Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 L3hypdh-201ENSMUST00000019862 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
Ccdc88bQ4QRL3 Mthfsl-204ENSMUST00000186863 725 ntTSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
Ccdc88bQ4QRL3 Umpk-ps-201ENSMUST00000211897 827 ntBASIC28.15■■■□□ 2.1
Ccdc88bQ4QRL3 Spem1-201ENSMUST00000045771 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
Ccdc88bQ4QRL3 Idnk-201ENSMUST00000051490 764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
Ccdc88bQ4QRL3 Phf7-203ENSMUST00000226565 1971 ntBASIC28.15■■■□□ 2.1
Ccdc88bQ4QRL3 Fbxo24-202ENSMUST00000111002 2306 ntTSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
Ccdc88bQ4QRL3 Irak2-203ENSMUST00000089023 1734 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
Ccdc88bQ4QRL3 Itgb1bp1-201ENSMUST00000076260 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
Ccdc88bQ4QRL3 Kcnip2-209ENSMUST00000162528 2395 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
Ccdc88bQ4QRL3 Ndufa10-201ENSMUST00000027478 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
Ccdc88bQ4QRL3 Siglecf-206ENSMUST00000206299 2149 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
Ccdc88bQ4QRL3 Tubb6-201ENSMUST00000001513 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
Ccdc88bQ4QRL3 Nisch-221ENSMUST00000171735 1763 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
Ccdc88bQ4QRL3 Gm12359-202ENSMUST00000141696 713 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
Ccdc88bQ4QRL3 Gm12359-203ENSMUST00000153181 680 ntTSL 3 BASIC28.15■■■□□ 2.1
Ccdc88bQ4QRL3 Znhit2-201ENSMUST00000162726 1281 ntAPPRIS P1 BASIC28.15■■■□□ 2.1
Ccdc88bQ4QRL3 4930474H06Rik-201ENSMUST00000132822 1590 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
Ccdc88bQ4QRL3 Ctbp2-201ENSMUST00000033269 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
Ccdc88bQ4QRL3 Six3-203ENSMUST00000176081 3680 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
Ccdc88bQ4QRL3 Abcg5-202ENSMUST00000163375 1613 ntTSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.1
Ccdc88bQ4QRL3 Bnip2-203ENSMUST00000117450 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15890-201ENSMUST00000161024 770 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
Ccdc88bQ4QRL3 Mir3081-201ENSMUST00000175305 84 ntBASIC28.14■■■□□ 2.09
Ccdc88bQ4QRL3 F420014N23Rik-202ENSMUST00000219079 659 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
Ccdc88bQ4QRL3 Gls2-201ENSMUST00000044776 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
Ccdc88bQ4QRL3 Ipp-202ENSMUST00000106479 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
Ccdc88bQ4QRL3 Ipp-201ENSMUST00000030461 2115 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
Ccdc88bQ4QRL3 Pcolce-202ENSMUST00000054564 1585 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
Ccdc88bQ4QRL3 Ubxn11-202ENSMUST00000074690 1573 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
Ccdc88bQ4QRL3 Nr1h2-202ENSMUST00000107910 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
Ccdc88bQ4QRL3 Hist1h4a-201ENSMUST00000102964 539 ntAPPRIS P1 BASIC28.13■■■□□ 2.09
Ccdc88bQ4QRL3 Arl5b-206ENSMUST00000193836 481 ntTSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
Ccdc88bQ4QRL3 Socs6-203ENSMUST00000125362 2814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
Ccdc88bQ4QRL3 Gtf2h4-201ENSMUST00000001565 1679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
Ccdc88bQ4QRL3 Polr2m-202ENSMUST00000163972 2138 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp219-204ENSMUST00000226522 2804 ntAPPRIS P2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
Ccdc88bQ4QRL3 Gm20422-202ENSMUST00000149782 956 ntTSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
Ccdc88bQ4QRL3 Fbxo6-208ENSMUST00000168503 1240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem62-201ENSMUST00000067582 2921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
Ccdc88bQ4QRL3 Mipol1-201ENSMUST00000123498 2117 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
Ccdc88bQ4QRL3 Snx14-205ENSMUST00000173011 2238 ntTSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
Ccdc88bQ4QRL3 Dnaaf5-203ENSMUST00000196441 2426 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
Ccdc88bQ4QRL3 Lca5l-201ENSMUST00000054855 2508 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
Ccdc88bQ4QRL3 Mgat5b-201ENSMUST00000103027 4258 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
Ccdc88bQ4QRL3 Fam181a-203ENSMUST00000191218 1419 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
Ccdc88bQ4QRL3 Gdf15-201ENSMUST00000003808 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
Ccdc88bQ4QRL3 Cldn7-204ENSMUST00000108597 913 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
Ccdc88bQ4QRL3 Etfb-201ENSMUST00000004729 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
Ccdc88bQ4QRL3 Best2-203ENSMUST00000209421 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
Ccdc88bQ4QRL3 Ager-201ENSMUST00000015596 1370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
Ccdc88bQ4QRL3 Iqcd-202ENSMUST00000094391 1673 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
Ccdc88bQ4QRL3 Sars2-201ENSMUST00000094632 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
Ccdc88bQ4QRL3 Pou3f1-201ENSMUST00000053491 3849 ntAPPRIS P1 BASIC28.11■■■□□ 2.09
Ccdc88bQ4QRL3 Pigw-201ENSMUST00000067058 2675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
Ccdc88bQ4QRL3 Ascl2-201ENSMUST00000009392 1605 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
Ccdc88bQ4QRL3 Khdrbs2-201ENSMUST00000027226 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
Ccdc88bQ4QRL3 Farsa-202ENSMUST00000109754 1795 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
Ccdc88bQ4QRL3 Rps27a-202ENSMUST00000102845 791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
Ccdc88bQ4QRL3 Atad3a-201ENSMUST00000030903 2413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
Ccdc88bQ4QRL3 Cldn4-201ENSMUST00000051401 1816 ntAPPRIS P1 BASIC28.1■■■□□ 2.09
Ccdc88bQ4QRL3 Ttc39a-201ENSMUST00000064129 2356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
Ccdc88bQ4QRL3 2610301B20Rik-201ENSMUST00000080517 2116 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
Ccdc88bQ4QRL3 Fam109a-201ENSMUST00000056654 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
Ccdc88bQ4QRL3 Gm13524-201ENSMUST00000125869 662 ntTSL 3 BASIC28.09■■■□□ 2.09
Ccdc88bQ4QRL3 Ifi27l2a-201ENSMUST00000055071 463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
Ccdc88bQ4QRL3 Hist1h2ad-201ENSMUST00000090776 572 ntAPPRIS P1 BASIC28.09■■■□□ 2.09
Ccdc88bQ4QRL3 Zscan12-201ENSMUST00000053293 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
Ccdc88bQ4QRL3 Ppp2r1b-204ENSMUST00000174628 2195 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
Ccdc88bQ4QRL3 Fam57b-201ENSMUST00000079423 2328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
Ccdc88bQ4QRL3 Larp1b-202ENSMUST00000048490 2354 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
Ccdc88bQ4QRL3 Mfsd13a-201ENSMUST00000086969 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
Ccdc88bQ4QRL3 Mex3d-201ENSMUST00000105350 3266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
Ccdc88bQ4QRL3 Gm42939-201ENSMUST00000197514 2205 ntBASIC28.09■■■□□ 2.09
Ccdc88bQ4QRL3 Gpat3-203ENSMUST00000112887 3059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
Ccdc88bQ4QRL3 Ahnak-201ENSMUST00000092955 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
Ccdc88bQ4QRL3 Cdc42bpg-201ENSMUST00000025681 5995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
Ccdc88bQ4QRL3 Dleu2-208ENSMUST00000182768 1442 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
Ccdc88bQ4QRL3 Aqp5-202ENSMUST00000169082 1551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
Ccdc88bQ4QRL3 Lrfn4-202ENSMUST00000113822 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
Ccdc88bQ4QRL3 Naa10-204ENSMUST00000114389 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
Ccdc88bQ4QRL3 Srpx-202ENSMUST00000115543 1218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
Ccdc88bQ4QRL3 Evc-202ENSMUST00000114148 2119 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
Ccdc88bQ4QRL3 Nnat-202ENSMUST00000109526 1213 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
Ccdc88bQ4QRL3 Gm7153-201ENSMUST00000117092 455 ntBASIC28.07■■■□□ 2.08
Ccdc88bQ4QRL3 Ocel1-202ENSMUST00000110051 2179 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
Ccdc88bQ4QRL3 Amigo2-201ENSMUST00000053106 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
Ccdc88bQ4QRL3 Pym1-202ENSMUST00000163377 1158 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
Ccdc88bQ4QRL3 Mtif3-201ENSMUST00000016654 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
Ccdc88bQ4QRL3 Rpl19-ps10-201ENSMUST00000205555 330 ntBASIC28.06■■■□□ 2.08
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem128-201ENSMUST00000087511 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
Ccdc88bQ4QRL3 Ctnnbip1-201ENSMUST00000030839 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
Ccdc88bQ4QRL3 Tm7sf2-201ENSMUST00000025713 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
Ccdc88bQ4QRL3 Acads-201ENSMUST00000031524 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
Ccdc88bQ4QRL3 Ddx19a-201ENSMUST00000040416 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
Ccdc88bQ4QRL3 Fgf22-202ENSMUST00000219228 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
Ccdc88bQ4QRL3 Gm11336-201ENSMUST00000118168 334 ntBASIC28.05■■■□□ 2.08
Ccdc88bQ4QRL3 Taco1os-201ENSMUST00000140736 644 ntTSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
Ccdc88bQ4QRL3 Gm44450-201ENSMUST00000199528 114 ntBASIC28.05■■■□□ 2.08
Ccdc88bQ4QRL3 Thrsp-201ENSMUST00000043077 1277 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 32.5 ms