Protein–RNA interactions for Protein: Q8BY87

Usp47, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 47, mousemouse

Predictions only

Length 1,376 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp47Q8BY87 Gm16861-201ENSMUST00000181498 1647 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
Usp47Q8BY87 Ptges3l-202ENSMUST00000103102 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
Usp47Q8BY87 Fam166b-201ENSMUST00000052829 1349 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
Usp47Q8BY87 Tmem80-202ENSMUST00000126510 959 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
Usp47Q8BY87 Il3ra-202ENSMUST00000223589 738 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
Usp47Q8BY87 AC159205.6-201ENSMUST00000224935 887 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
Usp47Q8BY87 Otud7a-201ENSMUST00000058476 3483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
Usp47Q8BY87 Cmip-202ENSMUST00000166750 2408 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
Usp47Q8BY87 AC125311.2-201ENSMUST00000227477 1940 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
Usp47Q8BY87 Acvr1b-201ENSMUST00000000544 4413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
Usp47Q8BY87 Gas1-201ENSMUST00000065086 2961 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
Usp47Q8BY87 Gprc5c-203ENSMUST00000122967 1709 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
Usp47Q8BY87 BC029722-201ENSMUST00000124586 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
Usp47Q8BY87 Slc25a3-201ENSMUST00000076694 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
Usp47Q8BY87 Plac9a-201ENSMUST00000052286 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
Usp47Q8BY87 Ing4-205ENSMUST00000140131 1446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
Usp47Q8BY87 1810012K08Rik-201ENSMUST00000155199 574 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
Usp47Q8BY87 Camkk2-211ENSMUST00000200109 2751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
Usp47Q8BY87 Vat1-201ENSMUST00000040430 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
Usp47Q8BY87 Podxl2-201ENSMUST00000038409 1994 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
Usp47Q8BY87 Tbx20-202ENSMUST00000166018 1801 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
Usp47Q8BY87 Lmbr1-207ENSMUST00000200564 1598 ntTSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
Usp47Q8BY87 Rrbp1-202ENSMUST00000037875 2701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
Usp47Q8BY87 Cenpb-201ENSMUST00000089510 4886 ntAPPRIS P1 BASIC24.81■■□□□ 1.56
Usp47Q8BY87 Cutc-202ENSMUST00000112047 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
Usp47Q8BY87 Gm3764-209ENSMUST00000181550 1093 ntTSL 3 BASIC24.8■■□□□ 1.56
Usp47Q8BY87 Carmn-201ENSMUST00000181155 1778 ntTSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
Usp47Q8BY87 Snrnp48-201ENSMUST00000091641 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
Usp47Q8BY87 A930029G22Rik-201ENSMUST00000181032 1710 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
Usp47Q8BY87 Fgf22-202ENSMUST00000219228 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
Usp47Q8BY87 Plekha4-206ENSMUST00000211155 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
Usp47Q8BY87 Prss54-205ENSMUST00000213096 1501 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
Usp47Q8BY87 Fam109a-201ENSMUST00000056654 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
Usp47Q8BY87 Pitx2-207ENSMUST00000174661 1942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
Usp47Q8BY87 Zfp746-203ENSMUST00000203609 3648 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
Usp47Q8BY87 Kdelr2-201ENSMUST00000110731 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
Usp47Q8BY87 Pias2-202ENSMUST00000114777 4968 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
Usp47Q8BY87 Diras1-201ENSMUST00000055125 2953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
Usp47Q8BY87 Rtkn-201ENSMUST00000065512 2191 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
Usp47Q8BY87 Gapdh-202ENSMUST00000117757 1273 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
Usp47Q8BY87 Gm14453-201ENSMUST00000139677 553 ntTSL 3 BASIC24.8■■□□□ 1.56
Usp47Q8BY87 Spata25-201ENSMUST00000017911 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
Usp47Q8BY87 Rab28-205ENSMUST00000202913 863 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
Usp47Q8BY87 Chmp2a-203ENSMUST00000210587 930 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.8■■□□□ 1.56
Usp47Q8BY87 Mrpl21-201ENSMUST00000025743 802 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
Usp47Q8BY87 Mff-208ENSMUST00000160786 1645 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
Usp47Q8BY87 Snx16-202ENSMUST00000099223 2512 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
Usp47Q8BY87 Tmem47-203ENSMUST00000171953 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
Usp47Q8BY87 Atp5c1-202ENSMUST00000114896 1735 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
Usp47Q8BY87 Muc2-203ENSMUST00000179227 399 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
Usp47Q8BY87 Cenps-201ENSMUST00000030813 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
Usp47Q8BY87 Agfg2-201ENSMUST00000031736 2893 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
Usp47Q8BY87 Gm45844-202ENSMUST00000209325 2450 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
Usp47Q8BY87 Tmem185a-201ENSMUST00000101506 2429 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
Usp47Q8BY87 Mcu-202ENSMUST00000020312 2872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
Usp47Q8BY87 Gm3488-202ENSMUST00000181562 1945 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
Usp47Q8BY87 Slc30a4-201ENSMUST00000005952 5458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
Usp47Q8BY87 Prss53-202ENSMUST00000205300 1662 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
Usp47Q8BY87 Klhl33-201ENSMUST00000164415 1602 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
Usp47Q8BY87 Cxcl14-201ENSMUST00000021970 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
Usp47Q8BY87 Ciz1-205ENSMUST00000113338 2666 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
Usp47Q8BY87 Schip1-201ENSMUST00000029346 2201 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
Usp47Q8BY87 Tsnax-202ENSMUST00000212603 2169 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
Usp47Q8BY87 Lrp5-202ENSMUST00000176867 2759 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
Usp47Q8BY87 Skap1-203ENSMUST00000100521 1539 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
Usp47Q8BY87 Skap1-204ENSMUST00000103154 1507 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
Usp47Q8BY87 4930503L19Rik-201ENSMUST00000067556 2291 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
Usp47Q8BY87 Lhx6-208ENSMUST00000148852 1481 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
Usp47Q8BY87 Gm18959-201ENSMUST00000208954 655 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
Usp47Q8BY87 Gm7370-201ENSMUST00000219471 767 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
Usp47Q8BY87 Snx12-201ENSMUST00000077876 1002 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
Usp47Q8BY87 Trp73-203ENSMUST00000105643 1916 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
Usp47Q8BY87 Ubp1-201ENSMUST00000009885 3742 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
Usp47Q8BY87 9330111N05Rik-202ENSMUST00000181043 2449 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
Usp47Q8BY87 Tmem198-202ENSMUST00000113575 2185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
Usp47Q8BY87 Sos2-206ENSMUST00000183277 4512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
Usp47Q8BY87 Gm16731-201ENSMUST00000132432 922 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
Usp47Q8BY87 Pih1d2-201ENSMUST00000000171 1256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
Usp47Q8BY87 Gm28876-201ENSMUST00000188137 703 ntTSL 3 BASIC24.76■■□□□ 1.55
Usp47Q8BY87 Shisa7-203ENSMUST00000119433 3481 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
Usp47Q8BY87 Exog-202ENSMUST00000164213 2627 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
Usp47Q8BY87 Mfsd13a-201ENSMUST00000086969 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
Usp47Q8BY87 Pagr1a-202ENSMUST00000200948 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
Usp47Q8BY87 Gm42742-205ENSMUST00000202798 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
Usp47Q8BY87 Snapc3-201ENSMUST00000030206 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
Usp47Q8BY87 Agap2-201ENSMUST00000039259 5633 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
Usp47Q8BY87 Krt13-201ENSMUST00000007275 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
Usp47Q8BY87 Foxf1-201ENSMUST00000181504 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
Usp47Q8BY87 Ralgapa1-204ENSMUST00000219432 6631 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
Usp47Q8BY87 Best2-203ENSMUST00000209421 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
Usp47Q8BY87 Slc9a6-201ENSMUST00000077741 4976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
Usp47Q8BY87 Syt8-202ENSMUST00000105976 1289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
Usp47Q8BY87 Krt15-201ENSMUST00000107411 1700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
Usp47Q8BY87 Ccnd3-ps-201ENSMUST00000117963 881 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
Usp47Q8BY87 Syt8-205ENSMUST00000122393 1291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
Usp47Q8BY87 Gm45058-201ENSMUST00000205810 766 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
Usp47Q8BY87 A730089K16Rik-201ENSMUST00000194526 2427 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
Usp47Q8BY87 Ints6-201ENSMUST00000053959 4993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
Usp47Q8BY87 Bmp6-201ENSMUST00000171970 3593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
Usp47Q8BY87 Ccdc105-201ENSMUST00000105383 1714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 18.5 ms