Protein–RNA interactions for Protein: P39428

Traf1, TNF receptor-associated factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 409 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Traf1P39428 Tspan9-201ENSMUST00000032503 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
Traf1P39428 Foxa3-201ENSMUST00000036018 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
Traf1P39428 Gm8994-201ENSMUST00000077886 1236 ntAPPRIS P1 BASIC20.06■□□□□ 0.8
Traf1P39428 Arrb1-210ENSMUST00000179755 7135 ntTSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
Traf1P39428 Arrb1-202ENSMUST00000098266 7132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
Traf1P39428 Gm19439-201ENSMUST00000198195 2273 ntBASIC20.06■□□□□ 0.8
Traf1P39428 Dhx36-201ENSMUST00000029336 5620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
Traf1P39428 5330438I03Rik-201ENSMUST00000168347 2845 ntBASIC20.06■□□□□ 0.8
Traf1P39428 Cdk5-201ENSMUST00000030814 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
Traf1P39428 Usp13-202ENSMUST00000108228 2767 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
Traf1P39428 1700096K18Rik-201ENSMUST00000188465 1454 ntBASIC20.05■□□□□ 0.8
Traf1P39428 Slc25a35-202ENSMUST00000102606 1828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
Traf1P39428 Gm10013-201ENSMUST00000106074 672 ntBASIC20.05■□□□□ 0.8
Traf1P39428 Gm16061-201ENSMUST00000122167 857 ntBASIC20.05■□□□□ 0.8
Traf1P39428 Gm13474-201ENSMUST00000122466 815 ntBASIC20.05■□□□□ 0.8
Traf1P39428 Klf13-202ENSMUST00000183817 599 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
Traf1P39428 Wdr74-202ENSMUST00000210512 1078 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
Traf1P39428 Eif3h-201ENSMUST00000022925 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
Traf1P39428 Dctn3-201ENSMUST00000030158 973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
Traf1P39428 Lsm10-201ENSMUST00000055575 943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
Traf1P39428 Ripply2-201ENSMUST00000058846 503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
Traf1P39428 Vpreb1-201ENSMUST00000075017 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
Traf1P39428 Nptn-212ENSMUST00000177292 1390 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
Traf1P39428 Eif2b4-201ENSMUST00000077693 2025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
Traf1P39428 9030624G23Rik-201ENSMUST00000101538 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
Traf1P39428 Nus1-201ENSMUST00000023830 4605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
Traf1P39428 Gmcl1-201ENSMUST00000001185 2949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
Traf1P39428 Rasgrp2-224ENSMUST00000167240 2192 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
Traf1P39428 Trim54-201ENSMUST00000013771 1434 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
Traf1P39428 Etnk1-204ENSMUST00000205256 2647 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
Traf1P39428 Zfp768-201ENSMUST00000060783 2356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
Traf1P39428 Nmnat3-203ENSMUST00000112938 848 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
Traf1P39428 Gm6659-201ENSMUST00000174752 547 ntBASIC20.04■□□□□ 0.8
Traf1P39428 Tcta-202ENSMUST00000192886 1094 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
Traf1P39428 Aga-203ENSMUST00000211424 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
Traf1P39428 0610009B22Rik-201ENSMUST00000007921 813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
Traf1P39428 Smarcd2-201ENSMUST00000021052 2747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
Traf1P39428 Mtch2-205ENSMUST00000136872 2596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
Traf1P39428 Ttc34-203ENSMUST00000207854 4733 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
Traf1P39428 Trim67-201ENSMUST00000041106 5694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
Traf1P39428 Zfp644-204ENSMUST00000112696 5785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
Traf1P39428 Map4k4-201ENSMUST00000163854 5782 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
Traf1P39428 Csf3-201ENSMUST00000038886 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
Traf1P39428 Hspa5-202ENSMUST00000100171 2613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
Traf1P39428 Cops8-201ENSMUST00000036153 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
Traf1P39428 Gmcl1-202ENSMUST00000113679 960 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
Traf1P39428 Cnn1-203ENSMUST00000214601 1225 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
Traf1P39428 Gm9745-201ENSMUST00000021573 684 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
Traf1P39428 Rgcc-201ENSMUST00000022595 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
Traf1P39428 A930001A20Rik-201ENSMUST00000182586 1366 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
Traf1P39428 Fez2-202ENSMUST00000112487 2020 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
Traf1P39428 Rilp-201ENSMUST00000042972 1489 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
Traf1P39428 Cacna1a-202ENSMUST00000122053 7589 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
Traf1P39428 Ubtf-206ENSMUST00000107123 2759 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
Traf1P39428 Lrch4-204ENSMUST00000176667 2209 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
Traf1P39428 Vmn1r17-201ENSMUST00000227186 2234 ntAPPRIS P2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
Traf1P39428 Agfg2-201ENSMUST00000031736 2893 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
Traf1P39428 Fst-202ENSMUST00000223640 2612 ntBASIC20.03■□□□□ 0.8
Traf1P39428 Gls-204ENSMUST00000114513 4966 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
Traf1P39428 Larp1-201ENSMUST00000071487 6614 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
Traf1P39428 Paxip1-201ENSMUST00000002291 5850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
Traf1P39428 Tmem81-201ENSMUST00000058167 1742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
Traf1P39428 Htra3-202ENSMUST00000114233 1901 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
Traf1P39428 Hs6st1-201ENSMUST00000088174 3719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
Traf1P39428 Gm14453-201ENSMUST00000139677 553 ntTSL 3 BASIC20.02■□□□□ 0.8
Traf1P39428 Steap1-201ENSMUST00000015796 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
Traf1P39428 Pih1d2-201ENSMUST00000000171 1256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
Traf1P39428 Gm9731-201ENSMUST00000209480 747 ntBASIC20.02■□□□□ 0.8
Traf1P39428 A430057M04Rik-202ENSMUST00000170150 2176 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
Traf1P39428 Icam5-201ENSMUST00000019616 2947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
Traf1P39428 Nos1ap-207ENSMUST00000161966 1607 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
Traf1P39428 Dbndd2-201ENSMUST00000017878 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.79
Traf1P39428 Fam166b-201ENSMUST00000052829 1349 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
Traf1P39428 Whrn-205ENSMUST00000095038 2665 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
Traf1P39428 Slc25a47-202ENSMUST00000221080 1890 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
Traf1P39428 Rbms1-209ENSMUST00000164147 2543 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
Traf1P39428 Camsap3-207ENSMUST00000207712 2539 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
Traf1P39428 Nrxn2-203ENSMUST00000113459 3285 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
Traf1P39428 Sort1-201ENSMUST00000102632 6796 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
Traf1P39428 Rfesd-202ENSMUST00000167271 595 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
Traf1P39428 Esrrb-201ENSMUST00000021680 2136 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
Traf1P39428 AC134329.2-201ENSMUST00000217897 428 ntBASIC20.01■□□□□ 0.79
Traf1P39428 Gm18032-201ENSMUST00000222541 538 ntBASIC20.01■□□□□ 0.79
Traf1P39428 Olfr279-201ENSMUST00000050451 933 ntAPPRIS P1 BASIC20.01■□□□□ 0.79
Traf1P39428 Npw-201ENSMUST00000095544 638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
Traf1P39428 Mfsd6-205ENSMUST00000156876 4932 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
Traf1P39428 Deaf1-209ENSMUST00000211537 2882 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
Traf1P39428 Prdm6-203ENSMUST00000115399 2227 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
Traf1P39428 Ahcyl2-202ENSMUST00000102995 5155 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
Traf1P39428 Mbd6-202ENSMUST00000119078 4287 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
Traf1P39428 Lrrc47-201ENSMUST00000030894 3395 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
Traf1P39428 Crlf3-201ENSMUST00000061283 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
Traf1P39428 Vegfc-201ENSMUST00000033919 2449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
Traf1P39428 Grtp1-204ENSMUST00000209691 1030 ntTSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
Traf1P39428 Gm7791-201ENSMUST00000219066 539 ntBASIC20■□□□□ 0.79
Traf1P39428 Il3ra-202ENSMUST00000223589 738 ntBASIC20■□□□□ 0.79
Traf1P39428 BC048679-201ENSMUST00000073406 522 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
Traf1P39428 Ewsr1-204ENSMUST00000093365 1290 ntTSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
Traf1P39428 Hsf5-201ENSMUST00000093956 4158 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
Traf1P39428 Srsf11-202ENSMUST00000072875 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 60.3 ms