Protein–RNA interactions for Protein: Q9ER60

Scn4a, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, mousemouse

Predictions only

Length 1,841 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Scn4aQ9ER60 Bag5-201ENSMUST00000054636 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Scn4aQ9ER60 Methig1-201ENSMUST00000075675 1029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Scn4aQ9ER60 Immp2l-201ENSMUST00000080160 239 ntTSL 3 BASIC24.29■■□□□ 1.48
Scn4aQ9ER60 A130006I12Rik-201ENSMUST00000091396 408 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
Scn4aQ9ER60 Egfl8-202ENSMUST00000097345 1064 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Scn4aQ9ER60 Arfip1-202ENSMUST00000107687 1714 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
Scn4aQ9ER60 AC154855.1-201ENSMUST00000227353 1458 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
Scn4aQ9ER60 Syt5-201ENSMUST00000065957 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Scn4aQ9ER60 Mfsd4b2-201ENSMUST00000045526 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Scn4aQ9ER60 AC154527.4-201ENSMUST00000224364 1667 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
Scn4aQ9ER60 Evx1-202ENSMUST00000129243 1034 ntTSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
Scn4aQ9ER60 Haghl-211ENSMUST00000150324 1267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Scn4aQ9ER60 Fbxo6-208ENSMUST00000168503 1240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
Scn4aQ9ER60 Gm27867-201ENSMUST00000184778 125 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
Scn4aQ9ER60 Gm29791-202ENSMUST00000207888 369 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
Scn4aQ9ER60 Magohb-201ENSMUST00000032307 767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Scn4aQ9ER60 Rraga-201ENSMUST00000091064 1618 ntAPPRIS P1 BASIC24.28■■□□□ 1.48
Scn4aQ9ER60 Il11ra1-202ENSMUST00000108040 1837 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
Scn4aQ9ER60 Gm5414-201ENSMUST00000062879 1659 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
Scn4aQ9ER60 Gm15853-202ENSMUST00000195518 2041 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
Scn4aQ9ER60 Mal2-201ENSMUST00000025356 2950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Scn4aQ9ER60 Lrrc3c-201ENSMUST00000142268 902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
Scn4aQ9ER60 AC160338.1-201ENSMUST00000214232 705 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
Scn4aQ9ER60 Gm26627-201ENSMUST00000181540 1487 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Scn4aQ9ER60 Krt1-201ENSMUST00000023790 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Scn4aQ9ER60 Atp5c1-202ENSMUST00000114896 1735 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Scn4aQ9ER60 Tmsb4x-201ENSMUST00000112172 768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
Scn4aQ9ER60 Gm16845-202ENSMUST00000216270 567 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
Scn4aQ9ER60 AC133183.1-201ENSMUST00000221229 429 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
Scn4aQ9ER60 Mrpl17-201ENSMUST00000033170 1028 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
Scn4aQ9ER60 Hist1h1a-201ENSMUST00000055770 741 ntAPPRIS P1 BASIC24.27■■□□□ 1.48
Scn4aQ9ER60 Ndufb6-201ENSMUST00000095128 659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
Scn4aQ9ER60 Trmt61a-202ENSMUST00000168338 2131 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
Scn4aQ9ER60 B3gat2-203ENSMUST00000144602 1488 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
Scn4aQ9ER60 Gm34030-202ENSMUST00000211434 1126 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
Scn4aQ9ER60 Zfp810-203ENSMUST00000215202 822 ntTSL 3 BASIC24.26■■□□□ 1.47
Scn4aQ9ER60 Mcmbp-202ENSMUST00000119081 2347 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
Scn4aQ9ER60 4933433G15Rik-201ENSMUST00000180533 1481 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
Scn4aQ9ER60 Klk6-202ENSMUST00000107967 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
Scn4aQ9ER60 Gm19345-201ENSMUST00000172815 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
Scn4aQ9ER60 Hsd3b2-203ENSMUST00000177651 1122 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
Scn4aQ9ER60 Tm4sf5-201ENSMUST00000019063 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
Scn4aQ9ER60 Sstr1-201ENSMUST00000044299 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
Scn4aQ9ER60 Rragc-201ENSMUST00000030399 2593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
Scn4aQ9ER60 Fam60a-202ENSMUST00000081956 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
Scn4aQ9ER60 Sox18-201ENSMUST00000054491 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
Scn4aQ9ER60 AC108846.1-201ENSMUST00000214531 513 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
Scn4aQ9ER60 Gm40849-201ENSMUST00000222330 603 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
Scn4aQ9ER60 Cldn22-201ENSMUST00000038693 995 ntAPPRIS P1 BASIC24.25■■□□□ 1.47
Scn4aQ9ER60 Zkscan3-202ENSMUST00000116433 1421 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
Scn4aQ9ER60 Prss54-205ENSMUST00000213096 1501 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
Scn4aQ9ER60 Pih1d1-206ENSMUST00000210139 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Scn4aQ9ER60 AC164441.1-201ENSMUST00000221369 1004 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
Scn4aQ9ER60 Elp6-205ENSMUST00000199592 1304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Scn4aQ9ER60 Dlg1-203ENSMUST00000100001 4711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
Scn4aQ9ER60 Trim3-202ENSMUST00000106789 2841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Scn4aQ9ER60 H2-DMb1-201ENSMUST00000114232 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Scn4aQ9ER60 H2-DMa-201ENSMUST00000042121 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Scn4aQ9ER60 Mapk1-201ENSMUST00000023462 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Scn4aQ9ER60 St3gal3-201ENSMUST00000030263 2549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Scn4aQ9ER60 Asph-217ENSMUST00000146441 2576 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Scn4aQ9ER60 Ascl4-202ENSMUST00000170396 2016 ntAPPRIS P1 BASIC24.24■■□□□ 1.47
Scn4aQ9ER60 Gm13524-201ENSMUST00000125869 662 ntTSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
Scn4aQ9ER60 Gm13830-205ENSMUST00000201195 1155 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
Scn4aQ9ER60 Gm14221-202ENSMUST00000209603 1437 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
Scn4aQ9ER60 Gm20634-201ENSMUST00000090779 2956 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
Scn4aQ9ER60 Gm26634-201ENSMUST00000181146 1511 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
Scn4aQ9ER60 Aamp-201ENSMUST00000006462 1817 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Scn4aQ9ER60 Chtop-202ENSMUST00000049937 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Scn4aQ9ER60 Rnpep-201ENSMUST00000074357 2171 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Scn4aQ9ER60 Tcerg1l-201ENSMUST00000160436 2565 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
Scn4aQ9ER60 Ndufs7-202ENSMUST00000105364 983 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
Scn4aQ9ER60 Cdkl3-206ENSMUST00000109079 2051 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
Scn4aQ9ER60 Cdkl3-208ENSMUST00000109081 2063 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
Scn4aQ9ER60 Gm14140-201ENSMUST00000119999 995 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
Scn4aQ9ER60 2310001H17Rik-206ENSMUST00000205051 676 ntTSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
Scn4aQ9ER60 AC124603.1-201ENSMUST00000223843 308 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
Scn4aQ9ER60 2010003K11Rik-201ENSMUST00000048482 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Scn4aQ9ER60 Kmt5a-201ENSMUST00000059580 2739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Scn4aQ9ER60 Ptprcap-201ENSMUST00000061086 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Scn4aQ9ER60 Tia1-203ENSMUST00000095754 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
Scn4aQ9ER60 Ghrhr-201ENSMUST00000063578 1550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
Scn4aQ9ER60 Hpcal1-201ENSMUST00000071858 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
Scn4aQ9ER60 Tmem217-201ENSMUST00000114683 904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
Scn4aQ9ER60 Gm11795-201ENSMUST00000127180 396 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
Scn4aQ9ER60 Zfyve21-204ENSMUST00000221375 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
Scn4aQ9ER60 Psmb4-201ENSMUST00000005923 1183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
Scn4aQ9ER60 Grk3-203ENSMUST00000197776 1570 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
Scn4aQ9ER60 4933402J07Rik-201ENSMUST00000093342 1304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
Scn4aQ9ER60 Ap2s1-204ENSMUST00000205607 372 ntTSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
Scn4aQ9ER60 Gm44662-201ENSMUST00000206970 412 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
Scn4aQ9ER60 AC159114.1-201ENSMUST00000220349 266 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
Scn4aQ9ER60 Gm5617-201ENSMUST00000048824 531 ntAPPRIS P1 BASIC24.21■■□□□ 1.47
Scn4aQ9ER60 Ydjc-201ENSMUST00000069064 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Scn4aQ9ER60 Pcgf3-202ENSMUST00000112597 2169 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Scn4aQ9ER60 U2af2-201ENSMUST00000005041 2183 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Scn4aQ9ER60 Gm12359-201ENSMUST00000139017 1399 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Scn4aQ9ER60 Snupn-201ENSMUST00000068856 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Scn4aQ9ER60 Naa10-206ENSMUST00000114391 834 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
Scn4aQ9ER60 Gm12216-201ENSMUST00000117316 1152 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 25.4 ms