Protein–RNA interactions for Protein: Q9ER60

Scn4a, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, mousemouse

Predictions only

Length 1,841 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Scn4aQ9ER60 Higd1a-206ENSMUST00000215300 605 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.87■■□□□ 1.41
Scn4aQ9ER60 Trim58-201ENSMUST00000075084 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
Scn4aQ9ER60 Mrps36-202ENSMUST00000078573 571 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
Scn4aQ9ER60 Numbl-201ENSMUST00000079258 2760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
Scn4aQ9ER60 Cabp2-205ENSMUST00000162908 911 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
Scn4aQ9ER60 Chmp2a-201ENSMUST00000005711 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
Scn4aQ9ER60 Pmm1-202ENSMUST00000071462 1059 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
Scn4aQ9ER60 Ppp2r2d-207ENSMUST00000155672 1938 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
Scn4aQ9ER60 Slc25a35-202ENSMUST00000102606 1828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
Scn4aQ9ER60 Sh3yl1-201ENSMUST00000020997 1750 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
Scn4aQ9ER60 Faxc-201ENSMUST00000029908 2627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
Scn4aQ9ER60 Proc-201ENSMUST00000171765 1566 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
Scn4aQ9ER60 Gpr162-201ENSMUST00000046893 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
Scn4aQ9ER60 Rbm3-206ENSMUST00000115621 1338 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
Scn4aQ9ER60 Selenoh-201ENSMUST00000102646 783 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
Scn4aQ9ER60 Fam53b-204ENSMUST00000106165 1232 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
Scn4aQ9ER60 Rabepk-202ENSMUST00000113086 1106 ntTSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
Scn4aQ9ER60 9430038I01Rik-202ENSMUST00000117404 699 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
Scn4aQ9ER60 Selenoh-206ENSMUST00000189988 390 ntTSL 3 BASIC23.86■■□□□ 1.41
Scn4aQ9ER60 Gins1-201ENSMUST00000028948 1087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
Scn4aQ9ER60 Spout1-201ENSMUST00000100220 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
Scn4aQ9ER60 AW011738-201ENSMUST00000105140 1848 ntAPPRIS P1 BASIC23.86■■□□□ 1.41
Scn4aQ9ER60 Cnnm3-201ENSMUST00000001166 5193 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
Scn4aQ9ER60 Hccs-202ENSMUST00000112115 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
Scn4aQ9ER60 Nisch-221ENSMUST00000171735 1763 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
Scn4aQ9ER60 Fam107b-203ENSMUST00000115053 688 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.85■■□□□ 1.41
Scn4aQ9ER60 1110035H17Rik-202ENSMUST00000205672 1231 ntBASIC23.85■■□□□ 1.41
Scn4aQ9ER60 Spr-201ENSMUST00000045986 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
Scn4aQ9ER60 Tmem205-201ENSMUST00000046831 785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
Scn4aQ9ER60 Gm26892-201ENSMUST00000181695 1636 ntTSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
Scn4aQ9ER60 Cdk10-201ENSMUST00000036880 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
Scn4aQ9ER60 Txndc5-201ENSMUST00000035988 2843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
Scn4aQ9ER60 Pgbd5-204ENSMUST00000140012 3222 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
Scn4aQ9ER60 Ern1-204ENSMUST00000106801 1957 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
Scn4aQ9ER60 Strn3-201ENSMUST00000013130 3046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
Scn4aQ9ER60 Stx3-202ENSMUST00000069285 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
Scn4aQ9ER60 Sbspon-201ENSMUST00000040695 2748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
Scn4aQ9ER60 Ogfod3-201ENSMUST00000026169 1308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
Scn4aQ9ER60 Phf7-203ENSMUST00000226565 1971 ntBASIC23.85■■□□□ 1.41
Scn4aQ9ER60 AC084391.1-201ENSMUST00000200651 141 ntBASIC23.84■■□□□ 1.41
Scn4aQ9ER60 Igflr1-201ENSMUST00000043850 1186 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
Scn4aQ9ER60 Lin37-201ENSMUST00000043975 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
Scn4aQ9ER60 Olfr541-201ENSMUST00000080681 1103 ntAPPRIS P1 BASIC23.84■■□□□ 1.41
Scn4aQ9ER60 Tubb6-201ENSMUST00000001513 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
Scn4aQ9ER60 Set-201ENSMUST00000067996 2834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
Scn4aQ9ER60 Mmd-202ENSMUST00000107887 1654 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
Scn4aQ9ER60 Sept4-205ENSMUST00000107962 1678 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
Scn4aQ9ER60 Mgat4b-201ENSMUST00000041725 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
Scn4aQ9ER60 Tgds-204ENSMUST00000228543 1594 ntBASIC23.84■■□□□ 1.41
Scn4aQ9ER60 Chmp7-201ENSMUST00000036381 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
Scn4aQ9ER60 Thap7-201ENSMUST00000100125 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
Scn4aQ9ER60 Polr2i-202ENSMUST00000108192 508 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
Scn4aQ9ER60 Sec61g-206ENSMUST00000166950 754 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
Scn4aQ9ER60 Sec61g-207ENSMUST00000178855 779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
Scn4aQ9ER60 Gm6089-201ENSMUST00000197666 938 ntBASIC23.84■■□□□ 1.41
Scn4aQ9ER60 Pdp1-206ENSMUST00000108302 2525 ntTSL 3 BASIC23.84■■□□□ 1.41
Scn4aQ9ER60 Nkiras2-203ENSMUST00000107376 1727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
Scn4aQ9ER60 1810043G02Rik-201ENSMUST00000105397 1818 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
Scn4aQ9ER60 L3hypdh-201ENSMUST00000019862 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
Scn4aQ9ER60 Gm6184-201ENSMUST00000120403 1261 ntBASIC23.83■■□□□ 1.41
Scn4aQ9ER60 Arf5-201ENSMUST00000020717 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
Scn4aQ9ER60 Cfd-202ENSMUST00000217837 871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
Scn4aQ9ER60 Hmg20b-201ENSMUST00000020454 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
Scn4aQ9ER60 Pcolce-202ENSMUST00000054564 1585 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.4
Scn4aQ9ER60 Ttc7b-201ENSMUST00000062957 3446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
Scn4aQ9ER60 Zbed3-201ENSMUST00000045909 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
Scn4aQ9ER60 Matn4-202ENSMUST00000103104 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
Scn4aQ9ER60 Gm13186-201ENSMUST00000118031 316 ntBASIC23.82■■□□□ 1.4
Scn4aQ9ER60 1700003M07Rik-202ENSMUST00000147634 564 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
Scn4aQ9ER60 Chd3os-202ENSMUST00000151617 389 ntTSL 3 BASIC23.82■■□□□ 1.4
Scn4aQ9ER60 Msantd1-204ENSMUST00000212362 798 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
Scn4aQ9ER60 Prdx4-201ENSMUST00000026328 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
Scn4aQ9ER60 Crtc2-201ENSMUST00000029545 2747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
Scn4aQ9ER60 Adgrb2-207ENSMUST00000120204 5170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
Scn4aQ9ER60 Vamp2-202ENSMUST00000117780 1113 ntTSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
Scn4aQ9ER60 Fam241b-208ENSMUST00000142796 1135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
Scn4aQ9ER60 1700023H06Rik-201ENSMUST00000161006 1044 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
Scn4aQ9ER60 6030443J06Rik-204ENSMUST00000195898 786 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
Scn4aQ9ER60 Smdt1-201ENSMUST00000023086 705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
Scn4aQ9ER60 Gm45906-201ENSMUST00000208911 1430 ntBASIC23.82■■□□□ 1.4
Scn4aQ9ER60 Tmed1-201ENSMUST00000034698 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
Scn4aQ9ER60 Gm4737-201ENSMUST00000059524 2093 ntAPPRIS P1 BASIC23.81■■□□□ 1.4
Scn4aQ9ER60 Zbed3-202ENSMUST00000221807 1945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
Scn4aQ9ER60 Ager-209ENSMUST00000174496 1347 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
Scn4aQ9ER60 1700012D14Rik-201ENSMUST00000209597 605 ntTSL 3 BASIC23.81■■□□□ 1.4
Scn4aQ9ER60 Smim3-201ENSMUST00000042710 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
Scn4aQ9ER60 Ing4-201ENSMUST00000032480 1629 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
Scn4aQ9ER60 Tgds-201ENSMUST00000022727 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
Scn4aQ9ER60 Nrarp-201ENSMUST00000104999 2582 ntAPPRIS P1 BASIC23.8■■□□□ 1.4
Scn4aQ9ER60 Zxdb-201ENSMUST00000101388 5619 ntAPPRIS P1 BASIC23.8■■□□□ 1.4
Scn4aQ9ER60 Mir3113-201ENSMUST00000175478 76 ntBASIC23.8■■□□□ 1.4
Scn4aQ9ER60 Rbm14-203ENSMUST00000180008 370 ntTSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
Scn4aQ9ER60 Gfi1-202ENSMUST00000065478 2639 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
Scn4aQ9ER60 9030624G23Rik-201ENSMUST00000101538 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
Scn4aQ9ER60 Acp7-201ENSMUST00000040112 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
Scn4aQ9ER60 Trp73-203ENSMUST00000105643 1916 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
Scn4aQ9ER60 2810408A11Rik-203ENSMUST00000102580 1640 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
Scn4aQ9ER60 Sfn-201ENSMUST00000057311 1613 ntAPPRIS P1 BASIC23.8■■□□□ 1.4
Scn4aQ9ER60 Rhoc-202ENSMUST00000106787 959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
Scn4aQ9ER60 Mef2b-201ENSMUST00000110140 1223 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 33.8 ms