Protein–RNA interactions for Protein: Q9CWT6

Ddx28, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX28, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 540 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ddx28Q9CWT6 Dpf1-204ENSMUST00000108231 2040 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
Ddx28Q9CWT6 Aspscr1-201ENSMUST00000026135 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Ddx28Q9CWT6 AC153890.1-201ENSMUST00000220021 2469 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
Ddx28Q9CWT6 Tmeff1-202ENSMUST00000123476 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Ddx28Q9CWT6 Slc1a5-201ENSMUST00000108496 2764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Ddx28Q9CWT6 Ildr2-205ENSMUST00000193860 2320 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Ddx28Q9CWT6 Dda1-209ENSMUST00000147642 1865 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
Ddx28Q9CWT6 Crem-227ENSMUST00000149803 1422 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Ddx28Q9CWT6 Fam220a-204ENSMUST00000119488 2202 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Ddx28Q9CWT6 Fam220a-209ENSMUST00000200267 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Ddx28Q9CWT6 Dcaf15-202ENSMUST00000210279 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Ddx28Q9CWT6 Popdc3-201ENSMUST00000019994 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Ddx28Q9CWT6 Camsap1-212ENSMUST00000183461 5090 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
Ddx28Q9CWT6 Rcor2-201ENSMUST00000066646 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Ddx28Q9CWT6 Grin2d-201ENSMUST00000002848 5431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Ddx28Q9CWT6 Gltp-203ENSMUST00000112214 944 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
Ddx28Q9CWT6 CT030161.2-201ENSMUST00000218666 735 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
Ddx28Q9CWT6 Fkbp8-202ENSMUST00000119353 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Ddx28Q9CWT6 Cetn4-201ENSMUST00000071400 1808 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
Ddx28Q9CWT6 1700069B07Rik-202ENSMUST00000191155 939 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
Ddx28Q9CWT6 Dtnb-211ENSMUST00000173240 2218 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
Ddx28Q9CWT6 Tbcel-204ENSMUST00000128959 1535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
Ddx28Q9CWT6 Irak1-202ENSMUST00000068286 2537 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Ddx28Q9CWT6 Clk2-201ENSMUST00000090927 2128 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Ddx28Q9CWT6 Kmt5a-202ENSMUST00000100709 1425 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Ddx28Q9CWT6 Fam241a-201ENSMUST00000057198 1607 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Ddx28Q9CWT6 Cdc42bpg-201ENSMUST00000025681 5995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
Ddx28Q9CWT6 Rbm17-201ENSMUST00000040314 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Ddx28Q9CWT6 Gm527-201ENSMUST00000058135 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Ddx28Q9CWT6 Eif2ak3-204ENSMUST00000162950 927 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Ddx28Q9CWT6 Pard6a-205ENSMUST00000212430 1261 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Ddx28Q9CWT6 Gm10762-201ENSMUST00000099385 1133 ntAPPRIS P1 BASIC22.24■■□□□ 1.15
Ddx28Q9CWT6 Gm17494-201ENSMUST00000072769 1800 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Ddx28Q9CWT6 Clk2-203ENSMUST00000121931 2112 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
Ddx28Q9CWT6 Mgrn1-201ENSMUST00000023159 3293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Ddx28Q9CWT6 Mgrn1-202ENSMUST00000070658 3290 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Ddx28Q9CWT6 Gm15672-201ENSMUST00000151512 1354 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Ddx28Q9CWT6 Pan3-209ENSMUST00000176600 5541 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
Ddx28Q9CWT6 Kcnc3-202ENSMUST00000107907 5281 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
Ddx28Q9CWT6 Smad2-202ENSMUST00000091831 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
Ddx28Q9CWT6 A530058N18Rik-208ENSMUST00000131299 1387 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
Ddx28Q9CWT6 Snx3-201ENSMUST00000019939 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Ddx28Q9CWT6 Mast2-203ENSMUST00000106485 5705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Ddx28Q9CWT6 Mast2-204ENSMUST00000106486 5723 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Ddx28Q9CWT6 Tgfbrap1-202ENSMUST00000186694 5385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Ddx28Q9CWT6 Wwc1-201ENSMUST00000018993 4531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Ddx28Q9CWT6 2410017I17Rik-202ENSMUST00000090537 2053 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
Ddx28Q9CWT6 Hrh3-208ENSMUST00000171736 906 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
Ddx28Q9CWT6 Smurf1-201ENSMUST00000085684 5343 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Ddx28Q9CWT6 Stau2-210ENSMUST00000149320 2214 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
Ddx28Q9CWT6 Amer2-203ENSMUST00000225247 2662 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
Ddx28Q9CWT6 Snta1-202ENSMUST00000109728 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Ddx28Q9CWT6 Snta1-201ENSMUST00000028991 2125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Ddx28Q9CWT6 Fam168b-203ENSMUST00000167518 5058 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
Ddx28Q9CWT6 A430072P03Rik-201ENSMUST00000161480 1510 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Ddx28Q9CWT6 Junos-204ENSMUST00000128094 830 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Ddx28Q9CWT6 Esyt2-201ENSMUST00000100986 5560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Ddx28Q9CWT6 5730480H06Rik-201ENSMUST00000030968 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Ddx28Q9CWT6 Usp48-205ENSMUST00000105840 5741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
Ddx28Q9CWT6 Kcna7-201ENSMUST00000107774 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Ddx28Q9CWT6 Fezf2-202ENSMUST00000224023 1917 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
Ddx28Q9CWT6 Fbxo6-201ENSMUST00000030858 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Ddx28Q9CWT6 A730013G03Rik-202ENSMUST00000195012 2097 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
Ddx28Q9CWT6 Rgs7-206ENSMUST00000194555 2431 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Ddx28Q9CWT6 Tlx3-201ENSMUST00000037746 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Ddx28Q9CWT6 Galnt12-202ENSMUST00000107744 2077 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Ddx28Q9CWT6 Gas2l1-201ENSMUST00000037146 2686 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
Ddx28Q9CWT6 Ihh-201ENSMUST00000164097 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
Ddx28Q9CWT6 Maz-204ENSMUST00000206254 2282 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
Ddx28Q9CWT6 Zfp358-201ENSMUST00000061508 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Ddx28Q9CWT6 Neurl4-211ENSMUST00000177138 4886 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Ddx28Q9CWT6 Pou4f1-201ENSMUST00000053016 4445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Ddx28Q9CWT6 Gm20634-201ENSMUST00000090779 2956 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
Ddx28Q9CWT6 Panx2-202ENSMUST00000161372 2314 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Ddx28Q9CWT6 Suds3-202ENSMUST00000166397 1694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Ddx28Q9CWT6 Phf23-205ENSMUST00000135814 2214 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Ddx28Q9CWT6 Caap1-201ENSMUST00000030313 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Ddx28Q9CWT6 Srp9-201ENSMUST00000027792 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Ddx28Q9CWT6 1700016A09Rik-201ENSMUST00000192004 835 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
Ddx28Q9CWT6 Rras2-201ENSMUST00000069449 2275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Ddx28Q9CWT6 Dazap1-201ENSMUST00000092305 1994 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Ddx28Q9CWT6 Marveld2-202ENSMUST00000163163 2187 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Ddx28Q9CWT6 Dedd-201ENSMUST00000064950 1618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Ddx28Q9CWT6 Tdp2-203ENSMUST00000223804 1136 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
Ddx28Q9CWT6 Slc22a17-201ENSMUST00000050772 2290 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
Ddx28Q9CWT6 Cabp1-204ENSMUST00000112113 1621 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Ddx28Q9CWT6 Hook1-201ENSMUST00000030306 5517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Ddx28Q9CWT6 Gsk3a-202ENSMUST00000108411 2248 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
Ddx28Q9CWT6 Nelfe-204ENSMUST00000173357 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Ddx28Q9CWT6 Mcat-201ENSMUST00000061882 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Ddx28Q9CWT6 March2-205ENSMUST00000173015 1418 ntTSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
Ddx28Q9CWT6 Mypop-203ENSMUST00000131087 1951 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
Ddx28Q9CWT6 E030037K01Rik-201ENSMUST00000180928 1756 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
Ddx28Q9CWT6 Terf2-201ENSMUST00000068388 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
Ddx28Q9CWT6 Klhl25-205ENSMUST00000206019 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Ddx28Q9CWT6 Eif4ebp1-201ENSMUST00000033880 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Ddx28Q9CWT6 Dapk3-201ENSMUST00000047665 1676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
Ddx28Q9CWT6 Hdgf-201ENSMUST00000005017 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Ddx28Q9CWT6 E2f1-201ENSMUST00000000894 2755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Ddx28Q9CWT6 1700026D11Rik-201ENSMUST00000126910 2033 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 8.7 ms