Protein–RNA interactions for Protein: P39428

Traf1, TNF receptor-associated factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 409 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Traf1P39428 Gm9987-201ENSMUST00000069768 567 ntBASIC20.4■□□□□ 0.86
Traf1P39428 Gzmd-201ENSMUST00000082093 964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
Traf1P39428 Frmd3-202ENSMUST00000098006 2205 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
Traf1P39428 Naa30-205ENSMUST00000153488 4446 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
Traf1P39428 Vgf-204ENSMUST00000190827 2834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
Traf1P39428 Gm42900-201ENSMUST00000197184 2167 ntBASIC20.39■□□□□ 0.86
Traf1P39428 Tulp1-201ENSMUST00000041819 2017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
Traf1P39428 Cdca4-202ENSMUST00000220899 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
Traf1P39428 Sh3bp1-202ENSMUST00000061239 1917 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
Traf1P39428 5430402O13Rik-201ENSMUST00000126537 869 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Ubtf-207ENSMUST00000128016 1062 ntTSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Gm3331-201ENSMUST00000183423 1017 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
Traf1P39428 AC121577.1-201ENSMUST00000227302 707 ntBASIC20.39■□□□□ 0.85
Traf1P39428 H2afz-201ENSMUST00000041045 1069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
Traf1P39428 AC123834.2-201ENSMUST00000224038 2340 ntBASIC20.39■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Ndufa10-201ENSMUST00000027478 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Gm11373-201ENSMUST00000129791 2819 ntTSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Nptx1-201ENSMUST00000026670 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Kdm1a-202ENSMUST00000105847 3028 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Fam181a-201ENSMUST00000179363 1406 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Acot7-203ENSMUST00000105652 1393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Dusp12-201ENSMUST00000027970 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
Traf1P39428 AC163637.2-201ENSMUST00000213826 1945 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Laptm4b-201ENSMUST00000022867 1902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Comtd1-204ENSMUST00000177527 714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Gm10517-202ENSMUST00000192970 758 ntBASIC20.38■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Fuz-209ENSMUST00000208179 1164 ntTSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Mrpl21-202ENSMUST00000025745 1138 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Plekhm2-202ENSMUST00000084203 4136 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Podxl2-202ENSMUST00000061262 2195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Mpp3-203ENSMUST00000107167 2066 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Klhl25-202ENSMUST00000171155 3403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Tyw5-209ENSMUST00000162686 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Tsks-201ENSMUST00000080233 1806 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Dlk2-202ENSMUST00000166280 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
Traf1P39428 4921536K21Rik-201ENSMUST00000020712 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Plxdc1-202ENSMUST00000107564 619 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Slc25a51-203ENSMUST00000132815 1005 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Prss16-204ENSMUST00000150547 1159 ntTSL 3 BASIC20.37■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Rps12-206ENSMUST00000218221 460 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Otx2os1-204ENSMUST00000227221 751 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Ntpcr-201ENSMUST00000034313 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Zfp943-202ENSMUST00000153985 1598 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Chmp6-201ENSMUST00000026434 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Fiz1-202ENSMUST00000165320 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Hdgfl3-201ENSMUST00000026094 2865 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Trim14-201ENSMUST00000046897 1429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Zar1-201ENSMUST00000073528 1429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Timm29-201ENSMUST00000062125 3170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Gm45606-201ENSMUST00000209836 2795 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Atg16l2-202ENSMUST00000122116 2083 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Grk2-202ENSMUST00000088737 3376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Mpst-203ENSMUST00000169133 1309 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Serbp1-203ENSMUST00000203077 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Bex3-202ENSMUST00000113112 826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
Traf1P39428 U2af1-201ENSMUST00000014684 907 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
Traf1P39428 U2af1-202ENSMUST00000166526 907 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Zfp428-203ENSMUST00000177205 1159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Gm26884-201ENSMUST00000181207 3074 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Il4i1-201ENSMUST00000033015 2048 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
Traf1P39428 0610040J01Rik-201ENSMUST00000081747 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Ilk-212ENSMUST00000163389 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Olfr94-203ENSMUST00000222190 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Dlg1-205ENSMUST00000115201 3248 ntTSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Hilpda-202ENSMUST00000115289 658 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.35■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Gm9694-201ENSMUST00000193347 1189 ntBASIC20.35■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Gm4974-201ENSMUST00000209974 875 ntBASIC20.35■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Pgrmc2-201ENSMUST00000058578 3007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Kbtbd13-201ENSMUST00000068307 2969 ntAPPRIS P1 BASIC20.35■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Ssc4d-204ENSMUST00000111153 2745 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Prkci-201ENSMUST00000108249 4708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Gm16759-201ENSMUST00000126238 1393 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Chtop-203ENSMUST00000076639 1842 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Sdcbp-201ENSMUST00000029912 2745 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Eva1c-202ENSMUST00000099543 1554 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Nlrp5-ps-201ENSMUST00000044683 1913 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Gm20544-201ENSMUST00000174338 690 ntTSL 3 BASIC20.34■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Ccnd2-204ENSMUST00000201637 1006 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Gm26709-202ENSMUST00000223049 819 ntTSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Dcun1d1-201ENSMUST00000108182 4980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Prkaca-201ENSMUST00000005606 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Ttyh3-201ENSMUST00000042661 4658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
Traf1P39428 1810043G02Rik-201ENSMUST00000105397 1818 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Prmt9-202ENSMUST00000118622 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Mfsd4a-203ENSMUST00000112370 2565 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Gm43213-201ENSMUST00000151866 1790 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Trmo-202ENSMUST00000086563 1554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Gm4675-202ENSMUST00000164755 2322 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Gm38534-201ENSMUST00000206566 1909 ntTSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Psme3-201ENSMUST00000019470 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Por-201ENSMUST00000005651 2636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Slc47a2-201ENSMUST00000093029 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Gm5901-201ENSMUST00000106805 1140 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Gm13559-201ENSMUST00000120476 863 ntBASIC20.33■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Utf1-201ENSMUST00000168457 1227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Mrps28-201ENSMUST00000042148 783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
Traf1P39428 Thegl-202ENSMUST00000117880 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
Traf1P39428 Tor3a-207ENSMUST00000188964 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
Traf1P39428 Tmem132d-201ENSMUST00000044441 6139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
Traf1P39428 Alyref-201ENSMUST00000026125 3527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 57.2 ms