Protein–RNA interactions for Protein: Q9R1R2

Trim3, Tripartite motif-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 744 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim3Q9R1R2 Ppp1r9b-201ENSMUST00000038696 4508 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Trim3Q9R1R2 Npnt-202ENSMUST00000042744 4619 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Trim3Q9R1R2 Josd2-203ENSMUST00000118493 922 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
Trim3Q9R1R2 Zfp324-204ENSMUST00000210619 447 ntTSL 3 BASIC16.22■□□□□ 0.19
Trim3Q9R1R2 AC153881.1-201ENSMUST00000214448 284 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
Trim3Q9R1R2 Smim15-206ENSMUST00000226042 1092 ntAPPRIS P1 BASIC16.22■□□□□ 0.19
Trim3Q9R1R2 Ndufa6-201ENSMUST00000023085 560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Trim3Q9R1R2 Mvb12a-201ENSMUST00000034272 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Trim3Q9R1R2 Rbpms-213ENSMUST00000191473 2547 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Trim3Q9R1R2 Cyb5a-204ENSMUST00000160180 1363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Trim3Q9R1R2 Kank3-201ENSMUST00000048560 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Trim3Q9R1R2 Gprin1-202ENSMUST00000135343 4248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Trim3Q9R1R2 Matk-201ENSMUST00000105328 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Trim3Q9R1R2 Lrch4-204ENSMUST00000176667 2209 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Trim3Q9R1R2 Dut-201ENSMUST00000051605 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Trim3Q9R1R2 Gm45560-201ENSMUST00000211492 1472 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
Trim3Q9R1R2 Rab1a-201ENSMUST00000020358 2827 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Trim3Q9R1R2 Fiz1-208ENSMUST00000208944 2306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Trim3Q9R1R2 Dpf1-202ENSMUST00000065181 1574 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
Trim3Q9R1R2 Bcr-201ENSMUST00000164107 6839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Trim3Q9R1R2 St8sia1-201ENSMUST00000032421 8991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Trim3Q9R1R2 Ankrd22-201ENSMUST00000025686 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Trim3Q9R1R2 Plekhf1-201ENSMUST00000098513 5263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Trim3Q9R1R2 Col17a1-202ENSMUST00000086923 5477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Trim3Q9R1R2 Mrps10-204ENSMUST00000120737 1017 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Trim3Q9R1R2 Mir6349-201ENSMUST00000184059 97 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
Trim3Q9R1R2 Ccnd2-202ENSMUST00000201066 983 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
Trim3Q9R1R2 Gm10252-201ENSMUST00000209541 832 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
Trim3Q9R1R2 Adam33-201ENSMUST00000052104 2795 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Trim3Q9R1R2 Puf60-201ENSMUST00000002599 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Trim3Q9R1R2 Baz1a-205ENSMUST00000173433 5788 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
Trim3Q9R1R2 Adgrl1-201ENSMUST00000045393 5643 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Nudt17-204ENSMUST00000200387 2108 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Fam57a-201ENSMUST00000094014 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Foxp4-204ENSMUST00000113265 3999 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 4930461C15Rik-201ENSMUST00000133622 1302 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Mtfr1l-202ENSMUST00000116279 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Meg3-201ENSMUST00000124106 1988 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Ccnd3-215ENSMUST00000183044 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Map3k7-202ENSMUST00000080933 5669 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Kmt5c-201ENSMUST00000098853 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Zbtb24-201ENSMUST00000080771 2844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Wisp2-201ENSMUST00000029188 1719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Plppr4-201ENSMUST00000061071 5696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Gm15723-201ENSMUST00000139331 600 ntTSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Prss21-201ENSMUST00000024928 1094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Thap3-201ENSMUST00000036680 1124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Purg-201ENSMUST00000070340 1064 ntAPPRIS P1 BASIC16.2■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Meox1-201ENSMUST00000057054 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Nanp-201ENSMUST00000066640 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Tm7sf2-202ENSMUST00000113543 1498 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Pmepa1-201ENSMUST00000036248 4538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Guca1b-202ENSMUST00000145462 1556 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Cdh2-201ENSMUST00000025166 4843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Ruvbl1-201ENSMUST00000032165 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Tmem198-202ENSMUST00000113575 2185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Arpc4-201ENSMUST00000156898 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Osgin2-201ENSMUST00000037198 2658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Snx15-201ENSMUST00000025702 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Mdfi-202ENSMUST00000066368 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Sh3rf3-205ENSMUST00000153031 5682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Coil-201ENSMUST00000036649 2607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Lrrc14-202ENSMUST00000127208 4849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Mff-202ENSMUST00000078332 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 AC108858.1-201ENSMUST00000228461 1498 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Ust-201ENSMUST00000061601 4228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Gm18025-201ENSMUST00000221733 862 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Akip1-201ENSMUST00000033335 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Slc2a8-201ENSMUST00000028129 2108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Kif7-202ENSMUST00000178048 4524 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Galk2-202ENSMUST00000094604 1928 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Fam131b-203ENSMUST00000143278 4104 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Cacna1b-204ENSMUST00000102939 9736 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Rapgef3-207ENSMUST00000134885 1422 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Wdr26-207ENSMUST00000162819 6619 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Matk-202ENSMUST00000117488 1980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Best2-203ENSMUST00000209421 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Espn-209ENSMUST00000105655 1350 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Gm45736-201ENSMUST00000210592 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Isyna1-201ENSMUST00000019283 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Cdc123-201ENSMUST00000043864 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Zmiz1-201ENSMUST00000007961 5397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Atox1-201ENSMUST00000108857 541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 4930554G22Rik-201ENSMUST00000196102 686 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 AC153845.2-202ENSMUST00000213372 807 ntTSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Arhgef33-211ENSMUST00000225658 473 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Plpp1-202ENSMUST00000070951 1272 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Cops9-201ENSMUST00000097642 438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Zrsr2-202ENSMUST00000112289 2735 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Mff-208ENSMUST00000160786 1645 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Naa60-212ENSMUST00000186375 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Cadps2-212ENSMUST00000163871 4969 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Tmed4-201ENSMUST00000004508 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 B3galnt2-204ENSMUST00000221300 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Smad1-202ENSMUST00000066091 3099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Cep135-202ENSMUST00000121979 5537 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Lmbr1-207ENSMUST00000200564 1598 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Tmem80-201ENSMUST00000026578 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Gm26860-201ENSMUST00000181674 1489 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
Trim3Q9R1R2 Arl1-202ENSMUST00000116234 2080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 66.6 ms