Protein–RNA interactions for Protein: Q62226

Shh, Sonic hedgehog protein, mousemouse

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ShhQ62226 Agbl5-215ENSMUST00000202060 3121 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Alyref-201ENSMUST00000026125 3527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Dolk-201ENSMUST00000100219 2104 ntAPPRIS P1 BASIC16.48■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Gm45906-201ENSMUST00000208911 1430 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Snrnp35-202ENSMUST00000111453 1181 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Ssc4d-203ENSMUST00000111152 2745 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Spc25-202ENSMUST00000112320 1527 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Gfer-201ENSMUST00000046839 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Tuba3b-201ENSMUST00000087445 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Dlgap2-203ENSMUST00000133298 4503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Paqr3-201ENSMUST00000069453 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Pacsin3-215ENSMUST00000168916 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Pacsin3-201ENSMUST00000028694 1862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Zc3h15-201ENSMUST00000081591 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Mob2-201ENSMUST00000084418 1490 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
ShhQ62226 St8sia5-202ENSMUST00000079618 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Mzt1-201ENSMUST00000042662 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Ccdc91-201ENSMUST00000032441 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Dhx36-201ENSMUST00000029336 5620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Hpn-202ENSMUST00000108102 1830 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Gm45447-201ENSMUST00000209874 1805 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Klhl25-202ENSMUST00000171155 3403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Zfp800-203ENSMUST00000115321 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Ndufv1-202ENSMUST00000128787 1436 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Ndufv1-207ENSMUST00000134479 1438 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Gm5901-201ENSMUST00000106805 1140 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Mrps10-204ENSMUST00000120737 1017 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Gm6728-201ENSMUST00000178117 1065 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Atp5l-201ENSMUST00000043675 544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Dnajb2-201ENSMUST00000055223 1199 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Fstl3-201ENSMUST00000020575 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Nrxn2-203ENSMUST00000113459 3285 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
ShhQ62226 B3gat2-202ENSMUST00000140583 1737 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Flot1-201ENSMUST00000001569 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Bmp8a-202ENSMUST00000102641 1917 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Ciz1-205ENSMUST00000113338 2666 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
ShhQ62226 AC123834.2-201ENSMUST00000224038 2340 ntBASIC16.46■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Pex11b-202ENSMUST00000118557 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
ShhQ62226 4930447C04Rik-201ENSMUST00000044000 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Zfp78-205ENSMUST00000208030 2169 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Pigp-202ENSMUST00000113906 745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Zfp428-203ENSMUST00000177205 1159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
ShhQ62226 D930007J09Rik-201ENSMUST00000057911 393 ntAPPRIS P1 BASIC16.46■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Nrn1l-201ENSMUST00000060167 617 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Dock9-202ENSMUST00000100299 6476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Cbx1-201ENSMUST00000018810 1824 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Aqp5-201ENSMUST00000088200 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Acp4-203ENSMUST00000118216 1454 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Snx16-202ENSMUST00000099223 2512 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Brms1l-201ENSMUST00000059250 2609 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Mpp3-203ENSMUST00000107167 2066 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.22
ShhQ62226 March8-202ENSMUST00000101032 4611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Gm45472-201ENSMUST00000211295 1426 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Larp1b-202ENSMUST00000048490 2354 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
ShhQ62226 A730056A06Rik-201ENSMUST00000181299 2689 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Mrpl10-201ENSMUST00000001485 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Rasl10b-202ENSMUST00000108140 3156 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Eno1-202ENSMUST00000080926 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
ShhQ62226 G730003C15Rik-202ENSMUST00000189096 2309 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Otud5-201ENSMUST00000033494 4259 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Agbl5-209ENSMUST00000201225 2646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Atp2a2-201ENSMUST00000031423 4486 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Aatk-203ENSMUST00000103020 5687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Tekt5-202ENSMUST00000115831 1277 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Kcnn4-203ENSMUST00000205626 461 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Gm45337-201ENSMUST00000210537 1267 ntAPPRIS P1 BASIC16.45■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Metrn-201ENSMUST00000002344 987 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Pstk-201ENSMUST00000075610 1135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Gm10549-201ENSMUST00000097634 450 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Ahcyl2-202ENSMUST00000102995 5155 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Gm42939-201ENSMUST00000197514 2205 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Ccdc59-201ENSMUST00000020049 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Farp1-201ENSMUST00000026635 4885 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Fam213a-201ENSMUST00000022317 1537 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Lpcat2-205ENSMUST00000210099 2179 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Plin5-202ENSMUST00000113072 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Mdfic-202ENSMUST00000120512 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Scrib-202ENSMUST00000063747 5440 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Slc35g1-201ENSMUST00000054098 3471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Frmd3-202ENSMUST00000098006 2205 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Lat-201ENSMUST00000032997 1235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Fkbp11-201ENSMUST00000003445 731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Lhfp-201ENSMUST00000059562 2108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Nlrp5-ps-201ENSMUST00000044683 1913 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Lats2-201ENSMUST00000022531 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Txndc5-201ENSMUST00000035988 2843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Trim24-201ENSMUST00000031859 4042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Foxf1-201ENSMUST00000181504 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Fbxo24-202ENSMUST00000111002 2306 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
ShhQ62226 A730060N03Rik-201ENSMUST00000174277 2124 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Ssfa2-203ENSMUST00000111788 4976 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Clic1-201ENSMUST00000007257 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Slit3-201ENSMUST00000069837 5228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Btnl9-201ENSMUST00000046522 5273 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Tlk2-201ENSMUST00000015107 3212 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Gm16731-201ENSMUST00000132432 922 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
ShhQ62226 2210408F21Rik-211ENSMUST00000151800 750 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Tlx1os-201ENSMUST00000173437 620 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Phox2b-202ENSMUST00000174251 1177 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Fuz-209ENSMUST00000208179 1164 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 28.7 ms