Protein–RNA interactions for Protein: Q5NCC9

Trim58, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM58, mousemouse

Predictions only

Length 485 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim58Q5NCC9 Ntrk1-201ENSMUST00000029712 2588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Trim58Q5NCC9 D730003I15Rik-202ENSMUST00000194375 1667 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
Trim58Q5NCC9 Zbtb5-204ENSMUST00000180217 4708 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
Trim58Q5NCC9 Kcnab3-201ENSMUST00000018614 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Trim58Q5NCC9 Rbmxl1-202ENSMUST00000211719 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Trim58Q5NCC9 Akt2-205ENSMUST00000108344 4544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Trim58Q5NCC9 Mmp28-204ENSMUST00000119346 1517 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Trim58Q5NCC9 Slc25a31-201ENSMUST00000091184 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Trim58Q5NCC9 Pi4k2b-201ENSMUST00000031081 3139 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Trim58Q5NCC9 Ythdf3-201ENSMUST00000108345 5102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Trim58Q5NCC9 Nfs1-201ENSMUST00000029147 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Trim58Q5NCC9 Spata3-208ENSMUST00000149469 1110 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
Trim58Q5NCC9 Gm37292-201ENSMUST00000192062 758 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
Trim58Q5NCC9 Trmt13-210ENSMUST00000198454 880 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
Trim58Q5NCC9 Gm36736-201ENSMUST00000206060 646 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
Trim58Q5NCC9 Cdk2ap2-201ENSMUST00000025779 1080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Trim58Q5NCC9 Trpc4ap-201ENSMUST00000041059 3204 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Trim58Q5NCC9 Gls-204ENSMUST00000114513 4966 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
Trim58Q5NCC9 Rgmb-201ENSMUST00000170578 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Trim58Q5NCC9 2210016L21Rik-201ENSMUST00000031538 2607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Trim58Q5NCC9 Hoxc9-201ENSMUST00000001706 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Trim58Q5NCC9 F12-201ENSMUST00000021948 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Trim58Q5NCC9 Gm19721-201ENSMUST00000195284 1764 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
Trim58Q5NCC9 Rmnd1-201ENSMUST00000042251 3139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Trim58Q5NCC9 P2ry1-203ENSMUST00000193943 2203 ntAPPRIS P1 BASIC22.11■■□□□ 1.13
Trim58Q5NCC9 Sorcs2-201ENSMUST00000037370 5707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Trim58Q5NCC9 Myb-201ENSMUST00000020158 3074 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Trim58Q5NCC9 Bmi1-201ENSMUST00000028071 3594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Trim58Q5NCC9 9530080O11Rik-201ENSMUST00000137239 1475 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
Trim58Q5NCC9 1600023N17Rik-201ENSMUST00000196242 1007 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
Trim58Q5NCC9 Rabac1-203ENSMUST00000205871 986 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Trim58Q5NCC9 4833428L15Rik-202ENSMUST00000215652 641 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
Trim58Q5NCC9 Kank3-201ENSMUST00000048560 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Trim58Q5NCC9 Fam46a-202ENSMUST00000187711 5648 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Trim58Q5NCC9 Mtss1l-201ENSMUST00000052457 4717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Trim58Q5NCC9 Fiz1-203ENSMUST00000167804 2637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Trim58Q5NCC9 Phldb3-201ENSMUST00000073325 2273 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
Trim58Q5NCC9 Mrpl9-201ENSMUST00000029786 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Trim58Q5NCC9 Cacnb1-204ENSMUST00000107561 1778 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Trim58Q5NCC9 Fam57b-207ENSMUST00000207020 1777 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Trim58Q5NCC9 Senp3-202ENSMUST00000066760 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Trim58Q5NCC9 Cacfd1-205ENSMUST00000114007 2689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Trim58Q5NCC9 H2-K2-201ENSMUST00000174250 1049 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
Trim58Q5NCC9 Antxr1-201ENSMUST00000042025 5253 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Trim58Q5NCC9 Ern1-204ENSMUST00000106801 1957 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Trim58Q5NCC9 Bean1-203ENSMUST00000167633 3275 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
Trim58Q5NCC9 Lrrc73-201ENSMUST00000095262 1384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Trim58Q5NCC9 Rab40c-207ENSMUST00000167626 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Trim58Q5NCC9 Slc25a39-202ENSMUST00000107098 1606 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
Trim58Q5NCC9 Sh3yl1-202ENSMUST00000110880 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Trim58Q5NCC9 2610035D17Rik-201ENSMUST00000127263 1861 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
Trim58Q5NCC9 Tlcd1-204ENSMUST00000127587 1412 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Trim58Q5NCC9 Nrn1-203ENSMUST00000223611 1443 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
Trim58Q5NCC9 6230400D17Rik-202ENSMUST00000224976 1019 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
Trim58Q5NCC9 Gjb3-201ENSMUST00000046532 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Trim58Q5NCC9 Sobp-201ENSMUST00000040275 4980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Trim58Q5NCC9 Gprc5c-203ENSMUST00000122967 1709 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
Trim58Q5NCC9 Gbe1-206ENSMUST00000170464 2736 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
Trim58Q5NCC9 Aig1-205ENSMUST00000162610 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
Trim58Q5NCC9 Synm-205ENSMUST00000208815 2697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
Trim58Q5NCC9 Trabd-201ENSMUST00000081702 2439 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
Trim58Q5NCC9 Zc3h14-203ENSMUST00000110104 3146 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
Trim58Q5NCC9 Ccdc58-202ENSMUST00000163352 970 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
Trim58Q5NCC9 Ccdc58-203ENSMUST00000164916 1096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
Trim58Q5NCC9 4930467K11Rik-201ENSMUST00000180831 723 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
Trim58Q5NCC9 Nadk2-202ENSMUST00000100789 3578 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
Trim58Q5NCC9 Dnm1-216ENSMUST00000201494 2732 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
Trim58Q5NCC9 6430573F11Rik-202ENSMUST00000135373 2573 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
Trim58Q5NCC9 Dcaf12l2-201ENSMUST00000115057 2885 ntAPPRIS P1 BASIC22.08■■□□□ 1.12
Trim58Q5NCC9 Tubb4b-ps1-201ENSMUST00000179460 1336 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
Trim58Q5NCC9 Aldh2-202ENSMUST00000129753 1799 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Trim58Q5NCC9 Lrriq4-203ENSMUST00000172350 1797 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
Trim58Q5NCC9 Snrnp48-201ENSMUST00000091641 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Trim58Q5NCC9 Tia1-203ENSMUST00000095754 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
Trim58Q5NCC9 Rasl10b-204ENSMUST00000175848 3249 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Trim58Q5NCC9 Negr1-203ENSMUST00000106065 1953 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Trim58Q5NCC9 Ilk-212ENSMUST00000163389 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Trim58Q5NCC9 Plxdc1-202ENSMUST00000107564 619 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
Trim58Q5NCC9 Ctnnal1-202ENSMUST00000107612 850 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
Trim58Q5NCC9 Bex3-202ENSMUST00000113112 826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Trim58Q5NCC9 1700101I19Rik-202ENSMUST00000186712 510 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
Trim58Q5NCC9 Gm44878-201ENSMUST00000205812 1295 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
Trim58Q5NCC9 Slc23a4-205ENSMUST00000201355 2003 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
Trim58Q5NCC9 Ppp1r1b-201ENSMUST00000078694 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Trim58Q5NCC9 Grk6-201ENSMUST00000001115 2994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Trim58Q5NCC9 Slc26a10-205ENSMUST00000222911 3067 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
Trim58Q5NCC9 Raver2-201ENSMUST00000038463 4045 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Trim58Q5NCC9 Smpdl3b-201ENSMUST00000030709 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Trim58Q5NCC9 Ankra2-203ENSMUST00000123924 2328 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Trim58Q5NCC9 Josd2-204ENSMUST00000118628 864 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
Trim58Q5NCC9 Arl6ip4-202ENSMUST00000122394 982 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
Trim58Q5NCC9 Arpc4-202ENSMUST00000171058 695 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
Trim58Q5NCC9 CT025689.6-201ENSMUST00000224991 1104 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
Trim58Q5NCC9 AC135637.1-201ENSMUST00000227750 365 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
Trim58Q5NCC9 Josd2-201ENSMUST00000035844 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Trim58Q5NCC9 Cebpg-201ENSMUST00000070191 914 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
Trim58Q5NCC9 Zbtb7a-201ENSMUST00000048128 5938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Trim58Q5NCC9 Atxn7l2-204ENSMUST00000119650 2274 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
Trim58Q5NCC9 Atp1b1-201ENSMUST00000027863 2580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Trim58Q5NCC9 Stk3-201ENSMUST00000018476 2914 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 24.1 ms