Protein–RNA interactions for Protein: Q9EPU4

Cpsf1, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 1,441 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Cpsf1Q9EPU4 Zscan12-201ENSMUST00000053293 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Cpsf1Q9EPU4 Best2-203ENSMUST00000209421 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Cpsf1Q9EPU4 Gm42477-201ENSMUST00000202427 469 ntTSL 3 BASIC24.37■■□□□ 1.49
Cpsf1Q9EPU4 Cnn1-203ENSMUST00000214601 1225 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Cpsf1Q9EPU4 0610009B22Rik-201ENSMUST00000007921 813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Cpsf1Q9EPU4 Skap1-203ENSMUST00000100521 1539 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Cpsf1Q9EPU4 Skap1-204ENSMUST00000103154 1507 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Cpsf1Q9EPU4 Mex3b-201ENSMUST00000082237 3355 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
Cpsf1Q9EPU4 Krt13-201ENSMUST00000007275 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Cpsf1Q9EPU4 Nptn-212ENSMUST00000177292 1390 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
Cpsf1Q9EPU4 Stat5b-201ENSMUST00000004143 5062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Cpsf1Q9EPU4 Nespas-203ENSMUST00000151472 2248 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Cpsf1Q9EPU4 Ramp2-202ENSMUST00000122006 899 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
Cpsf1Q9EPU4 Tmem263-201ENSMUST00000095383 3616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Cpsf1Q9EPU4 Mgat5b-201ENSMUST00000103027 4258 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
Cpsf1Q9EPU4 Bdkrb1-202ENSMUST00000182899 1313 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
Cpsf1Q9EPU4 Bdkrb1-201ENSMUST00000041229 1338 ntAPPRIS P1 BASIC24.36■■□□□ 1.49
Cpsf1Q9EPU4 Ccdc105-201ENSMUST00000105383 1714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Cpsf1Q9EPU4 Zfp623-201ENSMUST00000037260 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Cpsf1Q9EPU4 Grin2d-201ENSMUST00000002848 5431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Cpsf1Q9EPU4 Crct1-202ENSMUST00000107301 460 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
Cpsf1Q9EPU4 Gm15138-201ENSMUST00000151778 379 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Cpsf1Q9EPU4 Pdxk-ps-203ENSMUST00000183934 680 ntTSL 3 BASIC24.35■■□□□ 1.49
Cpsf1Q9EPU4 Klf13-204ENSMUST00000185175 487 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
Cpsf1Q9EPU4 Pacs2-207ENSMUST00000223502 3223 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Cpsf1Q9EPU4 Trpc4ap-202ENSMUST00000103140 3091 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Cpsf1Q9EPU4 9330111N05Rik-202ENSMUST00000181043 2449 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Cpsf1Q9EPU4 Dmtn-207ENSMUST00000228001 2437 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
Cpsf1Q9EPU4 Mff-202ENSMUST00000078332 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Cpsf1Q9EPU4 Tm2d3-202ENSMUST00000065574 1478 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Cpsf1Q9EPU4 Gm5577-203ENSMUST00000153372 815 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Cpsf1Q9EPU4 4930544I03Rik-201ENSMUST00000181184 1276 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Cpsf1Q9EPU4 AC120002.2-201ENSMUST00000220205 773 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
Cpsf1Q9EPU4 Carmn-201ENSMUST00000181155 1778 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
Cpsf1Q9EPU4 Sox30-201ENSMUST00000049038 2997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
Cpsf1Q9EPU4 Muc2-203ENSMUST00000179227 399 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
Cpsf1Q9EPU4 Smarcc1-201ENSMUST00000088716 5717 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
Cpsf1Q9EPU4 Spg7-209ENSMUST00000149248 2896 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
Cpsf1Q9EPU4 Map3k7cl-201ENSMUST00000026700 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
Cpsf1Q9EPU4 2810425M01Rik-201ENSMUST00000180790 1850 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
Cpsf1Q9EPU4 Bpnt1-202ENSMUST00000110965 1046 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
Cpsf1Q9EPU4 Mrps18c-203ENSMUST00000112901 820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
Cpsf1Q9EPU4 Gm9745-201ENSMUST00000021573 684 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
Cpsf1Q9EPU4 Pgs1-203ENSMUST00000132676 2863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
Cpsf1Q9EPU4 AC125311.2-201ENSMUST00000227477 1940 ntBASIC24.33■■□□□ 1.48
Cpsf1Q9EPU4 Fgf22-202ENSMUST00000219228 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
Cpsf1Q9EPU4 Krt15-201ENSMUST00000107411 1700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Cpsf1Q9EPU4 A930029G22Rik-201ENSMUST00000181032 1710 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Cpsf1Q9EPU4 Adcy9-203ENSMUST00000120080 4974 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Cpsf1Q9EPU4 Mtg2-202ENSMUST00000108901 1444 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
Cpsf1Q9EPU4 Trim54-201ENSMUST00000013771 1434 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Cpsf1Q9EPU4 AA467197-202ENSMUST00000110512 751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Cpsf1Q9EPU4 Gm16061-201ENSMUST00000122167 857 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
Cpsf1Q9EPU4 A730015C16Rik-201ENSMUST00000164855 1221 ntAPPRIS P1 BASIC24.32■■□□□ 1.48
Cpsf1Q9EPU4 Gm45442-201ENSMUST00000210038 411 ntTSL 3 BASIC24.32■■□□□ 1.48
Cpsf1Q9EPU4 AC134329.2-201ENSMUST00000217897 428 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
Cpsf1Q9EPU4 Odf2-211ENSMUST00000113767 2249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Cpsf1Q9EPU4 Plekha4-206ENSMUST00000211155 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
Cpsf1Q9EPU4 Dleu2-208ENSMUST00000182768 1442 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Cpsf1Q9EPU4 9930012K11Rik-205ENSMUST00000153871 1983 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Cpsf1Q9EPU4 9930012K11Rik-201ENSMUST00000058240 1986 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Cpsf1Q9EPU4 Ric3-202ENSMUST00000120876 1633 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Cpsf1Q9EPU4 Map6-206ENSMUST00000208605 2275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Cpsf1Q9EPU4 Gm10013-201ENSMUST00000106074 672 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
Cpsf1Q9EPU4 Tlcd2-202ENSMUST00000108435 1112 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Cpsf1Q9EPU4 Pigf-201ENSMUST00000024957 988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Cpsf1Q9EPU4 Sept8-203ENSMUST00000120878 1806 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
Cpsf1Q9EPU4 Gm43182-201ENSMUST00000199476 2528 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
Cpsf1Q9EPU4 Ctsf-201ENSMUST00000119694 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Cpsf1Q9EPU4 2810408A11Rik-203ENSMUST00000102580 1640 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Cpsf1Q9EPU4 Hist1h4a-201ENSMUST00000102964 539 ntAPPRIS P1 BASIC24.3■■□□□ 1.48
Cpsf1Q9EPU4 Hist1h2bf-201ENSMUST00000105106 461 ntAPPRIS P1 BASIC24.3■■□□□ 1.48
Cpsf1Q9EPU4 Gm2431-201ENSMUST00000171531 519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
Cpsf1Q9EPU4 Lifr-202ENSMUST00000164529 2844 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Cpsf1Q9EPU4 Pex11b-202ENSMUST00000118557 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Cpsf1Q9EPU4 Trp73-203ENSMUST00000105643 1916 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
Cpsf1Q9EPU4 Camkk2-211ENSMUST00000200109 2751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Cpsf1Q9EPU4 Dut-201ENSMUST00000051605 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Cpsf1Q9EPU4 Slc25a47-202ENSMUST00000221080 1890 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Cpsf1Q9EPU4 Hmbox1-203ENSMUST00000175744 1771 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Cpsf1Q9EPU4 Fam98a-201ENSMUST00000112507 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Cpsf1Q9EPU4 Znhit1-203ENSMUST00000111090 698 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
Cpsf1Q9EPU4 Gm2274-201ENSMUST00000184539 609 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
Cpsf1Q9EPU4 Larp1b-202ENSMUST00000048490 2354 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Cpsf1Q9EPU4 B3gnt2-202ENSMUST00000062844 3057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Cpsf1Q9EPU4 6330411D24Rik-201ENSMUST00000211105 1568 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Cpsf1Q9EPU4 Mta3-203ENSMUST00000112350 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Cpsf1Q9EPU4 Wtap-205ENSMUST00000160781 2442 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Cpsf1Q9EPU4 Tmem60-201ENSMUST00000115259 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Cpsf1Q9EPU4 BC048679-201ENSMUST00000073406 522 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Cpsf1Q9EPU4 Gm42939-201ENSMUST00000197514 2205 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
Cpsf1Q9EPU4 Acvr1c-204ENSMUST00000112608 1497 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
Cpsf1Q9EPU4 Tm7sf2-201ENSMUST00000025713 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Cpsf1Q9EPU4 Spata18-202ENSMUST00000071077 1978 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
Cpsf1Q9EPU4 Arhgef9-208ENSMUST00000128565 2285 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
Cpsf1Q9EPU4 H2afz-207ENSMUST00000174561 810 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
Cpsf1Q9EPU4 Grtp1-204ENSMUST00000209691 1030 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
Cpsf1Q9EPU4 Pldi-201ENSMUST00000036304 853 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
Cpsf1Q9EPU4 Lce1h-201ENSMUST00000051521 706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
Cpsf1Q9EPU4 Rpl21-202ENSMUST00000075453 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 39.6 ms