Protein–RNA interactions for Protein: Q62318

Trim28, Transcription intermediary factor 1-beta, mousemouse

Predictions only

Length 834 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim28Q62318 Gm8969-201ENSMUST00000199694 526 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
Trim28Q62318 Gm10459-201ENSMUST00000202708 1155 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
Trim28Q62318 Stx3-208ENSMUST00000211641 1018 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Trim28Q62318 Psma6-201ENSMUST00000021412 1042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Trim28Q62318 Coq7-201ENSMUST00000032887 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Trim28Q62318 Adam22-205ENSMUST00000115385 2318 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
Trim28Q62318 Gcat-202ENSMUST00000171999 1763 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Trim28Q62318 Dhx32-203ENSMUST00000106139 2233 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Trim28Q62318 Rprd1b-207ENSMUST00000152452 1910 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
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Trim28Q62318 Gab1-201ENSMUST00000034150 4870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
Trim28Q62318 Phlpp1-201ENSMUST00000061047 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
Trim28Q62318 1700024G13Rik-201ENSMUST00000100723 850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
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Trim28Q62318 Tm4sf19-201ENSMUST00000115149 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
Trim28Q62318 Gm15545-202ENSMUST00000141011 899 ntTSL 3 BASIC22.64■■□□□ 1.21
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Trim28Q62318 Tmem205-201ENSMUST00000046831 785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
Trim28Q62318 Tsr3-201ENSMUST00000063574 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
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Trim28Q62318 Sirt1-207ENSMUST00000177694 3353 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
Trim28Q62318 Fam129b-201ENSMUST00000028135 3714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
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Trim28Q62318 Aifm1-201ENSMUST00000037349 2237 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
Trim28Q62318 9330111N05Rik-202ENSMUST00000181043 2449 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
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Trim28Q62318 Mfsd13a-201ENSMUST00000086969 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
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Trim28Q62318 Gm25016-201ENSMUST00000158399 131 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
Trim28Q62318 Pdrg1-201ENSMUST00000028972 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
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Trim28Q62318 Lce1i-201ENSMUST00000090866 731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
Trim28Q62318 Gpr137c-207ENSMUST00000227086 4997 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
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Trim28Q62318 Hmbox1-203ENSMUST00000175744 1771 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
Trim28Q62318 Mipol1-201ENSMUST00000123498 2117 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
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Trim28Q62318 4933402J07Rik-201ENSMUST00000093342 1304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
Trim28Q62318 Tm9sf3-201ENSMUST00000025989 6144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
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Trim28Q62318 Nthl1-201ENSMUST00000047611 1080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
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Trim28Q62318 2010016I18Rik-204ENSMUST00000190356 1562 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
Trim28Q62318 Dap-201ENSMUST00000044524 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
Trim28Q62318 Gm26592-201ENSMUST00000180870 1730 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
Trim28Q62318 Hdhd2-202ENSMUST00000097521 1716 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
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Trim28Q62318 Adsl-204ENSMUST00000164806 1595 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
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Trim28Q62318 AC130711.1-201ENSMUST00000224277 906 ntAPPRIS P1 BASIC22.61■■□□□ 1.21
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Trim28Q62318 Bcl11b-203ENSMUST00000109891 2888 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
Trim28Q62318 Ddhd2-206ENSMUST00000211688 2265 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
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Trim28Q62318 Vrk2-201ENSMUST00000078362 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
Trim28Q62318 Tsnax-202ENSMUST00000212603 2169 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
Trim28Q62318 Gm21974-201ENSMUST00000126662 2037 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
Trim28Q62318 Fzd5-202ENSMUST00000116133 2895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
Trim28Q62318 Il9r-204ENSMUST00000142396 1542 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
Trim28Q62318 Mir142hg-201ENSMUST00000123700 269 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
Trim28Q62318 Lmbrd1-202ENSMUST00000186096 688 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
Trim28Q62318 Pagr1a-203ENSMUST00000206416 558 ntTSL 3 BASIC22.59■■□□□ 1.21
Trim28Q62318 Diras1-201ENSMUST00000055125 2953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
Trim28Q62318 Maneal-201ENSMUST00000064444 2727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.59■■□□□ 1.21
Trim28Q62318 Zbtb25-201ENSMUST00000167011 1681 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
Trim28Q62318 Ift74-201ENSMUST00000030311 2139 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
Trim28Q62318 Hoxa10-201ENSMUST00000121043 1436 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
Trim28Q62318 Wtap-205ENSMUST00000160781 2442 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
Trim28Q62318 Gm29518-201ENSMUST00000190858 372 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
Trim28Q62318 1700018L02Rik-201ENSMUST00000187897 2485 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
Trim28Q62318 2810408A11Rik-204ENSMUST00000108621 1455 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.2
Trim28Q62318 Lrfn4-202ENSMUST00000113822 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
Trim28Q62318 Ocel1-202ENSMUST00000110051 2179 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
Trim28Q62318 Rbm11-202ENSMUST00000114249 2750 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
Trim28Q62318 Ammecr1-201ENSMUST00000041317 5437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
Trim28Q62318 Zcchc24-201ENSMUST00000069180 4556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
Trim28Q62318 Urah-202ENSMUST00000106050 719 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
Trim28Q62318 Tekt5-202ENSMUST00000115831 1277 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
Trim28Q62318 AC156832.2-201ENSMUST00000216217 1295 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
Trim28Q62318 Shc3-203ENSMUST00000223543 1241 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 23.2 ms