Protein–RNA interactions for Protein: Q9D6Y1

Ccdc3, Coiled-coil domain-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 273 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc3Q9D6Y1 Mtcp1-201ENSMUST00000033542 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Klf3-201ENSMUST00000165536 5221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Nr1d2-201ENSMUST00000090543 4663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Ppfia1-201ENSMUST00000168134 5181 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Etv5-201ENSMUST00000079601 3975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Uhmk1-202ENSMUST00000123399 7775 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Cdkl3-207ENSMUST00000109080 2749 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Epo-203ENSMUST00000111039 706 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Josd2-203ENSMUST00000118493 922 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 A730015C16Rik-201ENSMUST00000164855 1221 ntAPPRIS P1 BASIC17.09■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Gm45618-201ENSMUST00000209890 660 ntAPPRIS P1 BASIC17.09■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Metrn-201ENSMUST00000002344 987 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Npw-201ENSMUST00000095544 638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Fndc11-201ENSMUST00000050026 1387 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Faap20-201ENSMUST00000097747 1479 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Tgds-204ENSMUST00000228543 1594 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Hist1h2bh-201ENSMUST00000224359 1679 ntAPPRIS P1 BASIC17.09■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Schip1-203ENSMUST00000170788 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Egln2-202ENSMUST00000108382 1756 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Bin2-204ENSMUST00000182775 1908 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Rtcb-201ENSMUST00000001834 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Podxl2-202ENSMUST00000061262 2195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Brms1l-201ENSMUST00000059250 2609 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Cntln-201ENSMUST00000047023 5528 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Scrib-202ENSMUST00000063747 5440 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Gm42939-201ENSMUST00000197514 2205 ntBASIC17.08■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Nr1h2-202ENSMUST00000107910 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Aatk-203ENSMUST00000103020 5687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 P2rx2-201ENSMUST00000058016 1895 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Hapln2-201ENSMUST00000005014 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
Ccdc3Q9D6Y1 Slc35g2-201ENSMUST00000093792 1590 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
Ccdc3Q9D6Y1 Rilp-201ENSMUST00000042972 1489 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
Ccdc3Q9D6Y1 Alg5-201ENSMUST00000044567 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
Ccdc3Q9D6Y1 Ramp2-202ENSMUST00000122006 899 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
Ccdc3Q9D6Y1 Impa1-204ENSMUST00000191670 1100 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
Ccdc3Q9D6Y1 Gm42477-201ENSMUST00000202427 469 ntTSL 3 BASIC17.08■□□□□ 0.32
Ccdc3Q9D6Y1 Uqcr11-201ENSMUST00000020372 445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
Ccdc3Q9D6Y1 Lsm1-203ENSMUST00000211168 343 ntTSL 3 BASIC17.08■□□□□ 0.32
Ccdc3Q9D6Y1 AC166341.7-201ENSMUST00000221698 126 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
Ccdc3Q9D6Y1 St3gal2-201ENSMUST00000034197 4396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
Ccdc3Q9D6Y1 Fam43b-201ENSMUST00000105032 2437 ntAPPRIS P1 BASIC17.08■□□□□ 0.32
Ccdc3Q9D6Y1 Anapc5-218ENSMUST00000200645 2404 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
Ccdc3Q9D6Y1 Ctbp2-201ENSMUST00000033269 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
Ccdc3Q9D6Y1 Fam107a-202ENSMUST00000120411 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
Ccdc3Q9D6Y1 Slc29a1-201ENSMUST00000051574 1996 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
Ccdc3Q9D6Y1 Hdgfl3-201ENSMUST00000026094 2865 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
Ccdc3Q9D6Y1 Cyp26c1-201ENSMUST00000073391 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
Ccdc3Q9D6Y1 Atp9a-211ENSMUST00000178504 3668 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
Ccdc3Q9D6Y1 Tlcd1-204ENSMUST00000127587 1412 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
Ccdc3Q9D6Y1 Gm21949-201ENSMUST00000182006 2369 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
Ccdc3Q9D6Y1 Dbndd2-201ENSMUST00000017878 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
Ccdc3Q9D6Y1 Stac2-201ENSMUST00000017544 3050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
Ccdc3Q9D6Y1 Gclm-201ENSMUST00000029769 5589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
Ccdc3Q9D6Y1 Zdhhc12-202ENSMUST00000102865 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
Ccdc3Q9D6Y1 Prickle4-201ENSMUST00000113299 990 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
Ccdc3Q9D6Y1 Prickle4-202ENSMUST00000113300 1110 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
Ccdc3Q9D6Y1 Phgr1-202ENSMUST00000130293 542 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem14c-201ENSMUST00000021790 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
Ccdc3Q9D6Y1 Ppic-201ENSMUST00000025419 1286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
Ccdc3Q9D6Y1 Gnb5-201ENSMUST00000076889 1188 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
Ccdc3Q9D6Y1 Srsf11-202ENSMUST00000072875 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
Ccdc3Q9D6Y1 Mtx1-201ENSMUST00000073572 1617 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
Ccdc3Q9D6Y1 Eri1-201ENSMUST00000033927 5079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
Ccdc3Q9D6Y1 4930540M05Rik-201ENSMUST00000180527 2068 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
Ccdc3Q9D6Y1 Mag-207ENSMUST00000191081 2007 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
Ccdc3Q9D6Y1 Pick1-201ENSMUST00000018295 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
Ccdc3Q9D6Y1 Shroom3-211ENSMUST00000225438 5742 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
Ccdc3Q9D6Y1 Akt2-205ENSMUST00000108344 4544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
Ccdc3Q9D6Y1 Ikzf5-203ENSMUST00000128432 714 ntTSL 3 BASIC17.06■□□□□ 0.32
Ccdc3Q9D6Y1 Pantr1-210ENSMUST00000185599 343 ntTSL 3 BASIC17.06■□□□□ 0.32
Ccdc3Q9D6Y1 Tha1-201ENSMUST00000033230 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
Ccdc3Q9D6Y1 Ube2cbp-201ENSMUST00000034986 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
Ccdc3Q9D6Y1 Fst-202ENSMUST00000223640 2612 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
Ccdc3Q9D6Y1 Tfap4-201ENSMUST00000005862 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
Ccdc3Q9D6Y1 H2-DMa-201ENSMUST00000042121 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
Ccdc3Q9D6Y1 Fam222a-201ENSMUST00000043650 2930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
Ccdc3Q9D6Y1 Abcd4-210ENSMUST00000223107 2410 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
Ccdc3Q9D6Y1 Sprtn-201ENSMUST00000034467 4464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
Ccdc3Q9D6Y1 Rhbdd3-202ENSMUST00000101610 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
Ccdc3Q9D6Y1 Mrpl15-203ENSMUST00000130201 1894 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
Ccdc3Q9D6Y1 Gm45141-201ENSMUST00000206502 1888 ntBASIC17.05■□□□□ 0.32
Ccdc3Q9D6Y1 Akain1-201ENSMUST00000169935 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
Ccdc3Q9D6Y1 Pcbp1-201ENSMUST00000053015 1830 ntAPPRIS P1 BASIC17.05■□□□□ 0.32
Ccdc3Q9D6Y1 Rasgrp2-224ENSMUST00000167240 2192 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.05■□□□□ 0.32
Ccdc3Q9D6Y1 U2af2-201ENSMUST00000005041 2183 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
Ccdc3Q9D6Y1 Pdia6-201ENSMUST00000057288 2175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
Ccdc3Q9D6Y1 Gm38345-201ENSMUST00000192635 1748 ntBASIC17.05■□□□□ 0.32
Ccdc3Q9D6Y1 Dlk2-202ENSMUST00000166280 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
Ccdc3Q9D6Y1 Trappc3-201ENSMUST00000030660 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
Ccdc3Q9D6Y1 Dbnl-203ENSMUST00000109845 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
Ccdc3Q9D6Y1 Larp1b-202ENSMUST00000048490 2354 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
Ccdc3Q9D6Y1 Ablim1-204ENSMUST00000111524 1251 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
Ccdc3Q9D6Y1 4930405A21Rik-202ENSMUST00000139042 994 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
Ccdc3Q9D6Y1 Gm21362-201ENSMUST00000194272 928 ntBASIC17.05■□□□□ 0.32
Ccdc3Q9D6Y1 Ccnd2-204ENSMUST00000201637 1006 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
Ccdc3Q9D6Y1 AC159205.6-201ENSMUST00000224935 887 ntBASIC17.05■□□□□ 0.32
Ccdc3Q9D6Y1 Tpsg1-201ENSMUST00000024999 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
Ccdc3Q9D6Y1 Atp5l-201ENSMUST00000043675 544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
Ccdc3Q9D6Y1 Pdcd2-201ENSMUST00000054450 1120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
Ccdc3Q9D6Y1 Pfdn4-201ENSMUST00000063682 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 22.4 ms