Protein–RNA interactions for Protein: Q9R1R2

Trim3, Tripartite motif-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 744 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim3Q9R1R2 A830018L16Rik-208ENSMUST00000171690 6158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Eif6-201ENSMUST00000029142 1500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Espn-211ENSMUST00000105657 1375 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Snrnp35-202ENSMUST00000111453 1181 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Gssos2-201ENSMUST00000130859 727 ntTSL 3 BASIC16.31■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Nnat-205ENSMUST00000153739 1146 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Nnat-206ENSMUST00000172487 404 ntTSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Gm10698-201ENSMUST00000182663 604 ntBASIC16.31■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Ramp1-203ENSMUST00000188475 711 ntTSL 3 BASIC16.31■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Hebp1-201ENSMUST00000045855 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Ube2d3-202ENSMUST00000166033 2504 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Pdx1-201ENSMUST00000085591 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Kdm5b-203ENSMUST00000112198 5413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Itpripl2-201ENSMUST00000178344 6865 ntAPPRIS P1 BASIC16.31■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Vkorc1l1-203ENSMUST00000201855 4809 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Cog2-201ENSMUST00000034460 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Idnk-204ENSMUST00000226010 1898 ntBASIC16.31■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Map3k10-201ENSMUST00000036453 3682 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Setdb2-202ENSMUST00000111253 1774 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Fbxl3-201ENSMUST00000022720 4309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Slc6a17-208ENSMUST00000169449 6322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Slc6a17-201ENSMUST00000029499 6308 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Ptges3-202ENSMUST00000084771 1559 ntTSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Fam131a-202ENSMUST00000118919 2262 ntTSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Camk2b-202ENSMUST00000019133 2223 ntTSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Lrrc7-201ENSMUST00000106044 5918 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Rhod-202ENSMUST00000117462 1495 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Ocel1-202ENSMUST00000110051 2179 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Atp5d-203ENSMUST00000105367 1410 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Taf6l-211ENSMUST00000177056 2006 ntTSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Mon1a-201ENSMUST00000035202 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Chpt1-201ENSMUST00000020253 3898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Fev-202ENSMUST00000159232 928 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Arpc4-202ENSMUST00000171058 695 ntTSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Gm21863-201ENSMUST00000179133 336 ntAPPRIS P1 BASIC16.3■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Cacna2d1-207ENSMUST00000196750 1272 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Kcnn4-203ENSMUST00000205626 461 ntTSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Tmem239-201ENSMUST00000055421 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Crb3-202ENSMUST00000097299 1206 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Col17a1-201ENSMUST00000026045 5588 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Card10-202ENSMUST00000164826 4726 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Arpc1a-201ENSMUST00000031625 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Stard3-201ENSMUST00000018311 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Efcab11-201ENSMUST00000046485 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Nhs-201ENSMUST00000081569 4881 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Acp5-204ENSMUST00000213815 1419 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Acp5-206ENSMUST00000217643 1447 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 P2rx5-201ENSMUST00000006104 2395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Gm20604-201ENSMUST00000174651 2795 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Mef2d-202ENSMUST00000107558 1767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Lrp3-201ENSMUST00000118444 3877 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Uri1-201ENSMUST00000085513 3441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Cacng6-201ENSMUST00000108647 868 ntTSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Gtf2a2-204ENSMUST00000119905 622 ntTSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Gm15378-201ENSMUST00000121894 207 ntBASIC16.29■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Gm10138-203ENSMUST00000206952 366 ntBASIC16.29■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Aprt-204ENSMUST00000212093 723 ntTSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Cfap20-201ENSMUST00000034249 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Cck-201ENSMUST00000035120 691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Prr29-201ENSMUST00000009354 1112 ntTSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Amigo1-202ENSMUST00000106656 5482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 A930017K11Rik-201ENSMUST00000162431 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Mark3-201ENSMUST00000075281 3321 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Zfp512b-201ENSMUST00000108789 5714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Cnpy1-202ENSMUST00000118882 1984 ntTSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Fbxo42-201ENSMUST00000030757 5934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Cacna2d2-203ENSMUST00000164988 5542 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Gpr84-201ENSMUST00000079824 1550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Gm15743-202ENSMUST00000182690 1901 ntBASIC16.29■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 K230015D01Rik-201ENSMUST00000211969 1516 ntBASIC16.29■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Slc16a3-201ENSMUST00000070653 2272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Ubald1-201ENSMUST00000037843 1851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Scly-201ENSMUST00000027532 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Bean1-203ENSMUST00000167633 3275 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Zfp764-201ENSMUST00000059199 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Aqp2-201ENSMUST00000023752 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Bpifb4-203ENSMUST00000109759 2115 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Lzts2-201ENSMUST00000039016 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Sh2b2-203ENSMUST00000196397 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Prcc-201ENSMUST00000005015 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Zfc3h1-201ENSMUST00000036044 6957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Fam104a-201ENSMUST00000120194 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 2900072N19Rik-201ENSMUST00000123840 806 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 1110046J04Rik-201ENSMUST00000147622 397 ntTSL 3 BASIC16.28■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Trappc6a-201ENSMUST00000002112 785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Matn4-202ENSMUST00000103104 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Nrl-201ENSMUST00000062232 2504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Sec1-201ENSMUST00000040636 2470 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Ppm1b-202ENSMUST00000112304 3262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Kat14-208ENSMUST00000147747 3299 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Ispd-201ENSMUST00000062041 2690 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Zdhhc6-201ENSMUST00000076891 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Arhgef17-204ENSMUST00000209041 4516 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Ccdc124-201ENSMUST00000007865 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Yipf2-201ENSMUST00000034700 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Pacsin1-204ENSMUST00000114873 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Wbp1-202ENSMUST00000113936 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Farsa-201ENSMUST00000003906 1826 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Casp9-201ENSMUST00000030747 3897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Trim3Q9R1R2 Cux1-206ENSMUST00000176172 4882 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 17.1 ms