac4-201ENSMUST00000021242 1251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
Sox9Q04887 Sdhaf4-201ENSMUST00000027338 683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
Sox9Q04887 Vsig10-201ENSMUST00000086464 2052 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
Sox9Q04887 Mmp15-201ENSMUST00000034243 5135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
Sox9Q04887 Cenpw-201ENSMUST00000099985 1532 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
Sox9Q04887 Fam221a-202ENSMUST00000121903 1304 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Fam189a1-201ENSMUST00000119118 4801 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Kat14-201ENSMUST00000028911 3801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Gm11747-201ENSMUST00000142751 1648 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Wnk2-202ENSMUST00000049265 6738 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Ascl2-202ENSMUST00000121862 814 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Plpp7-202ENSMUST00000140762 634 ntTSL 3 BASIC17.7■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Gm19553-201ENSMUST00000175723 494 ntTSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Tmem128-201ENSMUST00000087511 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Atg16l2-202ENSMUST00000122116 2083 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Efcab11-201ENSMUST00000046485 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 1810043G02Rik-201ENSMUST00000105397 1818 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Ift74-202ENSMUST00000107104 1713 ntTSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Stk35-201ENSMUST00000165413 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Plk3-201ENSMUST00000076859 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Gm29430-202ENSMUST00000191453 2015 ntTSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Dap3-201ENSMUST00000090938 4760 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Dtd1-201ENSMUST00000028917 1350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Bmpr1a-201ENSMUST00000049005 5956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Stam2-202ENSMUST00000127316 1928 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Fzd5-202ENSMUST00000116133 2895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Gm11779-201ENSMUST00000118541 368 ntBASIC17.69■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Klf13-202ENSMUST00000183817 599 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Gm6296-201ENSMUST00000222599 943 ntBASIC17.69■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 AL731706.1-201ENSMUST00000227806 944 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Tamm41-201ENSMUST00000032461 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Lce3b-201ENSMUST00000046234 562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Slbp-202ENSMUST00000075670 1027 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Hist1h2ad-201ENSMUST00000090776 572 ntAPPRIS P1 BASIC17.69■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Cyb5r4-201ENSMUST00000168529 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Tesmin-201ENSMUST00000025840 2234 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Relb-202ENSMUST00000094762 2209 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Relb-203ENSMUST00000098754 2203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Rbm11-201ENSMUST00000046378 1400 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Haus4-201ENSMUST00000022784 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Tgds-204ENSMUST00000228543 1594 ntBASIC17.69■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Mta3-203ENSMUST00000112350 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Schip1-203ENSMUST00000170788 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Wisp2-201ENSMUST00000029188 1719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Dynll2-202ENSMUST00000107923 2443 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.69■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Gm9725-202ENSMUST00000166229 2326 ntTSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Gm5784-201ENSMUST00000179344 2478 ntBASIC17.69■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Nectin3-201ENSMUST00000023334 3062 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Pxk-202ENSMUST00000112689 2840 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Actrt3-201ENSMUST00000047630 1961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Gm44618-201ENSMUST00000208431 2262 ntTSL 3 BASIC17.68■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Col9a3-203ENSMUST00000132527 3046 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Ndufb6-202ENSMUST00000108108 480 ntTSL 3 BASIC17.68■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 H2-DMb1-201ENSMUST00000114232 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Chchd2-ps-201ENSMUST00000117487 462 ntBASIC17.68■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Trmt112-ps2-201ENSMUST00000117987 378 ntBASIC17.68■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Gm12350-201ENSMUST00000121208 462 ntBASIC17.68■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Gm7628-201ENSMUST00000134690 2010 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Ccl27a-217ENSMUST00000155240 343 ntTSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Eapp-203ENSMUST00000160085 676 ntTSL 3 BASIC17.68■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 AC125350.1-201ENSMUST00000225115 903 ntBASIC17.68■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Fiz1-202ENSMUST00000165320 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Neil2-201ENSMUST00000038229 1932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Ak2-202ENSMUST00000102604 1781 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Wdr55-201ENSMUST00000049323 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Mcfd2-201ENSMUST00000024963 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Tspan10-201ENSMUST00000044105 1680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Dscam-201ENSMUST00000056102 7498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Lrrc43-203ENSMUST00000196809 2031 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Tmem123-201ENSMUST00000052865 2907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Tia1-203ENSMUST00000095754 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Snx3-202ENSMUST00000105499 1057 ntTSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Naa10-204ENSMUST00000114389 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Gm2756-201ENSMUST00000195851 400 ntBASIC17.67■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 CT943659.1-201ENSMUST00000215459 326 ntBASIC17.67■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 1700021F07Rik-201ENSMUST00000029023 646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Ythdf2-201ENSMUST00000085181 955 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Mamstr-201ENSMUST00000148532 1606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Brsk2-201ENSMUST00000018971 4049 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Tm9sf2-203ENSMUST00000171318 1494 ntTSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Nr1h2-204ENSMUST00000107912 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Chtop-203ENSMUST00000076639 1842 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Zfp668-202ENSMUST00000106261 2410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Eif6-202ENSMUST00000109638 1382 ntTSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Atp10a-201ENSMUST00000168747 5419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Zc3h14-202ENSMUST00000057000 3046 ntTSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Gm16272-201ENSMUST00000128218 388 ntTSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 Sytl3-204ENSMUST00000159880 1296 ntTSL 5 BASIC17.66■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 1190007I07Rik-202ENSMUST00000176200 586 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
Sox9Q04887 1190007I07Rik-203ENSMUST00000183363 406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 32.9 ms