Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Ptcra-201ENSMUST00000041012 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
Ccdc88bQ4QRL3 Slbp-203ENSMUST00000101354 1578 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
Ccdc88bQ4QRL3 Adam15-203ENSMUST00000107446 1686 ntTSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
Ccdc88bQ4QRL3 Tbcb-201ENSMUST00000006254 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
Ccdc88bQ4QRL3 Hmg20b-204ENSMUST00000122993 1502 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
Ccdc88bQ4QRL3 Blvrb-204ENSMUST00000133750 509 ntTSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
Ccdc88bQ4QRL3 Gfod2-203ENSMUST00000155038 951 ntTSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
Ccdc88bQ4QRL3 Gatad2a-202ENSMUST00000116463 3363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
Ccdc88bQ4QRL3 Paqr7-201ENSMUST00000081525 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
Ccdc88bQ4QRL3 Adam22-205ENSMUST00000115385 2318 ntTSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26592-201ENSMUST00000180870 1730 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
Ccdc88bQ4QRL3 Fbxo17-203ENSMUST00000108279 1563 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
Ccdc88bQ4QRL3 Dap-201ENSMUST00000044524 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
Ccdc88bQ4QRL3 Prdm6-203ENSMUST00000115399 2227 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 Aldh7a1-201ENSMUST00000066208 1914 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 Rnf112-201ENSMUST00000054927 3086 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 Ism1-202ENSMUST00000184404 2964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 Zdhhc6-201ENSMUST00000076891 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 Stk32c-202ENSMUST00000165870 1883 ntTSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 Tmsb10-202ENSMUST00000114049 690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 Cckbr-201ENSMUST00000033189 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 Rdx-202ENSMUST00000061352 1502 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 4930540M05Rik-201ENSMUST00000180527 2068 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 Prdm8-202ENSMUST00000210477 3316 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.31■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 Usp21-201ENSMUST00000065941 2219 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 Pomp-201ENSMUST00000031654 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 Fam129c-208ENSMUST00000143662 2267 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.31■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 Xkr6-201ENSMUST00000119973 2963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 3110002H16Rik-201ENSMUST00000025276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 Bpifa3-202ENSMUST00000109746 1102 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 Gpha2-202ENSMUST00000113526 762 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.31■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15952-201ENSMUST00000122858 490 ntTSL 3 BASIC28.31■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 Gm17807-201ENSMUST00000186869 298 ntBASIC28.31■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 Gm8797-201ENSMUST00000192045 490 ntAPPRIS P1 BASIC28.31■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 BC048679-203ENSMUST00000207871 567 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 Gpha2-201ENSMUST00000025698 609 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 6330403L08Rik-202ENSMUST00000187923 5522 ntBASIC28.31■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 Arfip1-202ENSMUST00000107687 1714 ntTSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 Spg7-209ENSMUST00000149248 2896 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 Snhg4-201ENSMUST00000181664 1190 ntTSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 Nudt21-204ENSMUST00000212981 1184 ntTSL 3 BASIC28.3■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 AU019823-202ENSMUST00000145139 2805 ntTSL 2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 Tdrd12-201ENSMUST00000032701 1620 ntTSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 Nespas-203ENSMUST00000151472 2248 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 4933412L11Rik-201ENSMUST00000203702 1044 ntBASIC28.29■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 Krt10-202ENSMUST00000211768 557 ntTSL 3 BASIC28.29■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 Odf3b-201ENSMUST00000049968 1040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 Pafah1b3-201ENSMUST00000005583 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 Brms1l-201ENSMUST00000059250 2609 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 Cog6-204ENSMUST00000193432 2078 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 Gm5112-201ENSMUST00000204407 2368 ntBASIC28.29■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 Plpbp-202ENSMUST00000098851 1368 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 Pacs2-207ENSMUST00000223502 3223 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 Hotairm1-202ENSMUST00000132559 713 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 Srgn-205ENSMUST00000162161 694 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.28■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 Cd70-201ENSMUST00000019633 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 Ppp2r2d-207ENSMUST00000155672 1938 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 Isyna1-204ENSMUST00000210005 1914 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.28■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 Htr5b-201ENSMUST00000055884 1935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 A730089K16Rik-201ENSMUST00000194526 2427 ntBASIC28.28■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 Nucb2-201ENSMUST00000032895 1685 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 Aifm1-201ENSMUST00000037349 2237 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 Smim15-205ENSMUST00000225972 2097 ntAPPRIS P1 BASIC28.28■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 Lhfp-201ENSMUST00000059562 2108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 Tnfrsf25-202ENSMUST00000035275 1603 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 Tpm2-203ENSMUST00000107914 1164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 C030037D09Rik-202ENSMUST00000136201 1216 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 Hist1h2bc-201ENSMUST00000018246 1156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 Hist1h2ba-201ENSMUST00000052776 384 ntAPPRIS P1 BASIC28.27■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 BC049762-201ENSMUST00000054226 760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 Odf2-211ENSMUST00000113767 2249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 Sharpin-201ENSMUST00000023211 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 Pitx2-207ENSMUST00000174661 1942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 Ppp2r1b-206ENSMUST00000175645 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 Zkscan14-201ENSMUST00000031632 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 Cyb5d2-201ENSMUST00000079681 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 Zic1-202ENSMUST00000065360 2811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 Phf14-201ENSMUST00000090632 3985 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 4932702P03Rik-201ENSMUST00000138447 1482 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 Cxcl14-202ENSMUST00000224801 1467 ntBASIC28.27■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 Rasl2-9-201ENSMUST00000147835 1013 ntAPPRIS P1 BASIC28.27■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 Mrpl36-203ENSMUST00000222030 680 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.27■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 Ift74-201ENSMUST00000030311 2139 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 Angptl8-201ENSMUST00000058777 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 Cmtm7-202ENSMUST00000084867 874 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 Fam98a-201ENSMUST00000112507 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 Vps53-202ENSMUST00000094015 2645 ntTSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 4930452B06Rik-201ENSMUST00000102996 2681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 Cobll1-204ENSMUST00000112430 4917 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.12
Ccdc88bQ4QRL3 1810010H24Rik-201ENSMUST00000106767 1100 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
Ccdc88bQ4QRL3 Gm17092-201ENSMUST00000166606 698 ntTSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
Ccdc88bQ4QRL3 Gm18669-201ENSMUST00000216049 778 ntBASIC28.26■■■□□ 2.11
Ccdc88bQ4QRL3 Gm35154-202ENSMUST00000217008 1093 ntTSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.11
Ccdc88bQ4QRL3 Gm3468-201ENSMUST00000165193 1955 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
Ccdc88bQ4QRL3 Gm2956-201ENSMUST00000177786 1955 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
Ccdc88bQ4QRL3 Haus4-201ENSMUST00000022784 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
Ccdc88bQ4QRL3 AC133598.3-202ENSMUST00000224219 531 ntBASIC28.25■■■□□ 2.11
Ccdc88bQ4QRL3 Zbtb25-201ENSMUST00000167011 1681 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.25■■■□□ 2.11
Ccdc88bQ4QRL3 Tm2d3-202ENSMUST00000065574 1478 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
Ccdc88bQ4QRL3 Gm21974-201ENSMUST00000126662 2037 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 28 ms