Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Fam213b-201ENSMUST00000030935 883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
Ccdc88bQ4QRL3 Itgb5-202ENSMUST00000115028 3090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
Ccdc88bQ4QRL3 Kcns1-201ENSMUST00000045196 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
Ccdc88bQ4QRL3 Sirt1-203ENSMUST00000120239 4430 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
Ccdc88bQ4QRL3 Myo1b-202ENSMUST00000046390 5052 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
Ccdc88bQ4QRL3 Rerg-204ENSMUST00000149100 635 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
Ccdc88bQ4QRL3 1500009L16Rik-201ENSMUST00000150459 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
Ccdc88bQ4QRL3 Otx2os1-206ENSMUST00000228153 787 ntBASIC28.23■■■□□ 2.11
Ccdc88bQ4QRL3 Gm5867-201ENSMUST00000063197 592 ntBASIC28.23■■■□□ 2.11
Ccdc88bQ4QRL3 Gm38534-201ENSMUST00000206566 1909 ntTSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
Ccdc88bQ4QRL3 Dcps-202ENSMUST00000119847 1445 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
Ccdc88bQ4QRL3 Helt-201ENSMUST00000058636 1541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
Ccdc88bQ4QRL3 Donson-201ENSMUST00000023682 2360 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem79-201ENSMUST00000001456 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
Ccdc88bQ4QRL3 Surf1-201ENSMUST00000015934 1173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
Ccdc88bQ4QRL3 Nme3-201ENSMUST00000024978 715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
Ccdc88bQ4QRL3 Rln3-201ENSMUST00000061923 634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem254b-201ENSMUST00000022418 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
Ccdc88bQ4QRL3 Calb2-201ENSMUST00000003754 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
Ccdc88bQ4QRL3 Uchl5-201ENSMUST00000018333 1845 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
Ccdc88bQ4QRL3 Arid3b-202ENSMUST00000098686 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
Ccdc88bQ4QRL3 Tob1-201ENSMUST00000041589 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
Ccdc88bQ4QRL3 Sos2-201ENSMUST00000035773 5607 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
Ccdc88bQ4QRL3 March3-202ENSMUST00000102912 1754 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
Ccdc88bQ4QRL3 9930012K11Rik-205ENSMUST00000153871 1983 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
Ccdc88bQ4QRL3 Platr31-201ENSMUST00000180653 1466 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
Ccdc88bQ4QRL3 Celrr-203ENSMUST00000185678 937 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
Ccdc88bQ4QRL3 Lysmd4-209ENSMUST00000208998 2110 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
Ccdc88bQ4QRL3 Gm45631-201ENSMUST00000210318 1244 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
Ccdc88bQ4QRL3 Dmtn-207ENSMUST00000228001 2437 ntBASIC28.21■■■□□ 2.11
Ccdc88bQ4QRL3 Hspb6-201ENSMUST00000044048 1363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
Ccdc88bQ4QRL3 9930012K11Rik-201ENSMUST00000058240 1986 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
Ccdc88bQ4QRL3 Otud7a-201ENSMUST00000058476 3483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
Ccdc88bQ4QRL3 Fam105a-203ENSMUST00000226170 3043 ntBASIC28.21■■■□□ 2.11
Ccdc88bQ4QRL3 Idh1-201ENSMUST00000097709 2302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
Ccdc88bQ4QRL3 B3gnt2-202ENSMUST00000062844 3057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
Ccdc88bQ4QRL3 Zkscan4-202ENSMUST00000225845 1506 ntBASIC28.21■■■□□ 2.11
Ccdc88bQ4QRL3 Lrp5-202ENSMUST00000176867 2759 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
Ccdc88bQ4QRL3 Nat8f3-202ENSMUST00000168531 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
Ccdc88bQ4QRL3 Olfr129-201ENSMUST00000122318 993 ntBASIC28.21■■■□□ 2.11
Ccdc88bQ4QRL3 0610025J13Rik-203ENSMUST00000180374 713 ntTSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
Ccdc88bQ4QRL3 Gm34933-201ENSMUST00000203245 1067 ntTSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
Ccdc88bQ4QRL3 Jagn1-202ENSMUST00000204254 1147 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
Ccdc88bQ4QRL3 Gm38973-201ENSMUST00000206810 878 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
Ccdc88bQ4QRL3 Lman2l-202ENSMUST00000115011 2290 ntTSL 5 BASIC28.2■■■□□ 2.11
Ccdc88bQ4QRL3 Sox30-201ENSMUST00000049038 2997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
Ccdc88bQ4QRL3 Znrf2-201ENSMUST00000079869 5886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
Ccdc88bQ4QRL3 Mff-208ENSMUST00000160786 1645 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
Ccdc88bQ4QRL3 Cryl1-201ENSMUST00000022517 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
Ccdc88bQ4QRL3 Tm4sf19-201ENSMUST00000115149 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
Ccdc88bQ4QRL3 Gm27742-201ENSMUST00000184667 60 ntBASIC28.2■■■□□ 2.1
Ccdc88bQ4QRL3 Irx5-201ENSMUST00000034184 2450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
Ccdc88bQ4QRL3 2010016I18Rik-204ENSMUST00000190356 1562 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem136-202ENSMUST00000213544 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
Ccdc88bQ4QRL3 Arfip2-202ENSMUST00000084782 2254 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
Ccdc88bQ4QRL3 Gm13186-201ENSMUST00000118031 316 ntBASIC28.19■■■□□ 2.1
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15794-201ENSMUST00000120182 631 ntBASIC28.19■■■□□ 2.1
Ccdc88bQ4QRL3 Gm6623-201ENSMUST00000173570 544 ntBASIC28.19■■■□□ 2.1
Ccdc88bQ4QRL3 Hist1h2ai-201ENSMUST00000070124 393 ntAPPRIS P1 BASIC28.19■■■□□ 2.1
Ccdc88bQ4QRL3 Hist1h2an-201ENSMUST00000091751 393 ntAPPRIS P1 BASIC28.19■■■□□ 2.1
Ccdc88bQ4QRL3 Ctnnd2-201ENSMUST00000081728 5944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
Ccdc88bQ4QRL3 Vrk2-201ENSMUST00000078362 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
Ccdc88bQ4QRL3 Dhx32-203ENSMUST00000106139 2233 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
Ccdc88bQ4QRL3 Apba3-201ENSMUST00000057798 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15408-201ENSMUST00000124198 1379 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
Ccdc88bQ4QRL3 Bcap29-201ENSMUST00000020979 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
Ccdc88bQ4QRL3 Mzt1-201ENSMUST00000042662 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
Ccdc88bQ4QRL3 Rad23a-202ENSMUST00000109761 1842 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
Ccdc88bQ4QRL3 Wnt10b-204ENSMUST00000226655 1807 ntBASIC28.18■■■□□ 2.1
Ccdc88bQ4QRL3 Pdss2-201ENSMUST00000095725 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
Ccdc88bQ4QRL3 Gm13285-201ENSMUST00000179725 1462 ntAPPRIS P1 BASIC28.18■■■□□ 2.1
Ccdc88bQ4QRL3 Cacng4-201ENSMUST00000021066 3500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
Ccdc88bQ4QRL3 Atf4-201ENSMUST00000109605 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
Ccdc88bQ4QRL3 Foxo3-204ENSMUST00000175881 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
Ccdc88bQ4QRL3 1700018L02Rik-201ENSMUST00000187897 2485 ntBASIC28.17■■■□□ 2.1
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem198-202ENSMUST00000113575 2185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
Ccdc88bQ4QRL3 Magix-201ENSMUST00000115695 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
Ccdc88bQ4QRL3 Dpy30-201ENSMUST00000112571 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
Ccdc88bQ4QRL3 Pyy-201ENSMUST00000017455 555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
Ccdc88bQ4QRL3 Aldoa-ps3-201ENSMUST00000217558 306 ntBASIC28.17■■■□□ 2.1
Ccdc88bQ4QRL3 Rsu1-201ENSMUST00000028059 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
Ccdc88bQ4QRL3 Sox1-201ENSMUST00000180353 4832 ntAPPRIS P1 BASIC28.17■■■□□ 2.1
Ccdc88bQ4QRL3 Gpr6-201ENSMUST00000061796 1786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
Ccdc88bQ4QRL3 Ehmt2-203ENSMUST00000097342 3934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
Ccdc88bQ4QRL3 Il17re-208ENSMUST00000204774 2146 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
Ccdc88bQ4QRL3 Ric3-202ENSMUST00000120876 1633 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
Ccdc88bQ4QRL3 Acbd4-201ENSMUST00000024492 2075 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.17■■■□□ 2.1
Ccdc88bQ4QRL3 Dlg1-205ENSMUST00000115201 3248 ntTSL 5 BASIC28.17■■■□□ 2.1
Ccdc88bQ4QRL3 Ccdc126-201ENSMUST00000055559 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
Ccdc88bQ4QRL3 Rprd1b-207ENSMUST00000152452 1910 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
Ccdc88bQ4QRL3 Gm32031-203ENSMUST00000208993 649 ntTSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
Ccdc88bQ4QRL3 Upk3a-201ENSMUST00000023070 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
Ccdc88bQ4QRL3 Diras1-201ENSMUST00000055125 2953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26627-201ENSMUST00000181540 1487 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
Ccdc88bQ4QRL3 Rrbp1-202ENSMUST00000037875 2701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
Ccdc88bQ4QRL3 4930503L19Rik-201ENSMUST00000067556 2291 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
Ccdc88bQ4QRL3 Doc2g-201ENSMUST00000025806 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
Ccdc88bQ4QRL3 Vps53-203ENSMUST00000108419 2209 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
Ccdc88bQ4QRL3 Gm19569-202ENSMUST00000184658 1305 ntTSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
Ccdc88bQ4QRL3 Eva1c-201ENSMUST00000037539 1698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 16.4 ms