Protein–RNA interactions for Protein: O55187

Cbx4, E3 SUMO-protein ligase CBX4, mousemouse

Predictions only

Length 551 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Cbx4O55187 1110004E09Rik-201ENSMUST00000023694 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
Cbx4O55187 Sprtn-201ENSMUST00000034467 4464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
Cbx4O55187 Prmt9-202ENSMUST00000118622 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
Cbx4O55187 Ptpra-201ENSMUST00000028769 3227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
Cbx4O55187 Tssk6-201ENSMUST00000050373 1335 ntAPPRIS P1 BASIC17.4■□□□□ 0.38
Cbx4O55187 Polr2c-201ENSMUST00000109521 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
Cbx4O55187 Wnt6-201ENSMUST00000006716 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
Cbx4O55187 Gm17484-201ENSMUST00000167899 2322 ntTSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.38
Cbx4O55187 Nr1d2-201ENSMUST00000090543 4663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.38
Cbx4O55187 Srf-201ENSMUST00000015749 4093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Letm1-201ENSMUST00000005431 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Fgf22-202ENSMUST00000219228 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Atp8b2-201ENSMUST00000069805 5559 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Pick1-201ENSMUST00000018295 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Gm11927-201ENSMUST00000118472 759 ntBASIC17.39■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Gm11527-201ENSMUST00000153795 596 ntTSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Zfp324-204ENSMUST00000210619 447 ntTSL 3 BASIC17.39■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Spcs1-207ENSMUST00000228767 1008 ntBASIC17.39■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 1700018M17Rik-201ENSMUST00000052502 456 ntBASIC17.39■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Gm4968-201ENSMUST00000071458 858 ntBASIC17.39■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Il17rb-201ENSMUST00000016110 2061 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Rnpc3-203ENSMUST00000106536 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Polr2m-202ENSMUST00000163972 2138 ntTSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Htra3-202ENSMUST00000114233 1901 ntTSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Esx1-202ENSMUST00000113066 1692 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Gm16386-201ENSMUST00000181397 1423 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Tbc1d2b-202ENSMUST00000128874 3473 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Baiap2-202ENSMUST00000075180 3518 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Rprm-201ENSMUST00000100089 1460 ntAPPRIS P1 BASIC17.38■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Chst8-203ENSMUST00000154629 2079 ntTSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Ccdc149-201ENSMUST00000059428 3295 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Rbm24-201ENSMUST00000037923 3086 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Vkorc1-202ENSMUST00000119922 387 ntTSL 3 BASIC17.38■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Tspan2-203ENSMUST00000196611 682 ntTSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Eomes-202ENSMUST00000111763 2869 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Zfp282-201ENSMUST00000061890 5573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Man2a2-201ENSMUST00000098346 6554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Mgll-205ENSMUST00000150180 1312 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Hapln2-201ENSMUST00000005014 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Farp1-201ENSMUST00000026635 4885 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Dlgap1-209ENSMUST00000140728 2173 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Pcf11-201ENSMUST00000119954 5995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Scrib-202ENSMUST00000063747 5440 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Krt19-201ENSMUST00000007317 1576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Gpr84-201ENSMUST00000079824 1550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Shq1-204ENSMUST00000170667 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Spata2l-201ENSMUST00000098327 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Aatk-203ENSMUST00000103020 5687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Hmg20b-201ENSMUST00000020454 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Lyrm4-201ENSMUST00000053265 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Crybb1-201ENSMUST00000031286 882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Mrps10-201ENSMUST00000060752 1109 ntTSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Dpy19l1-203ENSMUST00000142064 3489 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Tsnax-202ENSMUST00000212603 2169 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Alyref-201ENSMUST00000026125 3527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Hjurp-202ENSMUST00000065420 2217 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Rnf112-203ENSMUST00000102661 3118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Nectin2-202ENSMUST00000108450 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Zfp691-202ENSMUST00000106355 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Mrpl15-205ENSMUST00000146665 1569 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Camk2d-228ENSMUST00000200171 5396 ntTSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Dcaf5-201ENSMUST00000054145 5706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Tmf1-201ENSMUST00000095664 5732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Agfg2-201ENSMUST00000031736 2893 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Dus3l-201ENSMUST00000007747 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Farsa-201ENSMUST00000003906 1826 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Slc25a47-202ENSMUST00000221080 1890 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 1110004F10Rik-202ENSMUST00000106607 1153 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Tomm6-201ENSMUST00000113301 594 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Scamp4-202ENSMUST00000180350 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Anapc13-204ENSMUST00000190279 589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Gm45894-201ENSMUST00000211940 651 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Gm10065-201ENSMUST00000076238 345 ntAPPRIS P1 BASIC17.36■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Zbtb5-204ENSMUST00000180217 4708 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Espn-211ENSMUST00000105657 1375 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Rilpl2-201ENSMUST00000031347 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Tmem51os1-202ENSMUST00000141769 2131 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Ppp1r36-201ENSMUST00000063977 1515 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Fam109a-201ENSMUST00000056654 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Paqr7-201ENSMUST00000081525 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Tsc22d1-201ENSMUST00000022587 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Idnk-204ENSMUST00000226010 1898 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Yipf3-201ENSMUST00000095263 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Atp2c1-201ENSMUST00000038118 4876 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Gm12669-201ENSMUST00000122162 1009 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Gm16475-201ENSMUST00000207306 512 ntTSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 AC153845.2-202ENSMUST00000213372 807 ntTSL 3 BASIC17.35■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 AC112142.1-201ENSMUST00000228796 918 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Sap30-201ENSMUST00000034022 1178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 1700067K01Rik-201ENSMUST00000060357 1291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Rps16-201ENSMUST00000082134 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Rhod-202ENSMUST00000117462 1495 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Arhgap42-203ENSMUST00000183182 1458 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Fam213a-202ENSMUST00000118466 1567 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Gm42900-201ENSMUST00000197184 2167 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Klf3-201ENSMUST00000165536 5221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Lrrc58-201ENSMUST00000078717 8604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Selenos-201ENSMUST00000101801 1191 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Zhx1-202ENSMUST00000110168 5212 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
Cbx4O55187 Speg-204ENSMUST00000113589 833 ntTSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 26.8 ms