Protein–RNA interactions for Protein: P11260

Lire1, LINE-1 retrotransposable element ORF1 protein, mousemouse

Predictions only

Length 357 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lire1P11260 Dlg4-201ENSMUST00000018700 3204 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Crk-203ENSMUST00000108425 4290 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Tifa-201ENSMUST00000054483 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Lire1P11260 3010003L21Rik-201ENSMUST00000047953 1729 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
Lire1P11260 AB124611-202ENSMUST00000086361 1310 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Timm29-201ENSMUST00000062125 3170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Mars-206ENSMUST00000171564 2962 ntTSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Abi1-215ENSMUST00000178908 2239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
Lire1P11260 H2-D1-202ENSMUST00000172785 2102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Sncb-201ENSMUST00000036825 1351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Hps4-201ENSMUST00000035279 2836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Vkorc1-202ENSMUST00000119922 387 ntTSL 3 BASIC16.69■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Arl6ip4-202ENSMUST00000122394 982 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Gm17098-201ENSMUST00000166507 628 ntTSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Gm2990-201ENSMUST00000180662 1118 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Rpl18-202ENSMUST00000209287 1027 ntTSL 3 BASIC16.69■□□□□ 0.26
Lire1P11260 AC122769.4-201ENSMUST00000228166 901 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
Lire1P11260 A230083G16Rik-201ENSMUST00000069553 991 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Ttc32-201ENSMUST00000085741 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Vps37a-201ENSMUST00000098817 6379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Rnf103-201ENSMUST00000064637 3264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Plekha7-210ENSMUST00000182834 5257 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Mpg-201ENSMUST00000020528 1737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Gm7292-201ENSMUST00000194706 2527 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Trabd-201ENSMUST00000081702 2439 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Iars2-201ENSMUST00000027921 5471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Capzb-204ENSMUST00000102508 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Kmt5b-216ENSMUST00000176926 1551 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Maff-201ENSMUST00000096350 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Rps6ka1-202ENSMUST00000105894 3135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Zfp318-201ENSMUST00000113481 7850 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Gdf5-201ENSMUST00000040162 2320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Ern1-203ENSMUST00000106800 654 ntTSL 3 BASIC16.68■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Atp23-202ENSMUST00000168520 1043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Rab7-206ENSMUST00000203674 424 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Cxxc1-201ENSMUST00000025444 2618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Stox1-202ENSMUST00000133371 3510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Crlf2-203ENSMUST00000200284 1405 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Pmepa1-201ENSMUST00000036248 4538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Garem1-201ENSMUST00000049260 4923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Apaf1-208ENSMUST00000162618 5151 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Golga7b-202ENSMUST00000122375 2836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Golga7b-201ENSMUST00000087123 2823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Rcc1-203ENSMUST00000105951 2326 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Tyw5-209ENSMUST00000162686 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Ppard-201ENSMUST00000002320 3218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Adamts17-202ENSMUST00000107478 6416 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
Lire1P11260 9130221H12Rik-201ENSMUST00000169914 1465 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Trim72-202ENSMUST00000106248 2134 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Fam49b-207ENSMUST00000228226 1896 ntAPPRIS P1 BASIC16.67■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Shroom3-201ENSMUST00000113051 6435 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Gm16505-202ENSMUST00000220976 1626 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Fam20c-201ENSMUST00000026972 3582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Gm11373-201ENSMUST00000129791 2819 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Dok4-201ENSMUST00000046461 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Tead1-201ENSMUST00000059768 9964 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Alcam-201ENSMUST00000023312 6036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Kcne1l-201ENSMUST00000134825 1543 ntAPPRIS P1 BASIC16.67■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Slc35f4-201ENSMUST00000074368 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Gm10532-201ENSMUST00000181913 2301 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Mboat7-201ENSMUST00000038608 2878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Lire1P11260 5730522E02Rik-201ENSMUST00000109511 1162 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Speg-204ENSMUST00000113589 833 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Taz-208ENSMUST00000132437 768 ntTSL 3 BASIC16.67■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Ube2i-213ENSMUST00000174031 824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Ramp1-203ENSMUST00000188475 711 ntTSL 3 BASIC16.67■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Ndufa5-201ENSMUST00000023851 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Purg-201ENSMUST00000070340 1064 ntAPPRIS P1 BASIC16.67■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Pop5-201ENSMUST00000081497 1025 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Frmd3-202ENSMUST00000098006 2205 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Sstr4-201ENSMUST00000109962 1424 ntAPPRIS P1 BASIC16.67■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Zfp78-205ENSMUST00000208030 2169 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Henmt1-202ENSMUST00000098680 1466 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Ankrd13a-201ENSMUST00000102578 3717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Ocel1-203ENSMUST00000110052 5285 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Homez-202ENSMUST00000142283 4713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Lire1P11260 6030419C18Rik-201ENSMUST00000085658 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Khdrbs2-201ENSMUST00000027226 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Tmem87b-201ENSMUST00000110325 4807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Zcchc4-203ENSMUST00000113904 2485 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Immp2l-203ENSMUST00000134965 977 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Cdk19os-202ENSMUST00000143103 1124 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Vps51-209ENSMUST00000160590 840 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Rps2-ps11-201ENSMUST00000195283 868 ntBASIC16.66■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Gm43598-201ENSMUST00000202482 2479 ntBASIC16.66■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Bex2-201ENSMUST00000049130 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Zfp710-201ENSMUST00000049680 4721 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Rps23-201ENSMUST00000051955 937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Nkpd1-201ENSMUST00000078908 2753 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Plekha1-211ENSMUST00000151119 2397 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Lire1P11260 E030030I06Rik-202ENSMUST00000179054 2081 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Shisa7-201ENSMUST00000066041 6006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Pcsk5-202ENSMUST00000050715 5783 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Bmp2k-201ENSMUST00000035635 7387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Gtpbp3-208ENSMUST00000168847 2803 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Scly-201ENSMUST00000027532 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Nptxr-203ENSMUST00000175858 4948 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Gnpda1-201ENSMUST00000063814 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Snap91-202ENSMUST00000074468 4336 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
Lire1P11260 Rgs19-207ENSMUST00000108779 642 ntTSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 20.6 ms