Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Mplkip-201ENSMUST00000049744 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
Ccdc88bQ4QRL3 Mzt2-202ENSMUST00000117136 758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
Ccdc88bQ4QRL3 Ppdpf-201ENSMUST00000016488 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
Ccdc88bQ4QRL3 Ank2-226ENSMUST00000189368 339 ntBASIC28.73■■■□□ 2.19
Ccdc88bQ4QRL3 Slc35d2-204ENSMUST00000222168 472 ntTSL 3 BASIC28.73■■■□□ 2.19
Ccdc88bQ4QRL3 Tbc1d25-204ENSMUST00000172020 2441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
Ccdc88bQ4QRL3 Gm20460-201ENSMUST00000168709 1572 ntTSL 5 BASIC28.73■■■□□ 2.19
Ccdc88bQ4QRL3 Txnl4b-201ENSMUST00000034159 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
Ccdc88bQ4QRL3 Gm19554-201ENSMUST00000220934 2076 ntTSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
Ccdc88bQ4QRL3 Ogg1-201ENSMUST00000032406 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
Ccdc88bQ4QRL3 Ispd-207ENSMUST00000223205 2361 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
Ccdc88bQ4QRL3 Htra3-201ENSMUST00000087629 2750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
Ccdc88bQ4QRL3 Actrt3-201ENSMUST00000047630 1961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
Ccdc88bQ4QRL3 Slc16a10-202ENSMUST00000213488 2325 ntTSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
Ccdc88bQ4QRL3 Hgsnat-201ENSMUST00000037609 2694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
Ccdc88bQ4QRL3 Tab2-204ENSMUST00000146444 4380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.72■■■□□ 2.19
Ccdc88bQ4QRL3 Ndufv3-201ENSMUST00000046288 1537 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
Ccdc88bQ4QRL3 H2-Q7-202ENSMUST00000076256 1523 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.72■■■□□ 2.19
Ccdc88bQ4QRL3 Trim25-202ENSMUST00000100627 1433 ntTSL 5 BASIC28.72■■■□□ 2.19
Ccdc88bQ4QRL3 Chsy1-201ENSMUST00000036372 4176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
Ccdc88bQ4QRL3 AC130711.1-201ENSMUST00000224277 906 ntAPPRIS P1 BASIC28.72■■■□□ 2.19
Ccdc88bQ4QRL3 Sox6os-201ENSMUST00000032900 420 ntTSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
Ccdc88bQ4QRL3 Prss40-201ENSMUST00000047840 1275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
Ccdc88bQ4QRL3 Krtcap3-201ENSMUST00000054829 904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
Ccdc88bQ4QRL3 Pym1-201ENSMUST00000065210 1156 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
Ccdc88bQ4QRL3 Krt27-201ENSMUST00000017732 1550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
Ccdc88bQ4QRL3 Aurkb-201ENSMUST00000021277 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
Ccdc88bQ4QRL3 Pomgnt2-207ENSMUST00000217610 2413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
Ccdc88bQ4QRL3 Prpsap1-201ENSMUST00000106391 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
Ccdc88bQ4QRL3 Sdcbp-201ENSMUST00000029912 2745 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
Ccdc88bQ4QRL3 Lhx6-208ENSMUST00000148852 1481 ntTSL 5 BASIC28.71■■■□□ 2.19
Ccdc88bQ4QRL3 Mras-203ENSMUST00000122384 1122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
Ccdc88bQ4QRL3 Stam2-202ENSMUST00000127316 1928 ntTSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
Ccdc88bQ4QRL3 Irf3-213ENSMUST00000209066 1712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem245-202ENSMUST00000107609 2643 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.71■■■□□ 2.19
Ccdc88bQ4QRL3 Rnf208-202ENSMUST00000114355 1333 ntAPPRIS P1 BASIC28.71■■■□□ 2.19
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15582-201ENSMUST00000132849 1581 ntTSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
Ccdc88bQ4QRL3 Nfil3-201ENSMUST00000071065 2026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
Ccdc88bQ4QRL3 F8a-201ENSMUST00000105111 2505 ntAPPRIS P1 BASIC28.7■■■□□ 2.19
Ccdc88bQ4QRL3 Hbs1l-202ENSMUST00000061324 1998 ntTSL 3 BASIC28.7■■■□□ 2.18
Ccdc88bQ4QRL3 Eme2-202ENSMUST00000121542 1521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
Ccdc88bQ4QRL3 Mrps18c-203ENSMUST00000112901 820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
Ccdc88bQ4QRL3 Gm9103-201ENSMUST00000119371 405 ntBASIC28.7■■■□□ 2.18
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15545-203ENSMUST00000150613 1059 ntTSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
Ccdc88bQ4QRL3 Iscu-201ENSMUST00000026937 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
Ccdc88bQ4QRL3 Shc2-201ENSMUST00000020564 3243 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.7■■■□□ 2.18
Ccdc88bQ4QRL3 Rapgef3os1-201ENSMUST00000149373 483 ntTSL 3 BASIC28.69■■■□□ 2.18
Ccdc88bQ4QRL3 Insl6-201ENSMUST00000052380 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
Ccdc88bQ4QRL3 2810408A11Rik-203ENSMUST00000102580 1640 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
Ccdc88bQ4QRL3 Rab1a-203ENSMUST00000109602 2626 ntTSL 5 BASIC28.69■■■□□ 2.18
Ccdc88bQ4QRL3 Negr1-203ENSMUST00000106065 1953 ntTSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
Ccdc88bQ4QRL3 Ube2d1-201ENSMUST00000020085 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
Ccdc88bQ4QRL3 Epb41l4b-203ENSMUST00000095076 6746 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.68■■■□□ 2.18
Ccdc88bQ4QRL3 Elac2-201ENSMUST00000071891 2771 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
Ccdc88bQ4QRL3 1700003E16Rik-202ENSMUST00000203203 2070 ntTSL 2 BASIC28.68■■■□□ 2.18
Ccdc88bQ4QRL3 Gm7284-201ENSMUST00000131667 944 ntBASIC28.68■■■□□ 2.18
Ccdc88bQ4QRL3 Atp6v0b-208ENSMUST00000150204 935 ntTSL 5 BASIC28.68■■■□□ 2.18
Ccdc88bQ4QRL3 Utp23-204ENSMUST00000161651 582 ntTSL 5 BASIC28.68■■■□□ 2.18
Ccdc88bQ4QRL3 Nkx2-6-201ENSMUST00000062437 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
Ccdc88bQ4QRL3 Mfsd4a-203ENSMUST00000112370 2565 ntTSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
Ccdc88bQ4QRL3 Meox1-201ENSMUST00000057054 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
Ccdc88bQ4QRL3 Lrp3-202ENSMUST00000122409 4147 ntTSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
Ccdc88bQ4QRL3 Pdzd3-201ENSMUST00000034618 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
Ccdc88bQ4QRL3 Keap1-206ENSMUST00000216436 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.67■■■□□ 2.18
Ccdc88bQ4QRL3 Npb-202ENSMUST00000106194 530 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.67■■■□□ 2.18
Ccdc88bQ4QRL3 Npb-203ENSMUST00000106195 542 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
Ccdc88bQ4QRL3 Gm5587-201ENSMUST00000206270 674 ntBASIC28.67■■■□□ 2.18
Ccdc88bQ4QRL3 Gm44973-201ENSMUST00000207050 1003 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.67■■■□□ 2.18
Ccdc88bQ4QRL3 Ssc4d-203ENSMUST00000111152 2745 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.67■■■□□ 2.18
Ccdc88bQ4QRL3 Trmo-201ENSMUST00000030015 1527 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
Ccdc88bQ4QRL3 Gprc5c-203ENSMUST00000122967 1709 ntTSL 5 BASIC28.67■■■□□ 2.18
Ccdc88bQ4QRL3 Trp73-203ENSMUST00000105643 1916 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.67■■■□□ 2.18
Ccdc88bQ4QRL3 Sec63-201ENSMUST00000019937 6032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
Ccdc88bQ4QRL3 Gm44618-201ENSMUST00000208431 2262 ntTSL 3 BASIC28.66■■■□□ 2.18
Ccdc88bQ4QRL3 Piga-208ENSMUST00000208697 947 ntTSL 5 BASIC28.66■■■□□ 2.18
Ccdc88bQ4QRL3 Manbal-201ENSMUST00000081202 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
Ccdc88bQ4QRL3 Actl10-201ENSMUST00000104928 1501 ntAPPRIS P1 BASIC28.66■■■□□ 2.18
Ccdc88bQ4QRL3 Actl10-202ENSMUST00000226583 1501 ntBASIC28.66■■■□□ 2.18
Ccdc88bQ4QRL3 Jag2-201ENSMUST00000075827 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
Ccdc88bQ4QRL3 Dnajb9-201ENSMUST00000015049 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
Ccdc88bQ4QRL3 Cyth2-202ENSMUST00000107729 2519 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
Ccdc88bQ4QRL3 Prmt3-201ENSMUST00000032715 2507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
Ccdc88bQ4QRL3 Gfi1-201ENSMUST00000031205 2860 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
Ccdc88bQ4QRL3 Grk6-206ENSMUST00000224995 2971 ntBASIC28.66■■■□□ 2.18
Ccdc88bQ4QRL3 Nit1-202ENSMUST00000111295 1335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26697-201ENSMUST00000180898 1760 ntTSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
Ccdc88bQ4QRL3 Gm29430-202ENSMUST00000191453 2015 ntTSL 5 BASIC28.65■■■□□ 2.18
Ccdc88bQ4QRL3 Spata18-202ENSMUST00000071077 1978 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.65■■■□□ 2.18
Ccdc88bQ4QRL3 Pced1a-202ENSMUST00000110277 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
Ccdc88bQ4QRL3 Gm5414-201ENSMUST00000062879 1659 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.65■■■□□ 2.18
Ccdc88bQ4QRL3 Kat2b-201ENSMUST00000000724 4653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
Ccdc88bQ4QRL3 Tm9sf2-203ENSMUST00000171318 1494 ntTSL 5 BASIC28.65■■■□□ 2.18
Ccdc88bQ4QRL3 Snrpd2-201ENSMUST00000049294 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
Ccdc88bQ4QRL3 Dbndd2-204ENSMUST00000109350 1055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.65■■■□□ 2.18
Ccdc88bQ4QRL3 Mrps12-204ENSMUST00000171183 883 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.65■■■□□ 2.18
Ccdc88bQ4QRL3 Gm28793-201ENSMUST00000190845 413 ntTSL 5 BASIC28.65■■■□□ 2.18
Ccdc88bQ4QRL3 Gm29518-201ENSMUST00000190858 372 ntBASIC28.65■■■□□ 2.18
Ccdc88bQ4QRL3 Pfn2-201ENSMUST00000066882 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
Ccdc88bQ4QRL3 Gas2-201ENSMUST00000051912 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
Ccdc88bQ4QRL3 Pdx1-201ENSMUST00000085591 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 24 ms