Protein–RNA interactions for Protein: Q9D6Y1

Ccdc3, Coiled-coil domain-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 273 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc3Q9D6Y1 Mark2-203ENSMUST00000051711 2867 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Grina-201ENSMUST00000023225 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Mindy2-201ENSMUST00000049031 8081 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Guca1b-202ENSMUST00000145462 1556 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Neurl1b-201ENSMUST00000053020 6195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Grb14-201ENSMUST00000028252 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Laptm4b-201ENSMUST00000022867 1902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Cacna1a-202ENSMUST00000122053 7589 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Arrb2-204ENSMUST00000102564 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem39b-201ENSMUST00000102588 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Gm37805-201ENSMUST00000192612 1094 ntBASIC17.31■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Gm43183-201ENSMUST00000200632 547 ntBASIC17.31■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Vkorc1-203ENSMUST00000206053 606 ntTSL 3 BASIC17.31■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Dnajb2-201ENSMUST00000055223 1199 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Zfp783-201ENSMUST00000095946 670 ntBASIC17.31■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem131-201ENSMUST00000027290 6546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Anks1b-208ENSMUST00000182053 1649 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Sbf1-201ENSMUST00000123791 6190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Ism1-202ENSMUST00000184404 2964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Chst7-201ENSMUST00000044138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Mfhas1-201ENSMUST00000037666 6408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Tuba3b-201ENSMUST00000087445 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem185a-201ENSMUST00000101506 2429 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 4930447C04Rik-201ENSMUST00000044000 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Cnpy1-201ENSMUST00000117098 2661 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Clint1-201ENSMUST00000109260 3311 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Derl3-201ENSMUST00000009236 1321 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Bcl11b-203ENSMUST00000109891 2888 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Tomm6-202ENSMUST00000113302 749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Gm10138-203ENSMUST00000206952 366 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Mrps28-201ENSMUST00000042148 783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Gm9803-201ENSMUST00000057649 563 ntAPPRIS P1 BASIC17.3■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Fam213a-202ENSMUST00000118466 1567 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Kcng3-201ENSMUST00000051482 3356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Eva1a-201ENSMUST00000042974 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Mtss1l-201ENSMUST00000052457 4717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 AC123834.2-201ENSMUST00000224038 2340 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Prkaca-201ENSMUST00000005606 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Fam46a-202ENSMUST00000187711 5648 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Tekt1-203ENSMUST00000108503 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Zfp78-205ENSMUST00000208030 2169 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Dpf1-202ENSMUST00000065181 1574 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Rps5-202ENSMUST00000108539 794 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Gm28374-201ENSMUST00000162374 728 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.29■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Sct-202ENSMUST00000167790 507 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Mrpl21-202ENSMUST00000025745 1138 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Ckm-201ENSMUST00000003643 1235 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Sct-201ENSMUST00000046156 534 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Ssc4d-203ENSMUST00000111152 2745 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Ttyh3-202ENSMUST00000197452 4576 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Cyb5d2-201ENSMUST00000079681 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Espn-204ENSMUST00000080042 1402 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Gls2-201ENSMUST00000044776 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Fbxo24-202ENSMUST00000111002 2306 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Atp6v0a2-201ENSMUST00000037865 5345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Ergic3-202ENSMUST00000088650 1349 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Gabra4-205ENSMUST00000199357 2407 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Agfg1-206ENSMUST00000189220 8044 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Naa10-205ENSMUST00000114390 797 ntTSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Rps14-202ENSMUST00000118551 602 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Zmynd19-202ENSMUST00000148042 1103 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 2210408F21Rik-211ENSMUST00000151800 750 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Serf1-205ENSMUST00000152286 465 ntTSL 3 BASIC17.28■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Gas5-203ENSMUST00000159119 665 ntTSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Comtd1-204ENSMUST00000177527 714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Gm10231-201ENSMUST00000181584 441 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Atp5g2-202ENSMUST00000185641 731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Pthlh-202ENSMUST00000204197 1281 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Gm10175-202ENSMUST00000208752 441 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Aldoa-ps3-201ENSMUST00000217558 306 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Lce1m-201ENSMUST00000029520 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Thap3-201ENSMUST00000036680 1124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Atp5g2-201ENSMUST00000075630 441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Mdfic-202ENSMUST00000120512 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Snx15-201ENSMUST00000025702 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Tyw5-209ENSMUST00000162686 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Siglecf-202ENSMUST00000121494 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Nadk2-201ENSMUST00000067760 3731 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Lhfp-201ENSMUST00000059562 2108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Sh3bp1-202ENSMUST00000061239 1917 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Ppm1a-201ENSMUST00000021514 7668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Ripk2-201ENSMUST00000037035 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Insig2-201ENSMUST00000003818 2697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Espn-206ENSMUST00000103196 1323 ntTSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Gm45447-201ENSMUST00000209874 1805 ntTSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Rfesd-202ENSMUST00000167271 595 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Bax-201ENSMUST00000033093 867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Limd2-202ENSMUST00000064545 798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Snx12-201ENSMUST00000077876 1002 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Spsb4-201ENSMUST00000055433 2720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Runx1t1-201ENSMUST00000006761 5783 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
Ccdc3Q9D6Y1 Nudcd2-201ENSMUST00000020578 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
Ccdc3Q9D6Y1 AC124581.1-201ENSMUST00000225416 1399 ntBASIC17.27■□□□□ 0.35
Ccdc3Q9D6Y1 Nmnat3-202ENSMUST00000112937 1898 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
Ccdc3Q9D6Y1 Ppp2ca-201ENSMUST00000020608 7102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
Ccdc3Q9D6Y1 Smarca4-202ENSMUST00000098948 6376 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
Ccdc3Q9D6Y1 Gpc6-204ENSMUST00000125435 2423 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
Ccdc3Q9D6Y1 Atg16l2-202ENSMUST00000122116 2083 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
Ccdc3Q9D6Y1 Atf7ip2-204ENSMUST00000119023 1048 ntTSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
Ccdc3Q9D6Y1 Gm15375-201ENSMUST00000119510 849 ntBASIC17.26■□□□□ 0.35
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 22.6 ms