Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Gm18958-201ENSMUST00000174258 762 ntBASIC28.54■■■□□ 2.16
Ccdc88bQ4QRL3 Ephx4-201ENSMUST00000049146 1279 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.54■■■□□ 2.16
Ccdc88bQ4QRL3 Gpc6-204ENSMUST00000125435 2423 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
Ccdc88bQ4QRL3 Znhit6-201ENSMUST00000098534 2339 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
Ccdc88bQ4QRL3 Ngrn-201ENSMUST00000117989 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem263-201ENSMUST00000095383 3616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
Ccdc88bQ4QRL3 Lrp8-204ENSMUST00000106733 3332 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.54■■■□□ 2.16
Ccdc88bQ4QRL3 Crim1-201ENSMUST00000112498 5995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
Ccdc88bQ4QRL3 Echdc2-203ENSMUST00000116307 893 ntTSL 5 BASIC28.53■■■□□ 2.16
Ccdc88bQ4QRL3 Snhg10-202ENSMUST00000222812 527 ntTSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
Ccdc88bQ4QRL3 Ube2t-201ENSMUST00000027687 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
Ccdc88bQ4QRL3 Irak1bp1-201ENSMUST00000034783 1159 ntTSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
Ccdc88bQ4QRL3 Nectin3-201ENSMUST00000023334 3062 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
Ccdc88bQ4QRL3 Adgrv1-207ENSMUST00000128585 2580 ntTSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
Ccdc88bQ4QRL3 Gm16897-201ENSMUST00000180780 2492 ntTSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
Ccdc88bQ4QRL3 Adpgk-205ENSMUST00000217570 2484 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
Ccdc88bQ4QRL3 Hes6-201ENSMUST00000086851 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
Ccdc88bQ4QRL3 AC125311.2-201ENSMUST00000227477 1940 ntBASIC28.53■■■□□ 2.16
Ccdc88bQ4QRL3 Zbtb4-203ENSMUST00000108640 4067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
Ccdc88bQ4QRL3 2810425M01Rik-201ENSMUST00000180790 1850 ntTSL 5 BASIC28.53■■■□□ 2.16
Ccdc88bQ4QRL3 Psmg4-201ENSMUST00000124996 474 ntTSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
Ccdc88bQ4QRL3 Gm25016-201ENSMUST00000158399 131 ntBASIC28.53■■■□□ 2.16
Ccdc88bQ4QRL3 S100a16-202ENSMUST00000098911 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
Ccdc88bQ4QRL3 Hrk-201ENSMUST00000054836 5382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
Ccdc88bQ4QRL3 Arhgef26-201ENSMUST00000079300 5638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
Ccdc88bQ4QRL3 Cmip-202ENSMUST00000166750 2408 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.52■■■□□ 2.16
Ccdc88bQ4QRL3 Prmt2-202ENSMUST00000099571 2052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
Ccdc88bQ4QRL3 Hikeshi-206ENSMUST00000153470 2224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
Ccdc88bQ4QRL3 Plin5-202ENSMUST00000113072 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
Ccdc88bQ4QRL3 Foxc1-201ENSMUST00000062292 5844 ntAPPRIS P1 BASIC28.52■■■□□ 2.16
Ccdc88bQ4QRL3 Eml4-202ENSMUST00000096766 5445 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
Ccdc88bQ4QRL3 Zdhhc16-201ENSMUST00000026154 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
Ccdc88bQ4QRL3 Hoxa10-201ENSMUST00000121043 1436 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.52■■■□□ 2.16
Ccdc88bQ4QRL3 Ccdc91-201ENSMUST00000032441 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
Ccdc88bQ4QRL3 Vhl-201ENSMUST00000035673 2792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
Ccdc88bQ4QRL3 Rsph6a-201ENSMUST00000035521 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
Ccdc88bQ4QRL3 Urah-202ENSMUST00000106050 719 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.51■■■□□ 2.15
Ccdc88bQ4QRL3 Pgam1-ps2-201ENSMUST00000117129 765 ntBASIC28.51■■■□□ 2.15
Ccdc88bQ4QRL3 Ndufb8-201ENSMUST00000026222 680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
Ccdc88bQ4QRL3 Tial1-201ENSMUST00000033135 1580 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
Ccdc88bQ4QRL3 Atg101-201ENSMUST00000048393 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
Ccdc88bQ4QRL3 Olfr315-201ENSMUST00000081533 998 ntAPPRIS P1 BASIC28.51■■■□□ 2.15
Ccdc88bQ4QRL3 Igsf23-201ENSMUST00000043440 1908 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
Ccdc88bQ4QRL3 Ano10-206ENSMUST00000216670 2108 ntTSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
Ccdc88bQ4QRL3 Eno1-202ENSMUST00000080926 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
Ccdc88bQ4QRL3 Suz12-206ENSMUST00000163272 4303 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.5■■■□□ 2.15
Ccdc88bQ4QRL3 Crct1-202ENSMUST00000107301 460 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.5■■■□□ 2.15
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26039-201ENSMUST00000158152 144 ntBASIC28.5■■■□□ 2.15
Ccdc88bQ4QRL3 Gm37722-201ENSMUST00000193757 208 ntBASIC28.5■■■□□ 2.15
Ccdc88bQ4QRL3 Pdrg1-201ENSMUST00000028972 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
Ccdc88bQ4QRL3 Spout1-201ENSMUST00000100220 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
Ccdc88bQ4QRL3 P2ry2-204ENSMUST00000207916 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
Ccdc88bQ4QRL3 Ubald1-201ENSMUST00000037843 1851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
Ccdc88bQ4QRL3 Rtkn-201ENSMUST00000065512 2191 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
Ccdc88bQ4QRL3 Trim45-202ENSMUST00000094048 1815 ntTSL 5 BASIC28.49■■■□□ 2.15
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem35b-201ENSMUST00000094712 1120 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
Ccdc88bQ4QRL3 Ddhd2-206ENSMUST00000211688 2265 ntTSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
Ccdc88bQ4QRL3 Psmd8-203ENSMUST00000186182 1512 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
Ccdc88bQ4QRL3 Tyk2-205ENSMUST00000214864 1662 ntTSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
Ccdc88bQ4QRL3 Larp6-201ENSMUST00000038407 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
Ccdc88bQ4QRL3 Tfpt-202ENSMUST00000108641 1166 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
Ccdc88bQ4QRL3 Sap18-202ENSMUST00000111268 662 ntTSL 2 BASIC28.48■■■□□ 2.15
Ccdc88bQ4QRL3 Smim3-201ENSMUST00000042710 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
Ccdc88bQ4QRL3 Fam193b-201ENSMUST00000021957 4341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
Ccdc88bQ4QRL3 Smurf2-202ENSMUST00000103067 5290 ntTSL 5 BASIC28.48■■■□□ 2.15
Ccdc88bQ4QRL3 Ubtf-213ENSMUST00000178839 4580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
Ccdc88bQ4QRL3 Zdhhc6-207ENSMUST00000224897 2168 ntAPPRIS P1 BASIC28.48■■■□□ 2.15
Ccdc88bQ4QRL3 Podxl2-201ENSMUST00000038409 1994 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
Ccdc88bQ4QRL3 Gm14859-201ENSMUST00000117752 357 ntBASIC28.47■■■□□ 2.15
Ccdc88bQ4QRL3 Gm7461-201ENSMUST00000058918 827 ntBASIC28.47■■■□□ 2.15
Ccdc88bQ4QRL3 4933402J07Rik-201ENSMUST00000093342 1304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
Ccdc88bQ4QRL3 Cdk10-201ENSMUST00000036880 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
Ccdc88bQ4QRL3 Fnbp1-205ENSMUST00000113552 1910 ntTSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
Ccdc88bQ4QRL3 Mid1-203ENSMUST00000079443 2815 ntTSL 5 BASIC28.47■■■□□ 2.15
Ccdc88bQ4QRL3 Lemd3-202ENSMUST00000119944 4743 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
Ccdc88bQ4QRL3 Nr1h2-213ENSMUST00000167197 1944 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.47■■■□□ 2.15
Ccdc88bQ4QRL3 Dtnbp1-203ENSMUST00000220555 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.47■■■□□ 2.15
Ccdc88bQ4QRL3 Gm11355-201ENSMUST00000121120 306 ntBASIC28.46■■■□□ 2.15
Ccdc88bQ4QRL3 Gm27704-201ENSMUST00000185094 107 ntBASIC28.46■■■□□ 2.15
Ccdc88bQ4QRL3 Frmd3-202ENSMUST00000098006 2205 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp523-202ENSMUST00000073534 2654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.46■■■□□ 2.15
Ccdc88bQ4QRL3 Anapc5-208ENSMUST00000197719 2383 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
Ccdc88bQ4QRL3 Sirt7-202ENSMUST00000106183 427 ntTSL 3 BASIC28.46■■■□□ 2.15
Ccdc88bQ4QRL3 Ndufaf8-201ENSMUST00000106223 781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
Ccdc88bQ4QRL3 Gm16295-201ENSMUST00000139512 643 ntTSL 3 BASIC28.46■■■□□ 2.15
Ccdc88bQ4QRL3 Ndufab1-ps-201ENSMUST00000166096 468 ntBASIC28.46■■■□□ 2.15
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp524-203ENSMUST00000209030 1128 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.46■■■□□ 2.15
Ccdc88bQ4QRL3 Cldn22-201ENSMUST00000038693 995 ntAPPRIS P1 BASIC28.46■■■□□ 2.15
Ccdc88bQ4QRL3 Rmnd5a-201ENSMUST00000002292 6165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
Ccdc88bQ4QRL3 Dexi-203ENSMUST00000184863 2537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.45■■■□□ 2.15
Ccdc88bQ4QRL3 2810408A11Rik-204ENSMUST00000108621 1455 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.45■■■□□ 2.15
Ccdc88bQ4QRL3 Gpd1-203ENSMUST00000162194 1515 ntTSL 5 BASIC28.45■■■□□ 2.15
Ccdc88bQ4QRL3 Wnt10b-207ENSMUST00000228594 1510 ntAPPRIS P1 BASIC28.45■■■□□ 2.15
Ccdc88bQ4QRL3 Ccdc105-201ENSMUST00000105383 1714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
Ccdc88bQ4QRL3 Ppp1r2-202ENSMUST00000115233 958 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
Ccdc88bQ4QRL3 Gm11950-201ENSMUST00000121615 838 ntBASIC28.45■■■□□ 2.14
Ccdc88bQ4QRL3 Psme2-208ENSMUST00000161807 962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
Ccdc88bQ4QRL3 Mocs1-202ENSMUST00000165390 729 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
Ccdc88bQ4QRL3 Gm27000-201ENSMUST00000182943 842 ntBASIC28.45■■■□□ 2.14
Ccdc88bQ4QRL3 C530025M09Rik-201ENSMUST00000099264 690 ntAPPRIS P1 BASIC28.45■■■□□ 2.14
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 19.5 ms