Protein–RNA interactions for Protein: P39428

Traf1, TNF receptor-associated factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 409 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Traf1P39428 Pacs2-207ENSMUST00000223502 3223 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
Traf1P39428 Tspan5-201ENSMUST00000029800 6653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
Traf1P39428 4930540M05Rik-201ENSMUST00000180527 2068 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
Traf1P39428 Lrrc57-204ENSMUST00000102499 1961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
Traf1P39428 Hmg20b-201ENSMUST00000020454 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
Traf1P39428 A930024E05Rik-201ENSMUST00000148466 1896 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
Traf1P39428 Rnaseh2a-202ENSMUST00000109736 2981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
Traf1P39428 Anapc13-203ENSMUST00000188398 727 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
Traf1P39428 Gm32151-201ENSMUST00000223521 915 ntTSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
Traf1P39428 Scaf8-201ENSMUST00000076734 4869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
Traf1P39428 E030042O20Rik-201ENSMUST00000135244 1427 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
Traf1P39428 Lzic-201ENSMUST00000030842 1817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
Traf1P39428 Farsa-201ENSMUST00000003906 1826 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
Traf1P39428 Fbxl15-201ENSMUST00000026256 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
Traf1P39428 Trappc3-201ENSMUST00000030660 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
Traf1P39428 Mag-207ENSMUST00000191081 2007 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
Traf1P39428 Chst3-202ENSMUST00000135158 6108 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
Traf1P39428 Prickle4-201ENSMUST00000113299 990 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
Traf1P39428 Prickle4-202ENSMUST00000113300 1110 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
Traf1P39428 Tpsg1-202ENSMUST00000160377 1040 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
Traf1P39428 Ddah2-204ENSMUST00000174493 1254 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
Traf1P39428 Aldoa-ps3-201ENSMUST00000217558 306 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
Traf1P39428 AC124601.2-201ENSMUST00000222888 759 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
Traf1P39428 Fitm1-201ENSMUST00000022826 971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
Traf1P39428 Flywch2-201ENSMUST00000024704 694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
Traf1P39428 Rprml-201ENSMUST00000057870 1010 ntAPPRIS P1 BASIC20.24■□□□□ 0.83
Traf1P39428 Atp2c1-204ENSMUST00000112558 5642 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
Traf1P39428 1600012H06Rik-202ENSMUST00000164837 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
Traf1P39428 1600012H06Rik-201ENSMUST00000052691 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
Traf1P39428 Insm1-201ENSMUST00000089257 3100 ntAPPRIS P1 BASIC20.24■□□□□ 0.83
Traf1P39428 Hoxa1-202ENSMUST00000120363 2043 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
Traf1P39428 Coq5-201ENSMUST00000040421 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
Traf1P39428 Polr3h-201ENSMUST00000023113 2514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
Traf1P39428 Krt86-201ENSMUST00000088049 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
Traf1P39428 Slc2a8-204ENSMUST00000153484 1168 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
Traf1P39428 Gm17182-201ENSMUST00000163795 860 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
Traf1P39428 G730003C15Rik-202ENSMUST00000189096 2309 ntBASIC20.23■□□□□ 0.83
Traf1P39428 Casp3-203ENSMUST00000210534 583 ntTSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
Traf1P39428 Gm11273-201ENSMUST00000044043 390 ntAPPRIS P1 BASIC20.23■□□□□ 0.83
Traf1P39428 Myoz1-201ENSMUST00000090469 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
Traf1P39428 Rnf112-203ENSMUST00000102661 3118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
Traf1P39428 Gata5os-201ENSMUST00000069943 1678 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
Traf1P39428 Sqstm1-201ENSMUST00000015981 2673 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
Traf1P39428 Slain2-202ENSMUST00000144843 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
Traf1P39428 2900052L18Rik-201ENSMUST00000139014 1588 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
Traf1P39428 Ccnd3-215ENSMUST00000183044 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
Traf1P39428 Ism1-201ENSMUST00000099307 2944 ntTSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
Traf1P39428 Mpst-201ENSMUST00000043865 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
Traf1P39428 Dus1l-202ENSMUST00000106133 1762 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
Traf1P39428 Lamtor5-202ENSMUST00000199317 743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
Traf1P39428 Dcxr-201ENSMUST00000026144 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
Traf1P39428 Pfdn4-201ENSMUST00000063682 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
Traf1P39428 Abhd11-206ENSMUST00000154469 1473 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
Traf1P39428 Ispd-207ENSMUST00000223205 2361 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
Traf1P39428 Tmem196-201ENSMUST00000058644 1678 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
Traf1P39428 Zswim8-208ENSMUST00000224751 5951 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
Traf1P39428 Plekhf2-201ENSMUST00000054776 2977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
Traf1P39428 Gm37811-201ENSMUST00000192416 2601 ntBASIC20.22■□□□□ 0.83
Traf1P39428 Tle4-202ENSMUST00000167776 4545 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
Traf1P39428 Htr6-202ENSMUST00000105802 2341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
Traf1P39428 Acp5-204ENSMUST00000213815 1419 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
Traf1P39428 Acp5-206ENSMUST00000217643 1447 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
Traf1P39428 Gm43042-201ENSMUST00000198676 1820 ntTSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
Traf1P39428 Syt8-202ENSMUST00000105976 1289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
Traf1P39428 Gapdh-202ENSMUST00000117757 1273 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
Traf1P39428 Ccnd3-ps-201ENSMUST00000117963 881 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
Traf1P39428 Syt8-205ENSMUST00000122393 1291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
Traf1P39428 Gm3764-209ENSMUST00000181550 1093 ntTSL 3 BASIC20.21■□□□□ 0.83
Traf1P39428 Gm7889-201ENSMUST00000185591 958 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
Traf1P39428 2810004N23Rik-201ENSMUST00000034465 2340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
Traf1P39428 Caskin1-201ENSMUST00000024958 6172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
Traf1P39428 Krt19-201ENSMUST00000007317 1576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
Traf1P39428 Ino80e-202ENSMUST00000106342 1840 ntTSL 3 BASIC20.2■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Agbl4-205ENSMUST00000106591 1406 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Rbm11-202ENSMUST00000114249 2750 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Snx21-201ENSMUST00000056181 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Itm2c-203ENSMUST00000185569 1465 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Gm16731-201ENSMUST00000132432 922 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
Traf1P39428 4930405A21Rik-202ENSMUST00000139042 994 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Rps2-ps2-201ENSMUST00000194305 881 ntBASIC20.2■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Chmp2a-203ENSMUST00000210587 930 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.2■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Banf1-201ENSMUST00000025762 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Vps37d-202ENSMUST00000076203 1286 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Snx12-201ENSMUST00000077876 1002 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Fcgrt-201ENSMUST00000003512 1770 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
Traf1P39428 U2af2-202ENSMUST00000165399 1810 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Vsig10-201ENSMUST00000086464 2052 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Trnt1-202ENSMUST00000113247 1934 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Lrrc27-202ENSMUST00000106104 1692 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Sema3c-201ENSMUST00000030568 5491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Khdrbs2-201ENSMUST00000027226 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Nrxn2-204ENSMUST00000113461 5505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Ablim1-204ENSMUST00000111524 1251 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
Traf1P39428 D330023K18Rik-201ENSMUST00000133550 920 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Gm18959-201ENSMUST00000208954 655 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Slc25a31-201ENSMUST00000091184 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Trim63-202ENSMUST00000105875 1886 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Myo1b-203ENSMUST00000114537 4618 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Ssu72-201ENSMUST00000030905 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Ahr-202ENSMUST00000116436 5548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 35.4 ms