Protein–RNA interactions for Protein: Q9CQ56

Use1, Vesicle transport protein USE1, mousemouse

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Use1Q9CQ56 Lhfpl4-201ENSMUST00000162280 4762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Use1Q9CQ56 Fam98a-201ENSMUST00000112507 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Use1Q9CQ56 Mrpl39-201ENSMUST00000116584 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Use1Q9CQ56 Btbd6-202ENSMUST00000165079 1975 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.73■□□□□ 0.27
Use1Q9CQ56 Flot1-201ENSMUST00000001569 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Use1Q9CQ56 Ocel1-202ENSMUST00000110051 2179 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Use1Q9CQ56 Gm13067-201ENSMUST00000134236 404 ntTSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
Use1Q9CQ56 E130307A14Rik-208ENSMUST00000145971 830 ntTSL 3 BASIC16.73■□□□□ 0.27
Use1Q9CQ56 Pole4-204ENSMUST00000160281 648 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Use1Q9CQ56 Gm37564-201ENSMUST00000195000 330 ntTSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
Use1Q9CQ56 Serbp1-216ENSMUST00000205106 1288 ntTSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
Use1Q9CQ56 Chst1-201ENSMUST00000065797 2680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Use1Q9CQ56 Zdhhc6-201ENSMUST00000076891 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Use1Q9CQ56 Lsp1-204ENSMUST00000105967 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Use1Q9CQ56 Mff-208ENSMUST00000160786 1645 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Use1Q9CQ56 Cables1-201ENSMUST00000046948 3202 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Use1Q9CQ56 Kat2b-ps-201ENSMUST00000128468 2490 ntBASIC16.73■□□□□ 0.27
Use1Q9CQ56 Idnk-202ENSMUST00000109868 1462 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Use1Q9CQ56 Gm19554-201ENSMUST00000220934 2076 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Use1Q9CQ56 Whrn-206ENSMUST00000102867 4013 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Use1Q9CQ56 Cep83-201ENSMUST00000020212 3639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Use1Q9CQ56 Nfil3-201ENSMUST00000071065 2026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Use1Q9CQ56 Yipf3-201ENSMUST00000095263 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Use1Q9CQ56 Vac14-201ENSMUST00000034190 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Use1Q9CQ56 Cog2-201ENSMUST00000034460 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Use1Q9CQ56 Acy3-201ENSMUST00000054030 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Use1Q9CQ56 Mff-202ENSMUST00000078332 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Use1Q9CQ56 Cdk12-203ENSMUST00000107539 5912 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
Use1Q9CQ56 Shq1-204ENSMUST00000170667 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Use1Q9CQ56 4930518J20Rik-201ENSMUST00000195064 1478 ntBASIC16.72■□□□□ 0.27
Use1Q9CQ56 Fam199x-201ENSMUST00000047852 8299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Use1Q9CQ56 Camsap2-203ENSMUST00000192314 4916 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Use1Q9CQ56 Agfg2-202ENSMUST00000100544 2858 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Use1Q9CQ56 Smox-202ENSMUST00000110179 1320 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Use1Q9CQ56 Atad3a-201ENSMUST00000030903 2413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Use1Q9CQ56 Sh3glb1-202ENSMUST00000198254 5945 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Use1Q9CQ56 Msl1-204ENSMUST00000107487 2836 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
Use1Q9CQ56 Eps8-203ENSMUST00000111878 3560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Use1Q9CQ56 4930503L19Rik-201ENSMUST00000067556 2291 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Use1Q9CQ56 Slc16a3-201ENSMUST00000070653 2272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Use1Q9CQ56 Uhrf2-201ENSMUST00000025739 3536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Use1Q9CQ56 Synpo-205ENSMUST00000130044 4970 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
Use1Q9CQ56 Ank1-209ENSMUST00000121802 8218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Use1Q9CQ56 Acbd6-201ENSMUST00000035560 5592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Use1Q9CQ56 Lmbr1-207ENSMUST00000200564 1598 ntTSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
Use1Q9CQ56 Gpr84-201ENSMUST00000079824 1550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Use1Q9CQ56 Cacna1h-205ENSMUST00000159610 8230 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Use1Q9CQ56 Cacna1h-201ENSMUST00000078496 8220 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Use1Q9CQ56 Fkbp5-201ENSMUST00000079413 3542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Use1Q9CQ56 Rnf146-202ENSMUST00000160144 4323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.26
Use1Q9CQ56 Tmem114-201ENSMUST00000023400 1406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Use1Q9CQ56 Mapre3-201ENSMUST00000031058 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Use1Q9CQ56 Odf2-211ENSMUST00000113767 2249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Use1Q9CQ56 Hjurp-202ENSMUST00000065420 2217 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Use1Q9CQ56 Tnks-201ENSMUST00000033929 9163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Use1Q9CQ56 Fbrsl1-202ENSMUST00000069483 4720 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
Use1Q9CQ56 Nadk2-202ENSMUST00000100789 3578 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
Use1Q9CQ56 Lrrfip2-202ENSMUST00000098340 3191 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Use1Q9CQ56 Nsg1-201ENSMUST00000031009 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Use1Q9CQ56 Sri-205ENSMUST00000148633 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Use1Q9CQ56 Igf2-205ENSMUST00000121128 4722 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
Use1Q9CQ56 Cenpa-205ENSMUST00000144742 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Use1Q9CQ56 Ptbp3-204ENSMUST00000140925 606 ntTSL 3 BASIC16.7■□□□□ 0.26
Use1Q9CQ56 Stard6-203ENSMUST00000168249 1167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Use1Q9CQ56 Specc1-215ENSMUST00000202744 674 ntTSL 3 BASIC16.7■□□□□ 0.26
Use1Q9CQ56 D830036C21Rik-201ENSMUST00000207444 453 ntTSL 3 BASIC16.7■□□□□ 0.26
Use1Q9CQ56 Gm45890-201ENSMUST00000212043 1026 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
Use1Q9CQ56 Gm5874-201ENSMUST00000096101 508 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
Use1Q9CQ56 Lins1-203ENSMUST00000121777 2729 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
Use1Q9CQ56 Rhobtb2-201ENSMUST00000022665 5322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Use1Q9CQ56 Tigd3-201ENSMUST00000055911 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Use1Q9CQ56 Xxylt1-201ENSMUST00000055389 2987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Use1Q9CQ56 Mtx1-201ENSMUST00000073572 1617 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Use1Q9CQ56 3110062M04Rik-202ENSMUST00000115006 1501 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Use1Q9CQ56 Sncaip-205ENSMUST00000178011 3433 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Use1Q9CQ56 Stard3-201ENSMUST00000018311 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Use1Q9CQ56 9930012K11Rik-201ENSMUST00000058240 1986 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Use1Q9CQ56 Rcn1-201ENSMUST00000006128 2720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Use1Q9CQ56 Gabpa-201ENSMUST00000009120 4987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Use1Q9CQ56 Braf-201ENSMUST00000002487 9728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Use1Q9CQ56 Adam15-203ENSMUST00000107446 1686 ntTSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
Use1Q9CQ56 Cfap206-202ENSMUST00000108136 1688 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Use1Q9CQ56 Tubgcp4-203ENSMUST00000110658 4250 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Use1Q9CQ56 Wnt4-201ENSMUST00000045747 4194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Use1Q9CQ56 Foxp4-204ENSMUST00000113265 3999 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Use1Q9CQ56 Mipol1-201ENSMUST00000123498 2117 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
Use1Q9CQ56 Sik3-204ENSMUST00000126865 6287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Use1Q9CQ56 Rab5c-202ENSMUST00000107364 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Use1Q9CQ56 Rab20-201ENSMUST00000033900 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Use1Q9CQ56 Ostm1-201ENSMUST00000040718 3006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Use1Q9CQ56 Rnpc3-203ENSMUST00000106536 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Use1Q9CQ56 Ppp4r1l-ps-204ENSMUST00000140992 367 ntTSL 3 BASIC16.69■□□□□ 0.26
Use1Q9CQ56 Gadd45b-201ENSMUST00000015456 1284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Use1Q9CQ56 Dtnbp1-208ENSMUST00000222805 1231 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Use1Q9CQ56 Asph-201ENSMUST00000038564 1174 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Use1Q9CQ56 Snrpc-201ENSMUST00000071006 870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Use1Q9CQ56 Asph-205ENSMUST00000098275 1007 ntTSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
Use1Q9CQ56 Rnf112-202ENSMUST00000060255 3161 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Use1Q9CQ56 Ncoa1-201ENSMUST00000085814 7329 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Use1Q9CQ56 Dcaf8-206ENSMUST00000192704 2859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 14.5 ms