Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Cyp26c1-201ENSMUST00000073391 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
Ccdc88bQ4QRL3 Ets1-206ENSMUST00000184887 2107 ntTSL 5 BASIC29.18■■■□□ 2.26
Ccdc88bQ4QRL3 Phldb3-204ENSMUST00000206422 2564 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.18■■■□□ 2.26
Ccdc88bQ4QRL3 Snx3-202ENSMUST00000105499 1057 ntTSL 5 BASIC29.17■■■□□ 2.26
Ccdc88bQ4QRL3 Gm6093-201ENSMUST00000221792 1623 ntTSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15645-201ENSMUST00000131504 2208 ntTSL 5 BASIC29.17■■■□□ 2.26
Ccdc88bQ4QRL3 Hnrnph3-201ENSMUST00000020263 2213 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC29.17■■■□□ 2.26
Ccdc88bQ4QRL3 Trmt11-201ENSMUST00000019927 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
Ccdc88bQ4QRL3 Six5-201ENSMUST00000049454 3007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
Ccdc88bQ4QRL3 9130019P16Rik-201ENSMUST00000135612 1019 ntTSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
Ccdc88bQ4QRL3 Gm23634-201ENSMUST00000175071 91 ntBASIC29.17■■■□□ 2.26
Ccdc88bQ4QRL3 Gm45442-201ENSMUST00000210038 411 ntTSL 3 BASIC29.17■■■□□ 2.26
Ccdc88bQ4QRL3 Spata33-206ENSMUST00000212637 569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.17■■■□□ 2.26
Ccdc88bQ4QRL3 Krt88-201ENSMUST00000023781 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
Ccdc88bQ4QRL3 Dmtn-210ENSMUST00000228824 2377 ntBASIC29.16■■■□□ 2.26
Ccdc88bQ4QRL3 Gnptg-202ENSMUST00000115154 2249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
Ccdc88bQ4QRL3 Galk2-202ENSMUST00000094604 1928 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
Ccdc88bQ4QRL3 Aig1-201ENSMUST00000019942 1439 ntTSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15138-201ENSMUST00000151778 379 ntTSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
Ccdc88bQ4QRL3 Atf6b-201ENSMUST00000015605 2566 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
Ccdc88bQ4QRL3 Chtop-204ENSMUST00000107342 2411 ntTSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
Ccdc88bQ4QRL3 Pknox2-201ENSMUST00000039674 3632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
Ccdc88bQ4QRL3 Ankle1-201ENSMUST00000119976 2136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
Ccdc88bQ4QRL3 Chmp6-201ENSMUST00000026434 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
Ccdc88bQ4QRL3 Hspbp1-201ENSMUST00000079970 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
Ccdc88bQ4QRL3 St8sia5-202ENSMUST00000079618 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
Ccdc88bQ4QRL3 A730060N03Rik-201ENSMUST00000174277 2124 ntTSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
Ccdc88bQ4QRL3 Lsm10-201ENSMUST00000055575 943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
Ccdc88bQ4QRL3 Hoxb2-201ENSMUST00000100523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
Ccdc88bQ4QRL3 Ing4-205ENSMUST00000140131 1446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
Ccdc88bQ4QRL3 Fam83d-201ENSMUST00000029183 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
Ccdc88bQ4QRL3 Cul4a-202ENSMUST00000121426 1044 ntTSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
Ccdc88bQ4QRL3 Snx15-207ENSMUST00000154601 767 ntTSL 5 BASIC29.14■■■□□ 2.26
Ccdc88bQ4QRL3 Gm6345-202ENSMUST00000180900 204 ntBASIC29.14■■■□□ 2.26
Ccdc88bQ4QRL3 Wdsub1-201ENSMUST00000028368 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
Ccdc88bQ4QRL3 Creb3l1-201ENSMUST00000028663 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
Ccdc88bQ4QRL3 Ncoa5-202ENSMUST00000121377 2930 ntTSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.25
Ccdc88bQ4QRL3 Pmpcb-201ENSMUST00000030882 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.25
Ccdc88bQ4QRL3 Gm5464-201ENSMUST00000100453 2156 ntAPPRIS P1 BASIC29.14■■■□□ 2.25
Ccdc88bQ4QRL3 Rhoq-201ENSMUST00000024956 4151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
Ccdc88bQ4QRL3 Hpn-202ENSMUST00000108102 1830 ntTSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
Ccdc88bQ4QRL3 Trim47-202ENSMUST00000106441 2192 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
Ccdc88bQ4QRL3 Hjurp-202ENSMUST00000065420 2217 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
Ccdc88bQ4QRL3 Tlcd2-202ENSMUST00000108435 1112 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
Ccdc88bQ4QRL3 AC134329.2-201ENSMUST00000217897 428 ntBASIC29.13■■■□□ 2.25
Ccdc88bQ4QRL3 Spsb2-202ENSMUST00000052727 1219 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.13■■■□□ 2.25
Ccdc88bQ4QRL3 Fam126a-202ENSMUST00000101513 1679 ntTSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
Ccdc88bQ4QRL3 Cpsf4-207ENSMUST00000162244 1387 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
Ccdc88bQ4QRL3 Slc25a16-201ENSMUST00000044977 3145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
Ccdc88bQ4QRL3 Dtwd2-201ENSMUST00000025383 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
Ccdc88bQ4QRL3 1700041G16Rik-202ENSMUST00000186344 1824 ntTSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10013-201ENSMUST00000106074 672 ntBASIC29.12■■■□□ 2.25
Ccdc88bQ4QRL3 Mdfi-203ENSMUST00000113280 1281 ntTSL 5 BASIC29.12■■■□□ 2.25
Ccdc88bQ4QRL3 Grtp1-204ENSMUST00000209691 1030 ntTSL 5 BASIC29.12■■■□□ 2.25
Ccdc88bQ4QRL3 Tnk1-202ENSMUST00000108626 1798 ntTSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
Ccdc88bQ4QRL3 Thoc3-201ENSMUST00000026990 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26781-201ENSMUST00000181385 1477 ntTSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
Ccdc88bQ4QRL3 Skap1-203ENSMUST00000100521 1539 ntTSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
Ccdc88bQ4QRL3 Skap1-204ENSMUST00000103154 1507 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
Ccdc88bQ4QRL3 Rhoa-201ENSMUST00000007959 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
Ccdc88bQ4QRL3 Map3k7cl-201ENSMUST00000026700 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
Ccdc88bQ4QRL3 Dhh-201ENSMUST00000023737 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
Ccdc88bQ4QRL3 Psmd13-209ENSMUST00000164681 726 ntTSL 5 BASIC29.11■■■□□ 2.25
Ccdc88bQ4QRL3 Ccdc125-202ENSMUST00000170347 1216 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
Ccdc88bQ4QRL3 Mir5130-201ENSMUST00000175160 84 ntBASIC29.11■■■□□ 2.25
Ccdc88bQ4QRL3 Gm45623-201ENSMUST00000210744 1457 ntAPPRIS P1 BASIC29.11■■■□□ 2.25
Ccdc88bQ4QRL3 Gdf11-201ENSMUST00000026408 4062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
Ccdc88bQ4QRL3 Cutc-202ENSMUST00000112047 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
Ccdc88bQ4QRL3 Hint1-201ENSMUST00000020504 636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
Ccdc88bQ4QRL3 Insig2-201ENSMUST00000003818 2697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
Ccdc88bQ4QRL3 Gm16861-201ENSMUST00000181498 1647 ntTSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
Ccdc88bQ4QRL3 Rnpc3-203ENSMUST00000106536 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
Ccdc88bQ4QRL3 Syt8-202ENSMUST00000105976 1289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
Ccdc88bQ4QRL3 Lyzl4-202ENSMUST00000120918 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
Ccdc88bQ4QRL3 Syt8-205ENSMUST00000122393 1291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
Ccdc88bQ4QRL3 Lrch4-204ENSMUST00000176667 2209 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
Ccdc88bQ4QRL3 Stard3nl-208ENSMUST00000200323 1128 ntTSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
Ccdc88bQ4QRL3 Cnn1-203ENSMUST00000214601 1225 ntTSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
Ccdc88bQ4QRL3 4930465K10Rik-201ENSMUST00000056675 1238 ntBASIC29.1■■■□□ 2.25
Ccdc88bQ4QRL3 Cebpg-201ENSMUST00000070191 914 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.1■■■□□ 2.25
Ccdc88bQ4QRL3 Nkx2-9-201ENSMUST00000072631 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
Ccdc88bQ4QRL3 Zdhhc14-201ENSMUST00000089185 3115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
Ccdc88bQ4QRL3 Grb14-201ENSMUST00000028252 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
Ccdc88bQ4QRL3 BC017158-201ENSMUST00000033044 2627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
Ccdc88bQ4QRL3 Gm1673-202ENSMUST00000114382 451 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.09■■■□□ 2.25
Ccdc88bQ4QRL3 Flg-203ENSMUST00000178695 777 ntAPPRIS P5 BASIC29.09■■■□□ 2.25
Ccdc88bQ4QRL3 Tsr3-201ENSMUST00000063574 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
Ccdc88bQ4QRL3 Gm27029-202ENSMUST00000107259 1855 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC29.08■■■□□ 2.25
Ccdc88bQ4QRL3 Ctnnal1-202ENSMUST00000107612 850 ntTSL 3 BASIC29.08■■■□□ 2.25
Ccdc88bQ4QRL3 Eif4e2-205ENSMUST00000113232 1125 ntTSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
Ccdc88bQ4QRL3 Gm8994-201ENSMUST00000077886 1236 ntAPPRIS P1 BASIC29.08■■■□□ 2.25
Ccdc88bQ4QRL3 Tagln-201ENSMUST00000034590 1595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
Ccdc88bQ4QRL3 Hsdl1-201ENSMUST00000036049 3141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
Ccdc88bQ4QRL3 Idnk-204ENSMUST00000226010 1898 ntBASIC29.07■■■□□ 2.24
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem125-201ENSMUST00000060214 1864 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.07■■■□□ 2.24
Ccdc88bQ4QRL3 Dmrt2-201ENSMUST00000053068 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
Ccdc88bQ4QRL3 Nmnat3-203ENSMUST00000112938 848 ntTSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
Ccdc88bQ4QRL3 Ankrd39-201ENSMUST00000001172 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
Ccdc88bQ4QRL3 H2afz-207ENSMUST00000174561 810 ntTSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
Ccdc88bQ4QRL3 Gm2274-201ENSMUST00000184539 609 ntBASIC29.07■■■□□ 2.24
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 25.5 ms