Protein–RNA interactions for Protein: Q8BY87

Usp47, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 47, mousemouse

Predictions only

Length 1,376 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp47Q8BY87 Fam71e1-202ENSMUST00000205359 1307 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.54
Usp47Q8BY87 Cacna2d2-201ENSMUST00000010210 5783 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
Usp47Q8BY87 Rcan3-201ENSMUST00000030606 5111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
Usp47Q8BY87 Gm10300-201ENSMUST00000094662 2296 ntAPPRIS P1 BASIC24.64■■□□□ 1.54
Usp47Q8BY87 Surf4-201ENSMUST00000015011 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
Usp47Q8BY87 Hist1h4a-201ENSMUST00000102964 539 ntAPPRIS P1 BASIC24.64■■□□□ 1.53
Usp47Q8BY87 Gm44924-201ENSMUST00000138087 421 ntTSL 3 BASIC24.64■■□□□ 1.53
Usp47Q8BY87 Serf1-205ENSMUST00000152286 465 ntTSL 3 BASIC24.64■■□□□ 1.53
Usp47Q8BY87 Gpaa1-210ENSMUST00000172281 1809 ntTSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.53
Usp47Q8BY87 Tmem175-204ENSMUST00000146207 1686 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
Usp47Q8BY87 Dcaf8-206ENSMUST00000192704 2859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
Usp47Q8BY87 Gm26781-201ENSMUST00000181385 1477 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
Usp47Q8BY87 Herpud2-201ENSMUST00000008573 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
Usp47Q8BY87 Itgb1bp1-201ENSMUST00000076260 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
Usp47Q8BY87 Insm1-201ENSMUST00000089257 3100 ntAPPRIS P1 BASIC24.63■■□□□ 1.53
Usp47Q8BY87 Cldn18-203ENSMUST00000131922 860 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
Usp47Q8BY87 Gm9745-201ENSMUST00000021573 684 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
Usp47Q8BY87 Trim68-201ENSMUST00000082175 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
Usp47Q8BY87 Apba3-201ENSMUST00000057798 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
Usp47Q8BY87 Dleu2-208ENSMUST00000182768 1442 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
Usp47Q8BY87 Gm7854-202ENSMUST00000187409 1433 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
Usp47Q8BY87 Thumpd3-201ENSMUST00000032398 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
Usp47Q8BY87 Dhx32-203ENSMUST00000106139 2233 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
Usp47Q8BY87 Foxd1-201ENSMUST00000105098 5064 ntAPPRIS P1 BASIC24.62■■□□□ 1.53
Usp47Q8BY87 4930448E22Rik-201ENSMUST00000181712 1581 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
Usp47Q8BY87 Gm8969-201ENSMUST00000199694 526 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
Usp47Q8BY87 Banf1-201ENSMUST00000025762 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
Usp47Q8BY87 Dbndd2-201ENSMUST00000017878 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
Usp47Q8BY87 Clasp2-204ENSMUST00000213663 2727 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
Usp47Q8BY87 Slc16a3-201ENSMUST00000070653 2272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
Usp47Q8BY87 Trim25-202ENSMUST00000100627 1433 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
Usp47Q8BY87 Ttc39a-201ENSMUST00000064129 2356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
Usp47Q8BY87 Tm9sf2-203ENSMUST00000171318 1494 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
Usp47Q8BY87 Gm5414-201ENSMUST00000062879 1659 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
Usp47Q8BY87 Nsmf-204ENSMUST00000102931 2830 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
Usp47Q8BY87 Sept10-203ENSMUST00000220156 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
Usp47Q8BY87 Cenps-207ENSMUST00000177408 689 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
Usp47Q8BY87 AC134329.2-201ENSMUST00000217897 428 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
Usp47Q8BY87 Metrn-201ENSMUST00000002344 987 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
Usp47Q8BY87 Rprd1b-207ENSMUST00000152452 1910 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
Usp47Q8BY87 Smu1-201ENSMUST00000030117 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
Usp47Q8BY87 Sim1-202ENSMUST00000219436 1687 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
Usp47Q8BY87 Hmbox1-203ENSMUST00000175744 1771 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
Usp47Q8BY87 Stam2-202ENSMUST00000127316 1928 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
Usp47Q8BY87 Acbd4-201ENSMUST00000024492 2075 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
Usp47Q8BY87 Psmd13-209ENSMUST00000164681 726 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
Usp47Q8BY87 Tm7sf2-201ENSMUST00000025713 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
Usp47Q8BY87 Nrxn2-203ENSMUST00000113459 3285 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
Usp47Q8BY87 Slc25a47-202ENSMUST00000221080 1890 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
Usp47Q8BY87 Nr1h2-213ENSMUST00000167197 1944 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
Usp47Q8BY87 Ccdc17-201ENSMUST00000051869 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
Usp47Q8BY87 Hunk-201ENSMUST00000065856 5009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
Usp47Q8BY87 Gmcl1-202ENSMUST00000113679 960 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
Usp47Q8BY87 Pabpc1l2b-ps-201ENSMUST00000124538 690 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
Usp47Q8BY87 Gm21974-201ENSMUST00000126662 2037 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
Usp47Q8BY87 Etnk1-204ENSMUST00000205256 2647 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
Usp47Q8BY87 Wdr74-202ENSMUST00000210512 1078 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
Usp47Q8BY87 Tsc22d1-201ENSMUST00000022587 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
Usp47Q8BY87 AC130671.1-201ENSMUST00000227384 1237 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
Usp47Q8BY87 Mrpl28-201ENSMUST00000025014 1048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
Usp47Q8BY87 Chst1-201ENSMUST00000065797 2680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
Usp47Q8BY87 Kcnb1-201ENSMUST00000059826 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
Usp47Q8BY87 Nudt11-201ENSMUST00000103007 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
Usp47Q8BY87 Dhx15-201ENSMUST00000031061 3010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
Usp47Q8BY87 Trim45-202ENSMUST00000094048 1815 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
Usp47Q8BY87 Psme4-201ENSMUST00000041231 6491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
Usp47Q8BY87 2010016I18Rik-204ENSMUST00000190356 1562 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
Usp47Q8BY87 Cdan1-201ENSMUST00000110700 5996 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
Usp47Q8BY87 Ewsr1-204ENSMUST00000093365 1290 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
Usp47Q8BY87 Clint1-201ENSMUST00000109260 3311 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
Usp47Q8BY87 Sfrp4-201ENSMUST00000002883 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
Usp47Q8BY87 Cdk10-201ENSMUST00000036880 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
Usp47Q8BY87 Dtnbp1-203ENSMUST00000220555 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.52
Usp47Q8BY87 Rhbdd3-202ENSMUST00000101610 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
Usp47Q8BY87 Wnt10b-207ENSMUST00000228594 1510 ntAPPRIS P1 BASIC24.58■■□□□ 1.52
Usp47Q8BY87 Atp9a-211ENSMUST00000178504 3668 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.52
Usp47Q8BY87 Dcps-202ENSMUST00000119847 1445 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
Usp47Q8BY87 Arrdc4-202ENSMUST00000118110 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
Usp47Q8BY87 Gm34933-201ENSMUST00000203245 1067 ntTSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
Usp47Q8BY87 Arpc4-204ENSMUST00000204802 794 ntTSL 3 BASIC24.57■■□□□ 1.52
Usp47Q8BY87 Ddx19a-201ENSMUST00000040416 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
Usp47Q8BY87 Sirt1-202ENSMUST00000105442 3740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
Usp47Q8BY87 Ncam2-202ENSMUST00000067602 3563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
Usp47Q8BY87 Zfp768-201ENSMUST00000060783 2356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
Usp47Q8BY87 Sharpin-201ENSMUST00000023211 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
Usp47Q8BY87 Hcn4-201ENSMUST00000034889 6118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
Usp47Q8BY87 Itgb5-201ENSMUST00000069345 3056 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
Usp47Q8BY87 Eme2-202ENSMUST00000121542 1521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
Usp47Q8BY87 Pacsin1-204ENSMUST00000114873 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
Usp47Q8BY87 Kmt5c-201ENSMUST00000098853 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
Usp47Q8BY87 Gm1673-202ENSMUST00000114382 451 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
Usp47Q8BY87 Ccnd3-202ENSMUST00000171031 2113 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
Usp47Q8BY87 Rarb-207ENSMUST00000225921 2756 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
Usp47Q8BY87 Smim3-201ENSMUST00000042710 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
Usp47Q8BY87 Agap3-205ENSMUST00000199856 2685 ntTSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
Usp47Q8BY87 Klf16-201ENSMUST00000038558 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
Usp47Q8BY87 Agfg2-202ENSMUST00000100544 2858 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
Usp47Q8BY87 Amigo2-201ENSMUST00000053106 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
Usp47Q8BY87 Trim54-201ENSMUST00000013771 1434 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
Usp47Q8BY87 Tfap2a-208ENSMUST00000224999 2058 ntAPPRIS ALT1 BASIC24.56■■□□□ 1.52
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 29.6 ms