Protein–RNA interactions for Protein: Q62226

Shh, Sonic hedgehog protein, mousemouse

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ShhQ62226 Fuz-206ENSMUST00000207485 1140 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Gm9745-201ENSMUST00000021573 684 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Vpreb1-201ENSMUST00000075017 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Trappc3-201ENSMUST00000030660 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Zpbp2-202ENSMUST00000081033 1300 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Ptprs-201ENSMUST00000067538 6855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Pea15a-202ENSMUST00000111247 2435 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Gm7712-202ENSMUST00000222331 1510 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Eif6-201ENSMUST00000029142 1500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Rcn1-201ENSMUST00000006128 2720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Pitx2-201ENSMUST00000029657 1680 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Setdb2-202ENSMUST00000111253 1774 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Tmem214-202ENSMUST00000201203 6110 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Fkbp5-201ENSMUST00000079413 3542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Ano10-206ENSMUST00000216670 2108 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Mtcl1-202ENSMUST00000097291 7274 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Ythdc1-203ENSMUST00000120498 3269 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Gm3764-209ENSMUST00000181550 1093 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Gm18025-201ENSMUST00000221733 862 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Tm2d1-201ENSMUST00000030292 952 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Hebp1-201ENSMUST00000045855 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
ShhQ62226 E030042O20Rik-201ENSMUST00000135244 1427 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Dpf1-202ENSMUST00000065181 1574 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Gpr137-201ENSMUST00000025909 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Grip1-201ENSMUST00000041962 5343 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Efcab11-201ENSMUST00000046485 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Ostm1-201ENSMUST00000040718 3006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Ptpre-207ENSMUST00000211140 5753 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Vac14-201ENSMUST00000034190 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Chst1-201ENSMUST00000065797 2680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
ShhQ62226 A130051J06Rik-201ENSMUST00000180649 2618 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Gm44832-201ENSMUST00000208849 2303 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Camk2b-202ENSMUST00000019133 2223 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Slc7a10-201ENSMUST00000001854 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Cerkl-205ENSMUST00000143974 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Abhd11-206ENSMUST00000154469 1473 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Arhgap42-203ENSMUST00000183182 1458 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Foxp4-204ENSMUST00000113265 3999 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Eif4e2-205ENSMUST00000113232 1125 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Mdfi-203ENSMUST00000113280 1281 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Ikzf5-203ENSMUST00000128432 714 ntTSL 3 BASIC16.06■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Gtf3a-204ENSMUST00000146511 1298 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Gm36736-201ENSMUST00000206060 646 ntTSL 3 BASIC16.06■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Mtmr3-202ENSMUST00000109943 5674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Arhgef9-208ENSMUST00000128565 2285 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Cep83-201ENSMUST00000020212 3639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Pi4k2b-201ENSMUST00000031081 3139 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Nptxr-203ENSMUST00000175858 4948 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Dlk2-202ENSMUST00000166280 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Mpdu1-201ENSMUST00000018905 1321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Tfpt-202ENSMUST00000108641 1166 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Mzt2-202ENSMUST00000117136 758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Fbxo9-203ENSMUST00000159099 1201 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Nudt22-203ENSMUST00000180765 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Impa1-204ENSMUST00000191670 1100 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Gm42545-201ENSMUST00000202755 922 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Arl2-201ENSMUST00000025893 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Gne-202ENSMUST00000102936 2920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Bean1-203ENSMUST00000167633 3275 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Vgf-204ENSMUST00000190827 2834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Map3k5-201ENSMUST00000095806 5450 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Pick1-201ENSMUST00000018295 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Nit1-202ENSMUST00000111295 1335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Mcl1-201ENSMUST00000037947 3418 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Lyl1-201ENSMUST00000037165 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Fmr1-201ENSMUST00000088546 4409 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Syt8-202ENSMUST00000105976 1289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Epo-203ENSMUST00000111039 706 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Tomm6-202ENSMUST00000113302 749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Syt8-205ENSMUST00000122393 1291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Phgr1-202ENSMUST00000130293 542 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Gm16475-201ENSMUST00000207306 512 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Gm18032-201ENSMUST00000222541 538 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Ppic-201ENSMUST00000025419 1286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Nkx2-6-201ENSMUST00000062437 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Card10-202ENSMUST00000164826 4726 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Hikeshi-206ENSMUST00000153470 2224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Gm37820-201ENSMUST00000194021 2147 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Gm19554-201ENSMUST00000220934 2076 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Cdk5-201ENSMUST00000030814 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Mark3-201ENSMUST00000075281 3321 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
ShhQ62226 H2-Q7-202ENSMUST00000076256 1523 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Gm4675-202ENSMUST00000164755 2322 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Acp5-204ENSMUST00000213815 1419 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Acp5-206ENSMUST00000217643 1447 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Syt9-201ENSMUST00000073459 3817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Mtrf1l-201ENSMUST00000019908 2588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Fgf22-202ENSMUST00000219228 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Espn-209ENSMUST00000105655 1350 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Zfp746-201ENSMUST00000073124 3651 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Dlgap4-205ENSMUST00000109567 4840 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Igfbp2-201ENSMUST00000047328 1307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Prcc-201ENSMUST00000005015 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Fam98a-201ENSMUST00000112507 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
ShhQ62226 1810062O18Rik-202ENSMUST00000128848 745 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Ccdc125-202ENSMUST00000170347 1216 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Gm26709-203ENSMUST00000223260 715 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
ShhQ62226 AC130713.1-201ENSMUST00000228853 1096 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Grcc10-201ENSMUST00000004389 863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
ShhQ62226 Aldh5a1-201ENSMUST00000037615 5647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 38.1 ms