Protein–RNA interactions for Protein: Q62226

Shh, Sonic hedgehog protein, mousemouse

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ShhQ62226 Bin2-204ENSMUST00000182775 1908 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Ngb-201ENSMUST00000021420 1616 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Diras1-201ENSMUST00000055125 2953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
ShhQ62226 H2-DMa-201ENSMUST00000042121 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Gm44544-201ENSMUST00000207052 1844 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Gm16897-201ENSMUST00000180780 2492 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Grina-201ENSMUST00000023225 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Otud7a-201ENSMUST00000058476 3483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Rasgrp2-224ENSMUST00000167240 2192 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Rps14-202ENSMUST00000118551 602 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Gm23634-201ENSMUST00000175071 91 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Tmem14c-201ENSMUST00000021790 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Mrpl15-203ENSMUST00000130201 1894 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
ShhQ62226 AC124581.1-201ENSMUST00000225416 1399 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Nr4a1-201ENSMUST00000023779 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Tpra1-223ENSMUST00000204765 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
ShhQ62226 2810459M11Rik-202ENSMUST00000165824 3331 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Klf16-201ENSMUST00000038558 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Tpd52l1-201ENSMUST00000000305 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Isca1-201ENSMUST00000057115 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Casp9-201ENSMUST00000030747 3897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Gprin1-202ENSMUST00000135343 4248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Lrrc58-201ENSMUST00000078717 8604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Sbf1-205ENSMUST00000144585 6165 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Osbpl1a-207ENSMUST00000121808 3030 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Gm43183-201ENSMUST00000200632 547 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Gm16042-201ENSMUST00000204813 1247 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Fxyd1-208ENSMUST00000205807 539 ntTSL 3 BASIC16.21■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Gm45618-201ENSMUST00000209890 660 ntAPPRIS P1 BASIC16.21■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Ergic3-201ENSMUST00000006035 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Rnaseh2a-202ENSMUST00000109736 2981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Cops8-201ENSMUST00000036153 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Clasp2-204ENSMUST00000213663 2727 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Adat2-201ENSMUST00000019944 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
ShhQ62226 Adra2a-201ENSMUST00000036700 3801 ntAPPRIS P1 BASIC16.21■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Gm5828-201ENSMUST00000071842 1860 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Vegfc-201ENSMUST00000033919 2449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Vps9d1-203ENSMUST00000122363 2952 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Trim54-201ENSMUST00000013771 1434 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Bmi1-201ENSMUST00000028071 3594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Fam46c-201ENSMUST00000061455 5640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Bad-202ENSMUST00000113423 990 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Hilpda-202ENSMUST00000115289 658 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Lyzl4-202ENSMUST00000120918 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Izumo1r-204ENSMUST00000121116 726 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
ShhQ62226 4931413I07Rik-201ENSMUST00000173637 764 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Gm42882-201ENSMUST00000201788 506 ntTSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Hist3h2ba-201ENSMUST00000078267 614 ntAPPRIS P1 BASIC16.2■□□□□ 0.18
ShhQ62226 0610009B22Rik-201ENSMUST00000007921 813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Gzmd-201ENSMUST00000082093 964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Ust-201ENSMUST00000061601 4228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Rybp-201ENSMUST00000101118 4503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Siglecf-202ENSMUST00000121494 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Mrpl15-205ENSMUST00000146665 1569 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Tha1-201ENSMUST00000033230 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Kmt5b-203ENSMUST00000113968 3216 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Mmp17-201ENSMUST00000031390 6422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Nsg1-201ENSMUST00000031009 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Arid1a-205ENSMUST00000145664 8187 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Trim14-201ENSMUST00000046897 1429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Cyp26c1-201ENSMUST00000073391 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Gm37374-201ENSMUST00000194954 1829 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Rtcb-201ENSMUST00000001834 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Man2a1-201ENSMUST00000086723 6991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Retreg1-201ENSMUST00000022881 3248 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Stox1-202ENSMUST00000133371 3510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Gclm-201ENSMUST00000029769 5589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Abhd5-202ENSMUST00000111497 2576 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Tfeb-203ENSMUST00000113284 1974 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Sh2b2-204ENSMUST00000196447 1783 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Hpca-202ENSMUST00000095807 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Itm2c-203ENSMUST00000185569 1465 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Fndc11-201ENSMUST00000050026 1387 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
ShhQ62226 AC159205.6-201ENSMUST00000224935 887 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Bex3-201ENSMUST00000053540 930 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Tollip-202ENSMUST00000055819 1100 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Tnrc6c-202ENSMUST00000106344 8847 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Lcorl-202ENSMUST00000045586 5708 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Noxa1-201ENSMUST00000044018 1617 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Tspan9-201ENSMUST00000032503 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Gm37194-201ENSMUST00000193092 3031 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Ppp1r9b-201ENSMUST00000038696 4508 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Lgmn-201ENSMUST00000021607 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Shroom3-211ENSMUST00000225438 5742 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Samd8-201ENSMUST00000022292 1574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Fam57a-201ENSMUST00000094014 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Faap20-201ENSMUST00000097747 1479 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Ppp1r3f-205ENSMUST00000150787 4760 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
ShhQ62226 AA414768-201ENSMUST00000121924 1257 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Igflr1-202ENSMUST00000172251 1224 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Gm33142-201ENSMUST00000193913 867 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Ssr2-207ENSMUST00000195014 1059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
ShhQ62226 AC130711.1-201ENSMUST00000224277 906 ntAPPRIS P1 BASIC16.18■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Wnt10b-205ENSMUST00000226846 1204 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Odf3b-204ENSMUST00000227834 930 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Zxdc-203ENSMUST00000113539 4864 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Lrp3-201ENSMUST00000118444 3877 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Amfr-201ENSMUST00000053766 3880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Gm17484-201ENSMUST00000167899 2322 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Col9a3-203ENSMUST00000132527 3046 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 33 ms