Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Eif4h-201ENSMUST00000036125 2367 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Gm21974-201ENSMUST00000126662 2037 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Foxj3-209ENSMUST00000162267 1391 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 E130307A14Rik-213ENSMUST00000155482 2803 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Kri1-205ENSMUST00000184326 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Mvk-201ENSMUST00000043760 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Cnksr2-201ENSMUST00000026750 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Shq1-201ENSMUST00000089245 1638 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Nubpl-201ENSMUST00000040090 2987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Abl1-202ENSMUST00000075759 6327 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Rbfox2-204ENSMUST00000171751 3558 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Amigo1-202ENSMUST00000106656 5482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Pi16-201ENSMUST00000114699 1243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Gm38205-201ENSMUST00000192243 258 ntBASIC18.02■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Pomp-201ENSMUST00000031654 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 BC030336-201ENSMUST00000060175 4831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Rnf40Q3U319 Enah-202ENSMUST00000111024 3572 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Asph-210ENSMUST00000108337 2836 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Zfp326-201ENSMUST00000031227 2667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Tbx18-201ENSMUST00000034991 4679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Rprd1b-207ENSMUST00000152452 1910 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Hmg20b-201ENSMUST00000020454 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Mri1-203ENSMUST00000126435 2819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Tmem150b-202ENSMUST00000086364 2822 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Slc25a23-201ENSMUST00000040280 3362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Pten-201ENSMUST00000013807 8292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Chn1-209ENSMUST00000166199 3876 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Lrp5-201ENSMUST00000025856 5161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Gm11421-201ENSMUST00000122124 294 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Pstk-201ENSMUST00000075610 1135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Tfeb-204ENSMUST00000113288 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Simc1-202ENSMUST00000121401 4819 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Krt84-201ENSMUST00000023720 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Cachd1-202ENSMUST00000097955 4277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Specc1-210ENSMUST00000201723 2690 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Eda-203ENSMUST00000113776 5105 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Rab11fip4-201ENSMUST00000017783 7156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Itpripl2-201ENSMUST00000178344 6865 ntAPPRIS P1 BASIC18.01■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Psen2-202ENSMUST00000111104 1475 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Impdh1-202ENSMUST00000159124 2600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Csk-201ENSMUST00000034863 2749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Spg21-201ENSMUST00000034955 2680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Tcp1-209ENSMUST00000151287 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Cmip-202ENSMUST00000166750 2408 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Etnk1-201ENSMUST00000032413 6433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Pi4kb-202ENSMUST00000107251 2895 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Dlgap4-205ENSMUST00000109567 4840 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Cask-201ENSMUST00000033321 4057 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Smox-205ENSMUST00000110182 985 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Pgls-205ENSMUST00000143441 1062 ntTSL 3 BASIC18■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Zfp963-202ENSMUST00000154063 640 ntTSL 3 BASIC18■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Golgb1-201ENSMUST00000023534 498 ntBASIC18■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Scin-201ENSMUST00000002640 2995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Gm9959-201ENSMUST00000068277 390 ntBASIC18■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Snap91-204ENSMUST00000098495 4150 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Ggnbp2-201ENSMUST00000018547 2478 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Lrch4-204ENSMUST00000176667 2209 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Slc39a7-201ENSMUST00000025186 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Klf9-201ENSMUST00000036884 3263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Acbd6-201ENSMUST00000035560 5592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Wscd1-203ENSMUST00000108511 2866 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Macrod2-201ENSMUST00000043836 3552 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Srpr-201ENSMUST00000034541 2993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Nipa2-201ENSMUST00000032635 3197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Parl-201ENSMUST00000048642 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Crh-201ENSMUST00000061294 1320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Wrb-201ENSMUST00000023913 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Zfp318-201ENSMUST00000113481 7850 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Ripply3-201ENSMUST00000023660 1531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Lrp12-202ENSMUST00000110305 4244 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Trim31-201ENSMUST00000078438 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Gm16076-201ENSMUST00000140116 480 ntTSL 3 BASIC17.99■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Gm3448-203ENSMUST00000179539 787 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Gm9207-201ENSMUST00000198773 1115 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Alad-201ENSMUST00000030090 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Gm3448-201ENSMUST00000097399 787 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Bend5-201ENSMUST00000030274 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 AL591207.1-203ENSMUST00000222401 1380 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Naa35-201ENSMUST00000022038 3793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Ppan-201ENSMUST00000004203 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Gm16262-201ENSMUST00000162306 1751 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Haspin-201ENSMUST00000052140 2810 ntAPPRIS P1 BASIC17.99■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Gm26526-201ENSMUST00000181075 2927 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Gm16499-203ENSMUST00000204633 2177 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Ptprd-206ENSMUST00000107289 9899 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Mtx1-201ENSMUST00000073572 1617 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Smox-209ENSMUST00000110189 1919 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Taf5-201ENSMUST00000026027 3258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Nsun5-201ENSMUST00000000940 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Emc6-202ENSMUST00000108480 563 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Naa20-202ENSMUST00000110000 1142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Rdh14-201ENSMUST00000020947 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Gm27029-202ENSMUST00000107259 1855 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Ern1-204ENSMUST00000106801 1957 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Klhl40-201ENSMUST00000098272 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Tsc22d2-203ENSMUST00000199164 4659 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Nup85-201ENSMUST00000021085 2230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Gm30003-201ENSMUST00000200700 1433 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Tekt1-201ENSMUST00000021155 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Rnf40Q3U319 Ankrd17-202ENSMUST00000081914 8057 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 24 ms