Protein–RNA interactions for Protein: Q9D6Y1

Ccdc3, Coiled-coil domain-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 273 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc3Q9D6Y1 Slc25a26-201ENSMUST00000061118 1922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Olfr464-201ENSMUST00000074874 1084 ntAPPRIS P1 BASIC16.83■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Mtmr3-202ENSMUST00000109943 5674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Rbm24-201ENSMUST00000037923 3086 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.83■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Krt77-201ENSMUST00000087996 2930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Kcns2-201ENSMUST00000072868 5456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Zfp697-202ENSMUST00000178372 4703 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.82■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Gm37820-201ENSMUST00000194021 2147 ntBASIC16.82■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Nectin2-202ENSMUST00000108450 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Vkorc1l1-203ENSMUST00000201855 4809 ntTSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Trmo-202ENSMUST00000086563 1554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Map4k5-210ENSMUST00000171211 4334 ntTSL 2 BASIC16.82■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Agbl4-205ENSMUST00000106591 1406 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Tnfsf13-201ENSMUST00000018896 1407 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Igfbp2-201ENSMUST00000047328 1307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem60-201ENSMUST00000115259 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Slc25a41-202ENSMUST00000169012 1172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Gm8969-201ENSMUST00000199694 526 ntBASIC16.82■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Paqr7-201ENSMUST00000081525 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Gm4675-202ENSMUST00000164755 2322 ntTSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Klhl25-201ENSMUST00000092073 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Dlg1-205ENSMUST00000115201 3248 ntTSL 5 BASIC16.82■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Ctdsp2-202ENSMUST00000105256 4817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Ptpra-201ENSMUST00000028769 3227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Tbc1d2b-202ENSMUST00000128874 3473 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Il17rb-201ENSMUST00000016110 2061 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Proca1-203ENSMUST00000108317 1359 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Ppp1r1b-204ENSMUST00000137634 1343 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Gm6345-202ENSMUST00000180900 204 ntBASIC16.81■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Yif1b-201ENSMUST00000032809 1111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Gfra4-202ENSMUST00000066958 783 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 A930024E05Rik-201ENSMUST00000148466 1896 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Nuak1-201ENSMUST00000020220 5558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Wnt6-201ENSMUST00000006716 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Tulp1-201ENSMUST00000041819 2017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Pard3-209ENSMUST00000160272 5815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Ncoa5-203ENSMUST00000122070 3117 ntTSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Ddx59-201ENSMUST00000027655 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Cldn18-203ENSMUST00000131922 860 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 1700007L15Rik-201ENSMUST00000180923 737 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Gm33142-201ENSMUST00000193913 867 ntBASIC16.8■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Zfp324-204ENSMUST00000210619 447 ntTSL 3 BASIC16.8■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Rnf157-202ENSMUST00000106398 4553 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Nr4a1-201ENSMUST00000023779 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Man1c1-202ENSMUST00000054096 4715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Otud5-201ENSMUST00000033494 4259 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Cmtm4-201ENSMUST00000179802 7734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Mex3a-201ENSMUST00000172699 5778 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Gm37811-201ENSMUST00000192416 2601 ntBASIC16.8■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Slc25a31-201ENSMUST00000091184 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Dhh-201ENSMUST00000023737 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 2810004N23Rik-201ENSMUST00000034465 2340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Il17rc-201ENSMUST00000058300 2302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Fbxo9-203ENSMUST00000159099 1201 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Zfas1-205ENSMUST00000189909 738 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Zfp943-202ENSMUST00000153985 1598 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Lmbr1-207ENSMUST00000200564 1598 ntTSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Gpr84-201ENSMUST00000079824 1550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Fam109a-201ENSMUST00000056654 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Agfg2-201ENSMUST00000031736 2893 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Inpp4a-201ENSMUST00000027287 5691 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 4933428P19Rik-201ENSMUST00000199616 1376 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Mapk1-202ENSMUST00000069107 5099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Jmy-201ENSMUST00000065537 8776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 1300014J16Rik-201ENSMUST00000219015 1337 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Aig1-205ENSMUST00000162610 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 A130051J06Rik-201ENSMUST00000180649 2618 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Krt19-201ENSMUST00000007317 1576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Rnpc3-203ENSMUST00000106536 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Gm17484-201ENSMUST00000167899 2322 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Rab11fip3-202ENSMUST00000120691 5103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Eif4e2-205ENSMUST00000113232 1125 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Psmd13-209ENSMUST00000164681 726 ntTSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Gm4974-201ENSMUST00000209974 875 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Gm18101-201ENSMUST00000215769 548 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 D230030E09Rik-201ENSMUST00000222459 884 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Fgf9-202ENSMUST00000074654 1198 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Plekhf2-201ENSMUST00000054776 2977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Arf1-202ENSMUST00000163300 1991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Htra3-202ENSMUST00000114233 1901 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Tm6sf2-202ENSMUST00000110160 1446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Zfp768-201ENSMUST00000060783 2356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Igdcc4-205ENSMUST00000213533 6220 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Igdcc4-201ENSMUST00000035499 6223 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Prss33-201ENSMUST00000059906 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Auh-201ENSMUST00000021913 1320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Shq1-204ENSMUST00000170667 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 5330438I03Rik-201ENSMUST00000168347 2845 ntBASIC16.77■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Dbndd2-204ENSMUST00000109350 1055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem51os1-202ENSMUST00000141769 2131 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Gm13816-201ENSMUST00000152230 715 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Gm22697-201ENSMUST00000175194 63 ntBASIC16.77■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Gm4316-202ENSMUST00000212490 1115 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Spata33-206ENSMUST00000212637 569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 AC134329.2-201ENSMUST00000217897 428 ntBASIC16.77■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 AC130711.1-201ENSMUST00000224277 906 ntAPPRIS P1 BASIC16.77■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Fcho2-208ENSMUST00000224992 2964 ntBASIC16.77■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Grcc10-201ENSMUST00000004389 863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Ripply2-201ENSMUST00000058846 503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
Ccdc3Q9D6Y1 Hmg20b-201ENSMUST00000020454 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 21.6 ms