Protein–RNA interactions for Protein: Q61164

Ctcf, Transcriptional repressor CTCF, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 736 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CtcfQ61164 Pon2-201ENSMUST00000057792 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
CtcfQ61164 Fam120aos-201ENSMUST00000180775 1780 ntTSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
CtcfQ61164 Mat2b-201ENSMUST00000040167 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
CtcfQ61164 2210008F06Rik-201ENSMUST00000180805 1082 ntTSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
CtcfQ61164 Rnf19b-201ENSMUST00000030584 2414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.59■■□□□ 1.85
CtcfQ61164 Eed-201ENSMUST00000107234 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
CtcfQ61164 Lmo2-202ENSMUST00000111140 1706 ntTSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
CtcfQ61164 Stard10-202ENSMUST00000163799 1723 ntTSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
CtcfQ61164 Tlx3-201ENSMUST00000037746 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
CtcfQ61164 Six3-201ENSMUST00000162695 2838 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.57■■□□□ 1.84
CtcfQ61164 Rbm17-201ENSMUST00000040314 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
CtcfQ61164 Aard-201ENSMUST00000090025 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
CtcfQ61164 Gm15672-201ENSMUST00000151512 1354 ntTSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
CtcfQ61164 Gm527-201ENSMUST00000058135 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
CtcfQ61164 Tnfsfm13-203ENSMUST00000180587 2235 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.56■■□□□ 1.84
CtcfQ61164 Csnk1g2-201ENSMUST00000079773 2348 ntTSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
CtcfQ61164 Grasp-201ENSMUST00000000543 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
CtcfQ61164 Tspan33-201ENSMUST00000046750 1994 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
CtcfQ61164 Maz-204ENSMUST00000206254 2282 ntTSL 5 BASIC26.54■■□□□ 1.84
CtcfQ61164 Lrfn1-203ENSMUST00000189877 1852 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.54■■□□□ 1.84
CtcfQ61164 Tmeff1-202ENSMUST00000123476 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
CtcfQ61164 Maz-202ENSMUST00000205461 796 ntTSL 5 BASIC26.54■■□□□ 1.84
CtcfQ61164 Nhlrc1-201ENSMUST00000052747 2294 ntAPPRIS P1 BASIC26.54■■□□□ 1.84
CtcfQ61164 Egr3-201ENSMUST00000035908 1509 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
CtcfQ61164 Prr3-201ENSMUST00000055454 2727 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
CtcfQ61164 Wdr34-201ENSMUST00000113711 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
CtcfQ61164 Sec63-201ENSMUST00000019937 6032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
CtcfQ61164 Kmt5a-202ENSMUST00000100709 1425 ntTSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
CtcfQ61164 Otud5-205ENSMUST00000115668 2543 ntTSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
CtcfQ61164 Cnnm3-202ENSMUST00000097776 5292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
CtcfQ61164 Mpp6-209ENSMUST00000204545 2418 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.5■■□□□ 1.83
CtcfQ61164 Mnx1-201ENSMUST00000001608 2018 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.5■■□□□ 1.83
CtcfQ61164 Znrf3-202ENSMUST00000143746 1022 ntTSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
CtcfQ61164 1700028N14Rik-201ENSMUST00000139621 747 ntTSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
CtcfQ61164 Tor1a-201ENSMUST00000028200 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
CtcfQ61164 Fam60a-203ENSMUST00000111562 906 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.47■■□□□ 1.83
CtcfQ61164 Cacfd1-204ENSMUST00000114006 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
CtcfQ61164 Maz-201ENSMUST00000032916 2347 ntTSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
CtcfQ61164 Pura-201ENSMUST00000051301 3145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
CtcfQ61164 Plin1-206ENSMUST00000205915 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.83
CtcfQ61164 Junos-204ENSMUST00000128094 830 ntTSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
CtcfQ61164 Irak1-207ENSMUST00000114360 2441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
CtcfQ61164 A430072P03Rik-201ENSMUST00000161480 1510 ntTSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
CtcfQ61164 Bin1-202ENSMUST00000091967 2118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
CtcfQ61164 Gas2l1-201ENSMUST00000037146 2686 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
CtcfQ61164 Kcmf1-204ENSMUST00000204598 1743 ntTSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
CtcfQ61164 Ccdc122-202ENSMUST00000095625 1195 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
CtcfQ61164 Agap3-201ENSMUST00000024123 3207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
CtcfQ61164 Iffo2-203ENSMUST00000174078 5716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
CtcfQ61164 5730480H06Rik-201ENSMUST00000030968 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
CtcfQ61164 Gm10762-201ENSMUST00000099385 1133 ntAPPRIS P1 BASIC26.41■■□□□ 1.82
CtcfQ61164 Pcf11-205ENSMUST00000208255 1720 ntBASIC26.41■■□□□ 1.82
CtcfQ61164 A530058N18Rik-208ENSMUST00000131299 1387 ntTSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
CtcfQ61164 Nans-201ENSMUST00000030018 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
CtcfQ61164 Twist1-201ENSMUST00000049089 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
CtcfQ61164 Zbtb12-201ENSMUST00000052778 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
CtcfQ61164 Gm960-204ENSMUST00000225896 2202 ntAPPRIS ALT2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
CtcfQ61164 Olfm1-201ENSMUST00000028177 2757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
CtcfQ61164 Rnf115-201ENSMUST00000029740 2209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
CtcfQ61164 Tmem260-208ENSMUST00000226400 2281 ntAPPRIS ALT2 BASIC26.37■■□□□ 1.81
CtcfQ61164 Cabp1-204ENSMUST00000112113 1621 ntTSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
CtcfQ61164 Cpe-201ENSMUST00000048967 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
CtcfQ61164 Bcl7b-201ENSMUST00000031692 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
CtcfQ61164 Yrdc-201ENSMUST00000102628 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
CtcfQ61164 Gpr12-201ENSMUST00000036211 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
CtcfQ61164 Foxd2-201ENSMUST00000068654 2592 ntAPPRIS P1 BASIC26.34■■□□□ 1.81
CtcfQ61164 Dusp7-201ENSMUST00000172306 3213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.8
CtcfQ61164 Paqr3-202ENSMUST00000112968 1875 ntTSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
CtcfQ61164 Slc35a3-202ENSMUST00000120120 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
CtcfQ61164 Clk2-202ENSMUST00000121212 2154 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
CtcfQ61164 Fam149b-202ENSMUST00000051915 1981 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.31■■□□□ 1.8
CtcfQ61164 Sugct-202ENSMUST00000220514 1351 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
CtcfQ61164 E2f5-201ENSMUST00000029069 1779 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
CtcfQ61164 Hrh3-208ENSMUST00000171736 906 ntTSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
CtcfQ61164 CT030161.2-201ENSMUST00000218666 735 ntTSL 3 BASIC26.3■■□□□ 1.8
CtcfQ61164 2510039O18Rik-201ENSMUST00000103232 2731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
CtcfQ61164 Igfbp3-202ENSMUST00000135887 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
CtcfQ61164 Pcgf5-201ENSMUST00000062389 1566 ntTSL 5 BASIC26.27■■□□□ 1.8
CtcfQ61164 Preb-209ENSMUST00000202567 1869 ntTSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
CtcfQ61164 Hsd17b11-201ENSMUST00000031251 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
CtcfQ61164 5031425E22Rik-201ENSMUST00000101522 2110 ntBASIC26.26■■□□□ 1.79
CtcfQ61164 Mtch1-202ENSMUST00000118366 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
CtcfQ61164 Gxylt1-202ENSMUST00000057896 1891 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
CtcfQ61164 Yars2-201ENSMUST00000059955 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
CtcfQ61164 Itpka-201ENSMUST00000028758 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
CtcfQ61164 Mapk1-203ENSMUST00000115731 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
CtcfQ61164 Arhgdia-201ENSMUST00000067936 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
CtcfQ61164 Dedd-201ENSMUST00000064950 1618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
CtcfQ61164 Fzd9-201ENSMUST00000062572 2293 ntAPPRIS P1 BASIC26.23■■□□□ 1.79
CtcfQ61164 Fbxo6-201ENSMUST00000030858 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
CtcfQ61164 Srp9-201ENSMUST00000027792 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
CtcfQ61164 Zfp513-202ENSMUST00000114590 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
CtcfQ61164 Fus-201ENSMUST00000077609 1831 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
CtcfQ61164 Nelfe-204ENSMUST00000173357 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
CtcfQ61164 Ei24-202ENSMUST00000163192 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
CtcfQ61164 Fam220a-206ENSMUST00000196487 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
CtcfQ61164 C1ql1-201ENSMUST00000057849 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
CtcfQ61164 Snx3-201ENSMUST00000019939 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
CtcfQ61164 Hoxb3-202ENSMUST00000093944 3190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.21■■□□□ 1.79
CtcfQ61164 Eif2ak3-204ENSMUST00000162950 927 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 9.8 ms