Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Echs1-201ENSMUST00000026538 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Slc25a10-201ENSMUST00000026899 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Pip5k1c-202ENSMUST00000105327 2551 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Ltbp4-205ENSMUST00000121175 5118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Impdh2-201ENSMUST00000081111 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Zfp697-201ENSMUST00000056096 5166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Fcmr-201ENSMUST00000038829 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Rab3d-202ENSMUST00000119055 694 ntTSL 3 BASIC19.26■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Cdc34-202ENSMUST00000166603 1078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Il17b-201ENSMUST00000025471 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Ahnak-201ENSMUST00000092955 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Rhbdd3-202ENSMUST00000101610 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Plekhg3-201ENSMUST00000075249 5138 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Acvr1b-201ENSMUST00000000544 4413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Tlcd1-202ENSMUST00000098545 2897 ntTSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Phf14-202ENSMUST00000115510 3353 ntTSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Grk2-202ENSMUST00000088737 3376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Prdm8-201ENSMUST00000112959 4553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Klc3-202ENSMUST00000108457 1632 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Map4k5-203ENSMUST00000110570 4498 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Igsf9b-201ENSMUST00000115247 2857 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Cckbr-201ENSMUST00000033189 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Cyp4f15-204ENSMUST00000168171 2168 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Nnat-202ENSMUST00000109526 1213 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Gm13816-201ENSMUST00000152230 715 ntTSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Hist1h2br-203ENSMUST00000180288 1256 ntTSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 0610025J13Rik-203ENSMUST00000180374 713 ntTSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Gm43514-201ENSMUST00000198852 424 ntBASIC19.25■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Lce1a2-201ENSMUST00000029530 715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 C1qbp-201ENSMUST00000078528 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Hist1h2bq-202ENSMUST00000091749 1254 ntTSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Fam43b-201ENSMUST00000105032 2437 ntAPPRIS P1 BASIC19.25■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Gpr137b-ps-203ENSMUST00000220758 1942 ntTSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Tnfsf13-201ENSMUST00000018896 1407 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Anks6-202ENSMUST00000107747 3980 ntTSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Zfp644-204ENSMUST00000112696 5785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.24■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Gnptg-202ENSMUST00000115154 2249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Mir1668-201ENSMUST00000184114 107 ntBASIC19.24■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Gm32031-203ENSMUST00000208993 649 ntTSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Ndufb8-201ENSMUST00000026222 680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Spata2l-202ENSMUST00000166768 2707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Igsf8-202ENSMUST00000085912 2182 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.24■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Ankle2-202ENSMUST00000086674 5025 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.24■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Slc30a9-204ENSMUST00000162372 5711 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Foxp1-230ENSMUST00000177437 2468 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Rtcb-201ENSMUST00000001834 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Larp1b-202ENSMUST00000048490 2354 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Ankrd17-214ENSMUST00000218526 4938 ntTSL 5 BASIC19.24■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Rnf112-201ENSMUST00000054927 3086 ntTSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Artn-202ENSMUST00000097913 1568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Med14-201ENSMUST00000076016 2561 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Pwwp2b-201ENSMUST00000093993 3057 ntTSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Cnih3-204ENSMUST00000209607 564 ntTSL 5 BASIC19.23■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Nt5c1a-201ENSMUST00000068262 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Cyth2-202ENSMUST00000107729 2519 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Col9a3-203ENSMUST00000132527 3046 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.23■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Hmgxb3-201ENSMUST00000091884 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Gm26694-201ENSMUST00000180868 1902 ntTSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Trim67-201ENSMUST00000041106 5694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Lifr-202ENSMUST00000164529 2844 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Vps9d1-203ENSMUST00000122363 2952 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 4732440D04Rik-203ENSMUST00000191825 5428 ntBASIC19.22■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Gm11748-201ENSMUST00000153825 1498 ntTSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 4930426L09Rik-201ENSMUST00000028069 1459 ntAPPRIS P1 BASIC19.22■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Slc10a4-201ENSMUST00000031127 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 B3gnt2-202ENSMUST00000062844 3057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Wtap-205ENSMUST00000160781 2442 ntTSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Trim58-201ENSMUST00000075084 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Mgme1-203ENSMUST00000110028 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Gm10575-201ENSMUST00000097947 1671 ntTSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Mthfsl-204ENSMUST00000186863 725 ntTSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Gm37805-201ENSMUST00000192612 1094 ntBASIC19.22■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Gm7370-201ENSMUST00000219471 767 ntBASIC19.22■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Mzt1-203ENSMUST00000227948 952 ntBASIC19.22■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Mrpl14-201ENSMUST00000024734 645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Krtcap3-201ENSMUST00000054829 904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Ppp1r3g-203ENSMUST00000225537 2389 ntAPPRIS P1 BASIC19.22■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Sox30-201ENSMUST00000049038 2997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Magi3-203ENSMUST00000122303 3827 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Fam71e1-202ENSMUST00000205359 1307 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Creld1-201ENSMUST00000032422 2306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Lrrc75b-201ENSMUST00000051129 4601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Actr3-201ENSMUST00000027579 2554 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Nudt11-201ENSMUST00000103007 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 1700024G13Rik-201ENSMUST00000100723 850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Trim47-202ENSMUST00000106441 2192 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Nmnat3-202ENSMUST00000112937 1898 ntTSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Rasl2-9-201ENSMUST00000147835 1013 ntAPPRIS P1 BASIC19.21■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Steap1-201ENSMUST00000015796 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Runx2-204ENSMUST00000159943 2316 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Gm27357-201ENSMUST00000183754 135 ntBASIC19.21■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Shisa5-218ENSMUST00000200515 1005 ntTSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Gm4974-201ENSMUST00000209974 875 ntBASIC19.21■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Sae1-203ENSMUST00000210999 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Cdh4-201ENSMUST00000000314 6388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Tspan5-201ENSMUST00000029800 6653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Sema3c-201ENSMUST00000030568 5491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Car2-201ENSMUST00000029078 1788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Gpr162-204ENSMUST00000204667 2855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
Col6a1Q04857 Tfeb-203ENSMUST00000113284 1974 ntTSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 33.3 ms