Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

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Length 1,001 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Fbrsl1-202ENSMUST00000069483 4720 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.35■□□□□ 0.53
Rnf40Q3U319 Shh-201ENSMUST00000002708 2847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Rnf40Q3U319 Idnk-204ENSMUST00000226010 1898 ntBASIC18.35■□□□□ 0.53
Rnf40Q3U319 Rhobtb2-201ENSMUST00000022665 5322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Rnf40Q3U319 Pole4-201ENSMUST00000095786 1769 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Rnf40Q3U319 Sgsm2-202ENSMUST00000081799 4873 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
Rnf40Q3U319 Ppp2r1b-205ENSMUST00000175640 1523 ntTSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
Rnf40Q3U319 Ier2-201ENSMUST00000060427 1522 ntAPPRIS P1 BASIC18.34■□□□□ 0.53
Rnf40Q3U319 Meox1-201ENSMUST00000057054 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
Rnf40Q3U319 Dleu2-208ENSMUST00000182768 1442 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
Rnf40Q3U319 Npnt-202ENSMUST00000042744 4619 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
Rnf40Q3U319 Nipsnap1-201ENSMUST00000038570 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
Rnf40Q3U319 Pdgfa-204ENSMUST00000110897 1287 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
Rnf40Q3U319 Rgs10-205ENSMUST00000145739 564 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
Rnf40Q3U319 Gm7417-201ENSMUST00000192950 473 ntBASIC18.34■□□□□ 0.53
Rnf40Q3U319 Serbp1-212ENSMUST00000204294 717 ntTSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
Rnf40Q3U319 Hspb1-201ENSMUST00000005077 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
Rnf40Q3U319 Spata33-201ENSMUST00000060133 491 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
Rnf40Q3U319 Chst10-206ENSMUST00000194361 2996 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
Rnf40Q3U319 Cdc37l1-205ENSMUST00000224599 1769 ntBASIC18.34■□□□□ 0.53
Rnf40Q3U319 Ppm1h-206ENSMUST00000161487 2931 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
Rnf40Q3U319 Rassf1-201ENSMUST00000010211 1727 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
Rnf40Q3U319 Crtap-201ENSMUST00000084881 1674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
Rnf40Q3U319 Guca1b-202ENSMUST00000145462 1556 ntTSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
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Rnf40Q3U319 Prcc-201ENSMUST00000005015 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
Rnf40Q3U319 Ankrd17-203ENSMUST00000168058 9311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.53
Rnf40Q3U319 Bmp8a-202ENSMUST00000102641 1917 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
Rnf40Q3U319 Dmrt1-201ENSMUST00000025755 2340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
Rnf40Q3U319 Cep135-202ENSMUST00000121979 5537 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.53
Rnf40Q3U319 Ppa1-201ENSMUST00000020286 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
Rnf40Q3U319 Fbxo42-201ENSMUST00000030757 5934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
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Rnf40Q3U319 Gpat3-203ENSMUST00000112887 3059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
Rnf40Q3U319 Ormdl3-201ENSMUST00000052919 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
Rnf40Q3U319 Anapc2-201ENSMUST00000028341 3004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
Rnf40Q3U319 Ubr3-202ENSMUST00000112251 8081 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.52
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Rnf40Q3U319 Gdpd5-201ENSMUST00000037528 4611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
Rnf40Q3U319 Atp8b1-201ENSMUST00000025482 6440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
Rnf40Q3U319 Anapc7-201ENSMUST00000031422 2751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
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Rnf40Q3U319 Prex1-201ENSMUST00000036719 6533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
Rnf40Q3U319 Lrp8-201ENSMUST00000030356 4555 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.52
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Rnf40Q3U319 St3gal3-203ENSMUST00000106410 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
Rnf40Q3U319 Hey2-201ENSMUST00000019924 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
Rnf40Q3U319 Gas6-201ENSMUST00000033828 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
Rnf40Q3U319 Tbx21-201ENSMUST00000001484 2488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
Rnf40Q3U319 Spata6-201ENSMUST00000038868 2466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
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Rnf40Q3U319 Fubp1-205ENSMUST00000196695 2374 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
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Rnf40Q3U319 Podxl2-201ENSMUST00000038409 1994 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
Rnf40Q3U319 Fiz1-203ENSMUST00000167804 2637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
Rnf40Q3U319 Epm2a-201ENSMUST00000069106 3287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
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Rnf40Q3U319 Bsg-205ENSMUST00000179781 1261 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
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Rnf40Q3U319 Deptor-203ENSMUST00000100660 1377 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
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Rnf40Q3U319 Ttc6-203ENSMUST00000172939 5782 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
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Rnf40Q3U319 Smarcd3-208ENSMUST00000195943 1712 ntTSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
Rnf40Q3U319 Smarcd3-201ENSMUST00000030791 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
Rnf40Q3U319 Aurka-202ENSMUST00000109139 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
Rnf40Q3U319 Aurka-201ENSMUST00000028997 1905 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
Rnf40Q3U319 Ebf1-203ENSMUST00000109268 2864 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
Rnf40Q3U319 Gm8309-201ENSMUST00000206627 1448 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
Rnf40Q3U319 Fam110a-204ENSMUST00000109865 1853 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
Rnf40Q3U319 Ltbp4-202ENSMUST00000108369 5377 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
Rnf40Q3U319 Tex261-201ENSMUST00000014892 2984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
Rnf40Q3U319 2010016I18Rik-204ENSMUST00000190356 1562 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
Rnf40Q3U319 Matk-201ENSMUST00000105328 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
Rnf40Q3U319 Rab35-201ENSMUST00000031492 2820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
Rnf40Q3U319 Fam98c-209ENSMUST00000164589 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
Rnf40Q3U319 Gm27032-201ENSMUST00000183124 1116 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
Rnf40Q3U319 Socs1-201ENSMUST00000038099 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
Rnf40Q3U319 Bri3-201ENSMUST00000056578 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
Rnf40Q3U319 Hist2h2ab-201ENSMUST00000073115 444 ntAPPRIS P1 BASIC18.3■□□□□ 0.52
Rnf40Q3U319 Mid1-206ENSMUST00000112107 3194 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
Rnf40Q3U319 Nepro-201ENSMUST00000048788 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
Rnf40Q3U319 Vstm5-201ENSMUST00000034413 1991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
Rnf40Q3U319 Inpp5f-201ENSMUST00000043138 4734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
Rnf40Q3U319 Spef1-201ENSMUST00000028801 2328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Rnf40Q3U319 Fads3-201ENSMUST00000115995 3269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Rnf40Q3U319 Gabra5-202ENSMUST00000206382 2607 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
Rnf40Q3U319 Mink1-202ENSMUST00000072873 4610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
Rnf40Q3U319 Hoxd4-202ENSMUST00000111980 1494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Rnf40Q3U319 Mid1ip1-201ENSMUST00000008179 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Rnf40Q3U319 Gm11713-201ENSMUST00000139941 523 ntTSL 3 BASIC18.29■□□□□ 0.52
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