Protein–RNA interactions for Protein: Q9D5Y1

Ccdc39, Coiled-coil domain-containing protein 39, mousemouse

Predictions only

Length 937 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc39Q9D5Y1 Rsph6a-201ENSMUST00000035521 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
Ccdc39Q9D5Y1 Herpud2-201ENSMUST00000008573 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
Ccdc39Q9D5Y1 Camk2d-228ENSMUST00000200171 5396 ntTSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
Ccdc39Q9D5Y1 A730056A06Rik-201ENSMUST00000181299 2689 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
Ccdc39Q9D5Y1 Acbd4-203ENSMUST00000107040 1959 ntTSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
Ccdc39Q9D5Y1 Ubald1-201ENSMUST00000037843 1851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
Ccdc39Q9D5Y1 Atp6v1b1-206ENSMUST00000206911 1591 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
Ccdc39Q9D5Y1 1810062O18Rik-202ENSMUST00000128848 745 ntTSL 3 BASIC20.52■□□□□ 0.88
Ccdc39Q9D5Y1 Chmp2a-203ENSMUST00000210587 930 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.52■□□□□ 0.88
Ccdc39Q9D5Y1 Gadd45b-203ENSMUST00000220246 732 ntTSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
Ccdc39Q9D5Y1 Mrpl21-201ENSMUST00000025743 802 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
Ccdc39Q9D5Y1 Nr1d2-201ENSMUST00000090543 4663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
Ccdc39Q9D5Y1 Rbm11-202ENSMUST00000114249 2750 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
Ccdc39Q9D5Y1 Nsmf-205ENSMUST00000114386 2685 ntTSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
Ccdc39Q9D5Y1 Zbtb5-204ENSMUST00000180217 4708 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Aldh2-202ENSMUST00000129753 1799 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Abhd5-202ENSMUST00000111497 2576 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Nudt11-201ENSMUST00000103007 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Ptpre-201ENSMUST00000073961 5410 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Gm14114-201ENSMUST00000139345 287 ntTSL 3 BASIC20.51■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Spata25-201ENSMUST00000017911 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Gm4217-201ENSMUST00000182243 1002 ntBASIC20.51■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Hist3h2ba-201ENSMUST00000078267 614 ntAPPRIS P1 BASIC20.51■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Map3k1-201ENSMUST00000109267 6978 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Matk-201ENSMUST00000105328 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Ddx41-201ENSMUST00000021956 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Tbcel-201ENSMUST00000066148 5000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Yipf2-201ENSMUST00000034700 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Nrxn2-203ENSMUST00000113459 3285 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Ccdc102a-201ENSMUST00000077955 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Gm16897-201ENSMUST00000180780 2492 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Tmf1-201ENSMUST00000095664 5732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Thegl-202ENSMUST00000117880 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 A930001A20Rik-201ENSMUST00000182586 1366 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Fiz1-202ENSMUST00000165320 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Fam229a-201ENSMUST00000106043 558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 U2af1-201ENSMUST00000014684 907 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 U2af1-202ENSMUST00000166526 907 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Gm18959-201ENSMUST00000208954 655 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Gm7791-201ENSMUST00000219066 539 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Olfr464-201ENSMUST00000074874 1084 ntAPPRIS P1 BASIC20.5■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Ppfia1-201ENSMUST00000168134 5181 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Snapc3-201ENSMUST00000030206 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Nipsnap3b-201ENSMUST00000015391 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Derl3-201ENSMUST00000009236 1321 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Vangl2-203ENSMUST00000111264 2349 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Ciz1-201ENSMUST00000048964 2771 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Tbc1d2b-202ENSMUST00000128874 3473 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Scrib-202ENSMUST00000063747 5440 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Enah-205ENSMUST00000177811 4231 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Gm3764-209ENSMUST00000181550 1093 ntTSL 3 BASIC20.49■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Fgf8-201ENSMUST00000026240 1117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Gng11-201ENSMUST00000031670 919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Lsm10-201ENSMUST00000055575 943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Pcnx-204ENSMUST00000221721 8318 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Aatk-203ENSMUST00000103020 5687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Ube2k-201ENSMUST00000142407 4893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Zfp219-204ENSMUST00000226522 2804 ntAPPRIS P2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 C1ql3-201ENSMUST00000061545 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Fbxw5-201ENSMUST00000015239 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Gapdh-202ENSMUST00000117757 1273 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Mir8112-201ENSMUST00000184382 131 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Ankrd39-202ENSMUST00000194894 664 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Rpl18a-206ENSMUST00000212709 700 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Dctn3-201ENSMUST00000030158 973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Pcf11-201ENSMUST00000119954 5995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Hoxb2-201ENSMUST00000100523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Arhgef9-208ENSMUST00000128565 2285 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Zscan12-201ENSMUST00000053293 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Tbx2-201ENSMUST00000000095 3626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Isyna1-201ENSMUST00000019283 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Mycbp-202ENSMUST00000106202 1536 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Ppp1r3f-201ENSMUST00000115742 3066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Gm19554-201ENSMUST00000220934 2076 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Pdlim5-211ENSMUST00000198381 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Acvr2b-205ENSMUST00000215746 3175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Ldlrad4-201ENSMUST00000063775 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Ano10-206ENSMUST00000216670 2108 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Ccnd3-ps-201ENSMUST00000117963 881 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Pdcd5-202ENSMUST00000120714 767 ntTSL 3 BASIC20.47■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Serf1-205ENSMUST00000152286 465 ntTSL 3 BASIC20.47■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 1810012K08Rik-201ENSMUST00000155199 574 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Pih1d1-201ENSMUST00000085375 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Dock9-202ENSMUST00000100299 6476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Serinc2-201ENSMUST00000105996 1878 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Mpdu1-201ENSMUST00000018905 1321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Atp2c1-201ENSMUST00000038118 4876 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Adam22-205ENSMUST00000115385 2318 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 4930405A21Rik-202ENSMUST00000139042 994 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Steap1-201ENSMUST00000015796 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Gm2274-201ENSMUST00000184539 609 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Lsm1-203ENSMUST00000211168 343 ntTSL 3 BASIC20.46■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 4933406B15Rik-201ENSMUST00000220065 1182 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Uchl3-201ENSMUST00000002289 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Tbc1d9-202ENSMUST00000093393 5334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Por-201ENSMUST00000005651 2636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Smu1-201ENSMUST00000030117 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Meox1-201ENSMUST00000057054 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Zfpm1-201ENSMUST00000054052 3390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Ccdc39Q9D5Y1 Alyref-201ENSMUST00000026125 3527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 20.4 ms